48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4575 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4575  hypothetical protein  100 
 
 		 326 aa  659    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0810  hypothetical protein  58.54 
 
 		 329 aa  378  1e-104  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1398  hypothetical protein  57.28 
 
 		 301 aa  343  2.9999999999999997e-93  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.960622  normal  0.269111 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001847  hypothetical protein  48.87 
 
 		 328 aa  298  1e-79  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3046  transcriptional factor  38.76 
 
 		 349 aa  208  8e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1474  transcriptional regulator-like protein  34.91 
 
 		 331 aa  170  4e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1785  transcriptional regulator-like protein  35.67 
 
 		 332 aa  167  2.9999999999999998e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.00220664  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1283  transcriptional regulator-like protein  35.44 
 
 		 333 aa  162  6e-39  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.187972  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0371  transcriptional regulator-like protein  33.02 
 
 		 334 aa  152  7e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2191  transcriptional factor MdcH  32.4 
 
 		 344 aa  152  8e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.073233  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1400  hypothetical protein  33.44 
 
 		 355 aa  150  3e-35  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000157515  hitchhiker  0.00264584 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3051  transcriptional factor  33.02 
 
 		 336 aa  148  1.0000000000000001e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.430784  normal  0.0169917 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1122  transcriptional regulator-like protein  30.06 
 
 		 343 aa  147  3e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.970908  normal  0.295057 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1055  hypothetical protein  31.68 
 
 		 378 aa  146  5e-34  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2568  transcriptional regulator-like protein  32.82 
 
 		 352 aa  146  5e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000241414  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0288  transcriptional factor MdcH  32.19 
 
 		 343 aa  144  2e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.727683 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1323  hypothetical protein  30.63 
 
 		 383 aa  144  2e-33  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0024  transcriptional regulator-like protein  30.06 
 
 		 330 aa  135  9e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6052  transcriptional factor  30.03 
 
 		 338 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4097  transcriptional regulator-like protein  29.3 
 
 		 335 aa  127  2.0000000000000002e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1304  transcriptional regulator-like protein  29.02 
 
 		 335 aa  122  6e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3115  transcriptional factor MdcH  29.22 
 
 		 343 aa  119  7e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.020795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2035  transcriptional regulator-like protein  27.8 
 
 		 330 aa  114  3e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.754557  normal  0.0891435 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1779  transcriptional regulator-like protein  28.04 
 
 		 347 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.374823  normal  0.268659 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2797  putative transcriptional regulator  28.62 
 
 		 339 aa  103  3e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02534  transcriptional factor  27.69 
 
 		 346 aa  93.2  6e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.19708  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1766  transcriptional regulator-like protein  24.92 
 
 		 363 aa  90.5  4e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.863879  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3747  hypothetical protein  29.28 
 
 		 359 aa  80.1  0.00000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3744  hypothetical protein  24.46 
 
 		 331 aa  71.2  0.00000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1381  transcription factor  24.59 
 
 		 363 aa  71.2  0.00000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00306961  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3817  hypothetical protein  24.18 
 
 		 331 aa  70.9  0.00000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3942  hypothetical protein  24.18 
 
 		 331 aa  70.9  0.00000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0945  putative transcription factor  23.98 
 
 		 372 aa  56.2  0.0000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000235014 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1009  regulatory protein, DeoR  28.18 
 
 		 351 aa  53.5  0.000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.393522  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4846  transcriptional regulator protein-like protein  30.12 
 
 		 326 aa  52  0.00001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.715011 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5054  transcriptional factor-related protein  37.33 
 
 		 185 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0198  transcriptional factor-related protein  37.33 
 
 		 187 aa  50.4  0.00004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.459127 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0194  hypothetical protein  37.33 
 
 		 201 aa  50.4  0.00004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.281039  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0173  transcriptional factor-related protein  37.33 
 
 		 209 aa  50.1  0.00005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2166  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.27 
 
 		 320 aa  47  0.0004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.304825  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2780  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.94 
 
 		 333 aa  47  0.0005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00079876  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0608  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.82 
 
 		 322 aa  46.6  0.0006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1441  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.94 
 
 		 333 aa  45.1  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1808  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  25.29 
 
 		 327 aa  44.7  0.002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.503322  normal  0.375271 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6686  hypothetical protein  26.74 
 
 		 327 aa  44.3  0.003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0918823  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0552  Helix-turn-helix type 11 domain protein  21.5 
 
 		 347 aa  43.9  0.004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0239  transcriptional regulator-like protein  24.05 
 
 		 330 aa  43.5  0.006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0652  regulatory protein, DeoR  25.29 
 
 		 332 aa  43.1  0.007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.545144  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>