30 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0269 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_0269  transcriptional regulator protein-like protein  100 
 
 		 330 aa  684    Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_22590  hypothetical protein  49.23 
 
 		 327 aa  318  9e-86  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.322495  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2252  transcriptional regulator protein-like protein  46.3 
 
 		 327 aa  295  6e-79  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1122  transcriptional regulator-like protein  21.78 
 
 		 343 aa  62.8  0.000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.970908  normal  0.295057 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0024  transcriptional regulator-like protein  25.41 
 
 		 330 aa  57.8  0.0000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3075  Helix-turn-helix type 11 domain protein  20.59 
 
 		 326 aa  53.1  0.000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00643592  unclonable  0.0000000271212 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0827  hypothetical protein  22.57 
 
 		 327 aa  51.2  0.00002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.236202  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2446  hypothetical protein  20.96 
 
 		 324 aa  51.6  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  22.39 
 
 		 336 aa  50.4  0.00005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1067  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  22.26 
 
 		 320 aa  49.7  0.00007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3644  hypothetical protein  23.94 
 
 		 326 aa  48.5  0.0001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.16096  normal  0.19013 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0812  hypothetical protein  22.18 
 
 		 327 aa  48.1  0.0002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1644  Helix-turn-helix type 11 domain protein  22 
 
 		 347 aa  48.1  0.0002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0304784  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  22.34 
 
 		 316 aa  47.4  0.0004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3900  hypothetical protein  26.42 
 
 		 326 aa  46.2  0.0007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3527  Helix-turn-helix type 11 domain protein  21.45 
 
 		 323 aa  45.8  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.315913  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3146  Helix-turn-helix type 11 domain protein  22.08 
 
 		 351 aa  45.8  0.001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1223  hypothetical protein  21.74 
 
 		 322 aa  44.7  0.002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0369  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.98 
 
 		 229 aa  45.1  0.002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.189659 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0282  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  21.77 
 
 		 231 aa  45.1  0.002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1515  hypothetical protein  22.46 
 
 		 349 aa  44.3  0.003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.284607  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2368  helix-turn-helix, type 11  26.63 
 
 		 231 aa  44.3  0.003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.150063 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2909  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.32 
 
 		 232 aa  43.5  0.006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04135  transcriptional regulator  20.32 
 
 		 321 aa  43.1  0.007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.292788  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0094  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.21 
 
 		 325 aa  43.1  0.007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0104  hypothetical protein  22.34 
 
 		 230 aa  42.7  0.008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2673  putative repressor transcription regulator protein  21.94 
 
 		 232 aa  42.7  0.008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.94129  normal  0.397505 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2503  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.32 
 
 		 232 aa  42.7  0.009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.751243 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1255  transcriptional regulator  21.2 
 
 		 322 aa  42.7  0.009  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2444  Helix-turn-helix type 11 domain protein  20.51 
 
 		 319 aa  42.7  0.009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>