40 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3747 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_3747  hypothetical protein  100 
 
 		 359 aa  731    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2797  putative transcriptional regulator  27.84 
 
 		 339 aa  88.2  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1779  transcriptional regulator-like protein  26.64 
 
 		 347 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.374823  normal  0.268659 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4575  hypothetical protein  29.28 
 
 		 326 aa  80.1  0.00000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1398  hypothetical protein  26.89 
 
 		 301 aa  79.7  0.00000000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.960622  normal  0.269111 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1122  transcriptional regulator-like protein  28.43 
 
 		 343 aa  73.9  0.000000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.970908  normal  0.295057 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0810  hypothetical protein  29.22 
 
 		 329 aa  72.8  0.000000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3115  transcriptional factor MdcH  25.96 
 
 		 343 aa  72.4  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.020795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2191  transcriptional factor MdcH  24.18 
 
 		 344 aa  71.2  0.00000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.073233  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1283  transcriptional regulator-like protein  28.88 
 
 		 333 aa  71.6  0.00000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.187972  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2035  transcriptional regulator-like protein  26.55 
 
 		 330 aa  69.7  0.00000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.754557  normal  0.0891435 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001847  hypothetical protein  29.23 
 
 		 328 aa  67.4  0.0000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3051  transcriptional factor  26.63 
 
 		 336 aa  67  0.0000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.430784  normal  0.0169917 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1785  transcriptional regulator-like protein  26.33 
 
 		 332 aa  65.5  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.00220664  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3046  transcriptional factor  25 
 
 		 349 aa  64.7  0.000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0371  transcriptional regulator-like protein  26.64 
 
 		 334 aa  57.8  0.0000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4751  transcriptional regulator-like protein  26.87 
 
 		 345 aa  57  0.0000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0885788  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3744  hypothetical protein  24 
 
 		 331 aa  55.5  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3647  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.93 
 
 		 320 aa  54.7  0.000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.306366  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3817  hypothetical protein  23.71 
 
 		 331 aa  54.3  0.000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0288  transcriptional factor MdcH  21.31 
 
 		 343 aa  54.3  0.000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.727683 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0024  transcriptional regulator-like protein  24.84 
 
 		 330 aa  53.5  0.000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3942  hypothetical protein  23.43 
 
 		 331 aa  52.8  0.000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1304  transcriptional regulator-like protein  24.54 
 
 		 335 aa  52.4  0.00001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4323  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  28.23 
 
 		 327 aa  51.2  0.00003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.807083  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0335  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25.12 
 
 		 321 aa  50.1  0.00006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.377994  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6686  hypothetical protein  25.93 
 
 		 327 aa  47.8  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0918823  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1474  transcriptional regulator-like protein  27.24 
 
 		 331 aa  47.8  0.0003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2241  transcriptional regulator-like protein  25.13 
 
 		 350 aa  47  0.0005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.295044  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1647  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  23.56 
 
 		 299 aa  45.8  0.001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1199  putative transcriptional regulator protein  24.02 
 
 		 335 aa  45.8  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.069662 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2823  putative transcriptional regulator  25 
 
 		 334 aa  46.2  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1294  regulatory protein, DeoR  26.97 
 
 		 336 aa  45.1  0.002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4097  transcriptional regulator-like protein  25 
 
 		 335 aa  45.1  0.002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1441  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.18 
 
 		 333 aa  45.4  0.002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1400  hypothetical protein  21.71 
 
 		 355 aa  44.3  0.003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000157515  hitchhiker  0.00264584 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1778  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.89 
 
 		 352 aa  44.3  0.003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1055  hypothetical protein  24.22 
 
 		 378 aa  43.5  0.006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1323  hypothetical protein  24.22 
 
 		 383 aa  43.1  0.007  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1047  DeoR family transcriptional regulator  24.81 
 
 		 322 aa  42.7  0.008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0554838 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>