82 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3115 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3115  transcriptional factor MdcH  100 
 
 		 343 aa  701    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.020795  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0288  transcriptional factor MdcH  40.84 
 
 		 343 aa  233  3e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.727683 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2191  transcriptional factor MdcH  37.46 
 
 		 344 aa  204  1e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.073233  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1779  transcriptional regulator-like protein  35.21 
 
 		 347 aa  182  7e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.374823  normal  0.268659 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3051  transcriptional factor  34.83 
 
 		 336 aa  182  9.000000000000001e-45  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.430784  normal  0.0169917 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1785  transcriptional regulator-like protein  34.55 
 
 		 332 aa  181  2e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.00220664  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3046  transcriptional factor  35.35 
 
 		 349 aa  180  2e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0371  transcriptional regulator-like protein  33.53 
 
 		 334 aa  169  8e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1055  hypothetical protein  31.91 
 
 		 378 aa  164  2.0000000000000002e-39  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2568  transcriptional regulator-like protein  33.44 
 
 		 352 aa  160  2e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000241414  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1323  hypothetical protein  32.01 
 
 		 383 aa  159  5e-38  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1474  transcriptional regulator-like protein  31.91 
 
 		 331 aa  155  1e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6052  transcriptional factor  33.54 
 
 		 338 aa  154  2e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0024  transcriptional regulator-like protein  30.21 
 
 		 330 aa  150  2e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1400  hypothetical protein  33.83 
 
 		 355 aa  150  4e-35  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000157515  hitchhiker  0.00264584 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1283  transcriptional regulator-like protein  32.49 
 
 		 333 aa  146  5e-34  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.187972  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1122  transcriptional regulator-like protein  31.19 
 
 		 343 aa  145  8.000000000000001e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.970908  normal  0.295057 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4097  transcriptional regulator-like protein  30.22 
 
 		 335 aa  143  5e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2035  transcriptional regulator-like protein  31.08 
 
 		 330 aa  134  3e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.754557  normal  0.0891435 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1304  transcriptional regulator-like protein  28.13 
 
 		 335 aa  133  3.9999999999999996e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001847  hypothetical protein  29.15 
 
 		 328 aa  125  1e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4575  hypothetical protein  29.22 
 
 		 326 aa  119  7.999999999999999e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0810  hypothetical protein  28.1 
 
 		 329 aa  112  7.000000000000001e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1398  hypothetical protein  27.43 
 
 		 301 aa  110  3e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.960622  normal  0.269111 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3942  hypothetical protein  28.06 
 
 		 331 aa  105  8e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3744  hypothetical protein  27.76 
 
 		 331 aa  105  1e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3817  hypothetical protein  27.76 
 
 		 331 aa  104  2e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0194  hypothetical protein  55.29 
 
 		 201 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.281039  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0173  transcriptional factor-related protein  55.29 
 
 		 209 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5054  transcriptional factor-related protein  53.57 
 
 		 185 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0198  transcriptional factor-related protein  53.57 
 
 		 187 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.459127 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2541  transcriptional factor-related protein  37.1 
 
 		 184 aa  95.9  8e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.781298  normal  0.0721268 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3176  hypothetical protein  37.57 
 
 		 187 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.705206 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2026  transcriptional factor-related protein  43.59 
 
 		 180 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.636879  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2212  transcriptional factor-related protein  42.99 
 
 		 180 aa  85.9  9e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.555677  normal  0.42409 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1381  transcription factor  23.89 
 
 		 363 aa  83.6  0.000000000000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00306961  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2797  putative transcriptional regulator  24 
 
 		 339 aa  80.5  0.00000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02534  transcriptional factor  26.47 
 
 		 346 aa  80.1  0.00000000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.19708  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3747  hypothetical protein  25.96 
 
 		 359 aa  72.4  0.00000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1766  transcriptional regulator-like protein  23.92 
 
 		 363 aa  70.5  0.00000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.863879  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2444  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.85 
 
 		 319 aa  67.4  0.0000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0335  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25.4 
 
 		 321 aa  66.2  0.0000000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.377994  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0945  putative transcription factor  23.42 
 
 		 372 aa  63.5  0.000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000235014 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2437  hypothetical protein  22.33 
 
 		 323 aa  59.7  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4846  transcriptional regulator protein-like protein  24.32 
 
 		 326 aa  58.5  0.0000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.715011 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0063  hypothetical protein  21.4 
 
 		 339 aa  55.1  0.000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000516278  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4096  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.22 
 
 		 334 aa  54.7  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.353495  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1294  regulatory protein, DeoR  26.42 
 
 		 336 aa  54.7  0.000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.43 
 
 		 336 aa  53.9  0.000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15260  Helix-turn-helix type 11 domain protein  21.86 
 
 		 327 aa  53.1  0.000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000190404  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3086  transcriptional regulator, putative  29.03 
 
 		 334 aa  52.4  0.00001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  22.94 
 
 		 316 aa  52.8  0.00001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3934  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.12 
 
 		 321 aa  50.8  0.00003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0769202  hitchhiker  0.00173443 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2698  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  24.66 
 
 		 323 aa  51.2  0.00003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000125555  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1751  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  23.62 
 
 		 325 aa  50.1  0.00005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.33135  normal  0.990555 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0437  hypothetical protein  21.17 
 
 		 326 aa  50.1  0.00005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4546  DeoR family transcriptional regulator  23.93 
 
 		 314 aa  50.1  0.00005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.86893  normal  0.117628 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0841  hypothetical protein  23.96 
 
 		 351 aa  50.1  0.00005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.189594 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4455  hypothetical protein  29.46 
 
 		 317 aa  50.1  0.00006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.495976  normal  0.176655 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0766  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.16 
 
 		 303 aa  49.7  0.00008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3075  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.44 
 
 		 326 aa  48.9  0.0001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00643592  unclonable  0.0000000271212 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2944  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25.24 
 
 		 324 aa  48.9  0.0001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1289  Helix-turn-helix type 11 domain protein  22.4 
 
 		 315 aa  49.3  0.0001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.447111 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1644  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.78 
 
 		 347 aa  48.5  0.0001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0304784  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1233  transcriptional regulator-like  24.06 
 
 		 326 aa  48.1  0.0002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.349316 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36430  predicted transcriptional regulator  26.13 
 
 		 323 aa  48.1  0.0002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.649805 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0581  transcriptional regulator-like  30.37 
 
 		 367 aa  47.4  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0815  Helix-turn-helix type 11 domain protein  21.71 
 
 		 312 aa  47.4  0.0004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.502142  hitchhiker  0.0000272273 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0875  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.6 
 
 		 328 aa  47  0.0005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2446  hypothetical protein  24.38 
 
 		 324 aa  47  0.0005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0616  transcriptional regulator-like protein  30 
 
 		 369 aa  47  0.0005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.501695  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0552  Helix-turn-helix type 11 domain protein  22.84 
 
 		 347 aa  46.6  0.0006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0608  transcriptional regulator-like protein  30 
 
 		 364 aa  46.2  0.0008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.588838  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0970  transcriptional regulator-like protein  21.43 
 
 		 330 aa  45.4  0.001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3146  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.78 
 
 		 351 aa  45.8  0.001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1515  hypothetical protein  23.22 
 
 		 349 aa  44.7  0.002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.284607  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3896  Helix-turn-helix type 11 domain protein  22.95 
 
 		 321 aa  44.3  0.003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1783  transcriptional regulator protein-like protein  28.42 
 
 		 337 aa  43.5  0.005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  unclonable  0.000000000261192  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2958  hypothetical protein  29.28 
 
 		 326 aa  43.1  0.006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000014666  hitchhiker  0.00431859 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0624  transcriptional regulator-like protein  26.32 
 
 		 368 aa  43.1  0.008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2154  Helix-turn-helix type 11 domain protein  19.06 
 
 		 324 aa  42.7  0.009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2250  hypothetical protein  25.29 
 
 		 337 aa  42.4  0.01  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0118565  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>