More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TK90_2444 on replicon NC_013889
Organism: Thioalkalivibrio sp. K90mix



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013889  TK90_2444  Helix-turn-helix type 11 domain protein  100 
 
 		 319 aa  644    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2446  hypothetical protein  59.87 
 
 		 324 aa  385  1e-106  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0122  hypothetical protein  47.25 
 
 		 326 aa  260  3e-68  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3527  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.14 
 
 		 323 aa  241  1e-62  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.315913  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3900  hypothetical protein  41.77 
 
 		 326 aa  241  2e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1775  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  39.39 
 
 		 330 aa  234  2.0000000000000002e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000116568 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04135  transcriptional regulator  38.82 
 
 		 321 aa  229  6e-59  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.292788  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1223  hypothetical protein  35.09 
 
 		 322 aa  199  5e-50  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1255  transcriptional regulator  34.47 
 
 		 322 aa  197  2.0000000000000003e-49  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0437  hypothetical protein  30.06 
 
 		 326 aa  155  1e-36  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0049  hypothetical protein  31 
 
 		 320 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.607165  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1438  hypothetical protein  28.48 
 
 		 337 aa  142  8e-33  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3403  transcriptional regulator-like protein  30.67 
 
 		 323 aa  137  2e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0101274  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0955  transcriptional regulator  30.26 
 
 		 323 aa  136  5e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0131189  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1294  regulatory protein, DeoR  29.01 
 
 		 336 aa  127  2.0000000000000002e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0063  hypothetical protein  27.73 
 
 		 339 aa  124  2e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000516278  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0956  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.27 
 
 		 327 aa  122  9.999999999999999e-27  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1808  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29.14 
 
 		 327 aa  121  1.9999999999999998e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.503322  normal  0.375271 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1233  transcriptional regulator-like  27.8 
 
 		 326 aa  120  3.9999999999999996e-26  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.349316 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2154  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.73 
 
 		 324 aa  120  3.9999999999999996e-26  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1644  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.66 
 
 		 347 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0304784  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0841  hypothetical protein  25.62 
 
 		 351 aa  112  7.000000000000001e-24  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.189594 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0499  hypothetical protein  35.55 
 
 		 229 aa  109  5e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.477682  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0573  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.14 
 
 		 317 aa  106  4e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.0000975752  normal  0.773563 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1421  hypothetical protein  24.68 
 
 		 324 aa  106  5e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.182129 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1778  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.82 
 
 		 352 aa  101  1e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2823  putative transcriptional regulator  28.95 
 
 		 334 aa  95.5  1e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15260  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.74 
 
 		 327 aa  93.6  4e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000190404  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0970  transcriptional regulator-like protein  28.48 
 
 		 330 aa  92.8  7e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1441  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.92 
 
 		 333 aa  89.7  6e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3146  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.03 
 
 		 351 aa  88.6  1e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.02 
 
 		 336 aa  87.8  2e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2437  hypothetical protein  25.47 
 
 		 323 aa  87.4  3e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2780  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.63 
 
 		 333 aa  86.7  5e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00079876  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0554  TonB-dependent receptor  29.96 
 
 		 234 aa  84.3  0.000000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.665291  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4096  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.08 
 
 		 334 aa  83.6  0.000000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.353495  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0944  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  26.61 
 
 		 330 aa  83.2  0.000000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.001663  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1219  transcriptional regulator  25.79 
 
 		 336 aa  82  0.00000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3086  transcriptional regulator, putative  26.69 
 
 		 334 aa  81.3  0.00000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0456  helix-turn-helix, type 11  29.28 
 
 		 230 aa  80.5  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0450  HTH domain-containing protein  29.28 
 
 		 230 aa  80.5  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0510  helix-turn-helix, type 11  29.28 
 
 		 230 aa  80.1  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1199  putative transcriptional regulator protein  26.02 
 
 		 335 aa  79.3  0.00000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.069662 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3896  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.92 
 
 		 321 aa  78.6  0.0000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0941  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.33 
 
 		 230 aa  77.8  0.0000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.958625  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1515  hypothetical protein  24.47 
 
 		 349 aa  77.4  0.0000000000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.284607  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4846  transcriptional regulator protein-like protein  29.92 
 
 		 326 aa  77.4  0.0000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.715011 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2004  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.71 
 
 		 321 aa  76.6  0.0000000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.532666  normal  0.656208 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1289  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.3 
 
 		 315 aa  76.6  0.0000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.447111 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0151  helix-turn-helix, type 11  30.58 
 
 		 231 aa  75.5  0.000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0680  DeoR family transcriptional regulator  24.89 
 
 		 231 aa  75.5  0.000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0473  transcriptional regulator, putative  25.72 
 
 		 334 aa  75.1  0.000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0108  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.61 
 
 		 240 aa  74.7  0.000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.403778 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2673  putative repressor transcription regulator protein  29.41 
 
 		 232 aa  73.9  0.000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.94129  normal  0.397505 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0588  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.86 
 
 		 237 aa  73.6  0.000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4133  DeoR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 317 aa  73.2  0.000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113991  normal  0.040793 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2933  helix-turn-helix, type 11  29.15 
 
 		 230 aa  72.4  0.000000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.686891  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1647  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  24.04 
 
 		 299 aa  72  0.00000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2541  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  27.95 
 
 		 228 aa  72.4  0.00000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1823  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.27 
 
 		 237 aa  71.6  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.406304  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0494  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  23.99 
 
 		 336 aa  70.9  0.00000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.23 
 
 		 316 aa  70.9  0.00000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2909  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.48 
 
 		 232 aa  70.9  0.00000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2503  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.48 
 
 		 232 aa  70.5  0.00000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.751243 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3400  hypothetical protein  30.09 
 
 		 226 aa  70.1  0.00000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2797  putative transcriptional regulator  31.37 
 
 		 229 aa  70.1  0.00000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.44 
 
 		 318 aa  70.1  0.00000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2698  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30.46 
 
 		 323 aa  69.7  0.00000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000125555  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2241  transcriptional regulator-like protein  22.74 
 
 		 350 aa  69.7  0.00000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.295044  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4566  transcriptional regulator protein-like protein  25.08 
 
 		 360 aa  69.3  0.00000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.439608  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0848  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.57 
 
 		 230 aa  68.6  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.814852 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0970  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.02 
 
 		 230 aa  68.9  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.890751  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1300  transcriptional regulator  25.94 
 
 		 323 aa  68.6  0.0000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.909513  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3142  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.14 
 
 		 232 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.92923  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2785  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  26.52 
 
 		 229 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1946  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.73 
 
 		 321 aa  68.2  0.0000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0382  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.68 
 
 		 333 aa  67.8  0.0000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.117118  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3046  transcriptional factor  28.44 
 
 		 349 aa  67.4  0.0000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0282  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.1 
 
 		 231 aa  67.4  0.0000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2996  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29.6 
 
 		 226 aa  67.8  0.0000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3115  transcriptional factor MdcH  24.85 
 
 		 343 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.020795  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2538  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  26.34 
 
 		 232 aa  67  0.0000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2605  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  26.34 
 
 		 232 aa  67  0.0000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2704  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  26.34 
 
 		 232 aa  67  0.0000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.981557  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000786  predicted transcriptional regulator  27.12 
 
 		 228 aa  67  0.0000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0574064  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1758  hypothetical protein  26.34 
 
 		 230 aa  66.6  0.0000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.3 
 
 		 322 aa  66.6  0.0000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21970  predicted transcriptional regulator  32.93 
 
 		 326 aa  66.2  0.0000000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.530492  normal  0.375543 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6729  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.02 
 
 		 324 aa  66.6  0.0000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.41486 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2105  hypothetical protein  32.04 
 
 		 228 aa  65.5  0.000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2094  hypothetical protein  32.04 
 
 		 228 aa  65.5  0.000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5785  transcriptional regulator protein-like protein  25.25 
 
 		 687 aa  65.5  0.000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.611435 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1047  DeoR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 322 aa  65.5  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0554838 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1457  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  25.89 
 
 		 225 aa  65.1  0.000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.510976  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0831  transcriptional regulator-like  30.32 
 
 		 244 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0455803 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4456  transcriptional regulator,-like protein  28.73 
 
 		 335 aa  64.7  0.000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.427678  normal  0.167477 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2368  helix-turn-helix, type 11  30.48 
 
 		 231 aa  65.1  0.000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.150063 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3521  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  26.92 
 
 		 231 aa  64.3  0.000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0815  Helix-turn-helix type 11 domain protein  20.66 
 
 		 312 aa  64.3  0.000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.502142  hitchhiker  0.0000272273 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2775  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.19 
 
 		 229 aa  64.3  0.000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>