186 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_0652 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009523  RoseRS_0652  regulatory protein, DeoR  100 
 
 		 332 aa  673    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.545144  normal  1 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5075  regulatory protein, DeoR  44.89 
 
 		 331 aa  271  1e-71  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0608  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  42.01 
 
 		 322 aa  248  7e-65  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3075  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.17 
 
 		 326 aa  243  1.9999999999999999e-63  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00643592  unclonable  0.0000000271212 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2698  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  42.86 
 
 		 323 aa  236  4e-61  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000125555  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2004  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  41.74 
 
 		 321 aa  235  8e-61  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.532666  normal  0.656208 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1009  regulatory protein, DeoR  42.77 
 
 		 351 aa  230  2e-59  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.393522  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0552  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.17 
 
 		 347 aa  217  2.9999999999999998e-55  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1187  regulatory protein, DeoR  33.54 
 
 		 342 aa  173  2.9999999999999996e-42  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00660104 
 
 
-
 
NC_002936  DET1515  hypothetical protein  30.65 
 
 		 349 aa  173  5e-42  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.284607  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2515  helix-turn-helix, type 11  32.47 
 
 		 348 aa  138  1e-31  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1489  metal dependent phosphohydrolase  35.5 
 
 		 1078 aa  132  1.0000000000000001e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0565561 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15260  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.22 
 
 		 327 aa  127  4.0000000000000003e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000190404  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3385  CRISPR-associated protein Cas5  31.99 
 
 		 1084 aa  123  4e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.335684  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0063  hypothetical protein  29.58 
 
 		 339 aa  122  9.999999999999999e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000516278  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1778  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.14 
 
 		 352 aa  120  3.9999999999999996e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1441  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.78 
 
 		 333 aa  120  3.9999999999999996e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2780  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.09 
 
 		 333 aa  119  7.999999999999999e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00079876  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3086  transcriptional regulator, putative  30.7 
 
 		 334 aa  116  6e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3021  transcriptional regulator protein  30.62 
 
 		 343 aa  116  6.9999999999999995e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.140247  normal  0.168441 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0437  hypothetical protein  29.01 
 
 		 326 aa  115  6.9999999999999995e-25  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0944  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29.72 
 
 		 330 aa  113  4.0000000000000004e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.001663  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1438  hypothetical protein  27.95 
 
 		 337 aa  111  2.0000000000000002e-23  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1644  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.27 
 
 		 347 aa  109  6e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0304784  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0473  transcriptional regulator, putative  28.71 
 
 		 334 aa  108  1e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0970  transcriptional regulator-like protein  26.8 
 
 		 330 aa  108  1e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0956  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.38 
 
 		 327 aa  107  3e-22  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2241  transcriptional regulator-like protein  28.71 
 
 		 350 aa  107  3e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.295044  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2437  hypothetical protein  26.43 
 
 		 323 aa  105  7e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3359  hypothetical protein  29.66 
 
 		 334 aa  106  7e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.737744  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3146  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.47 
 
 		 351 aa  105  8e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2823  putative transcriptional regulator  30.36 
 
 		 334 aa  105  1e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0841  hypothetical protein  27.58 
 
 		 351 aa  104  2e-21  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.189594 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1219  transcriptional regulator  32.21 
 
 		 336 aa  103  3e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0494  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29.14 
 
 		 336 aa  101  2e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1294  regulatory protein, DeoR  28.62 
 
 		 336 aa  100  2e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1808  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29.3 
 
 		 327 aa  101  2e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.503322  normal  0.375271 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0382  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.2 
 
 		 333 aa  97.4  3e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.117118  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1228  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.62 
 
 		 335 aa  97.1  4e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.671066  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3403  transcriptional regulator-like protein  27.27 
 
 		 323 aa  97.1  4e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0101274  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1421  hypothetical protein  26.16 
 
 		 324 aa  95.5  1e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.182129 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1233  transcriptional regulator-like  26.25 
 
 		 326 aa  92.8  7e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.349316 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2154  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.66 
 
 		 324 aa  92  1e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3896  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.81 
 
 		 321 aa  89  1e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6729  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.57 
 
 		 324 aa  89  1e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.41486 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4335  CRISPR-associated helicase Cas3  50.63 
 
 		 904 aa  87.8  3e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0995159  decreased coverage  0.00193959 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0815  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.19 
 
 		 312 aa  87.4  3e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.502142  hitchhiker  0.0000272273 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4096  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.4 
 
 		 334 aa  84  0.000000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.353495  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0955  transcriptional regulator  26.95 
 
 		 323 aa  83.6  0.000000000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0131189  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1300  transcriptional regulator  25.08 
 
 		 323 aa  80.9  0.00000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.909513  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1201  hypothetical protein  26.95 
 
 		 329 aa  72  0.00000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.334695  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.51 
 
 		 336 aa  72  0.00000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0788  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  28.19 
 
 		 319 aa  69.3  0.0000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4846  transcriptional regulator protein-like protein  28.28 
 
 		 326 aa  68.2  0.0000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.715011 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25.45 
 
 		 316 aa  67.8  0.0000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0573  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.69 
 
 		 317 aa  67  0.0000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.0000975752  normal  0.773563 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2474  hypothetical protein  22.74 
 
 		 320 aa  66.6  0.0000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0188594  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2656  hypothetical protein  22.74 
 
 		 320 aa  66.6  0.0000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0147  helix-turn-helix, type 11  29.62 
 
 		 316 aa  65.1  0.000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.552255 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1304  transcriptional regulator-like protein  28.01 
 
 		 335 aa  65.5  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5442  transcriptional regulator  26.32 
 
 		 326 aa  65.1  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.171727 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2401  hypothetical protein  22.41 
 
 		 320 aa  63.9  0.000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.148102  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1479  transcriptional regulator  26.3 
 
 		 330 aa  64.3  0.000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.124132  normal  0.257249 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3644  hypothetical protein  28.38 
 
 		 326 aa  64.3  0.000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.16096  normal  0.19013 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2010  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25.15 
 
 		 320 aa  62.8  0.000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0024  transcriptional regulator-like protein  30.26 
 
 		 330 aa  62  0.00000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2673  hypothetical protein  22.07 
 
 		 320 aa  61.6  0.00000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000327581 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4097  transcriptional regulator-like protein  27.68 
 
 		 335 aa  61.6  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3679  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25.17 
 
 		 321 aa  61.2  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0370855  normal  0.293374 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0713  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.45 
 
 		 319 aa  60.8  0.00000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.677583  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2689  hypothetical protein  21.4 
 
 		 320 aa  60.5  0.00000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0201589  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.85 
 
 		 232 aa  60.1  0.00000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.117205 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3051  transcriptional factor  25.84 
 
 		 336 aa  59.7  0.00000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.430784  normal  0.0169917 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2296  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.77 
 
 		 322 aa  59.7  0.00000006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000342768  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1751  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.02 
 
 		 325 aa  59.7  0.00000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.33135  normal  0.990555 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1946  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.05 
 
 		 321 aa  59.3  0.00000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0219  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  27.05 
 
 		 301 aa  58.5  0.0000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1185  hypothetical protein  22.46 
 
 		 313 aa  58.2  0.0000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2609  hypothetical protein  25.85 
 
 		 325 aa  58.2  0.0000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000144716  normal  0.0873123 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1199  putative transcriptional regulator protein  29.82 
 
 		 335 aa  58.2  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.069662 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1244  HTH domain family  21.85 
 
 		 313 aa  57.8  0.0000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2181  transcriptional regulator-like protein  24.34 
 
 		 663 aa  57  0.0000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.117971  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0743  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.5 
 
 		 328 aa  57  0.0000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0049  hypothetical protein  23.81 
 
 		 320 aa  56.2  0.0000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.607165  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3107  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.15 
 
 		 324 aa  55.5  0.000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.786544  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3412  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.4 
 
 		 324 aa  55.5  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.380317  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2250  hypothetical protein  26.09 
 
 		 337 aa  54.7  0.000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0118565  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2444  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.1 
 
 		 319 aa  53.9  0.000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1001  hypothetical protein  21.54 
 
 		 313 aa  53.9  0.000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1092  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.82 
 
 		 315 aa  53.9  0.000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.206539  normal  0.830453 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2687  transcriptional regulator-like protein  29.01 
 
 		 331 aa  53.9  0.000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  24.3 
 
 		 317 aa  53.5  0.000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.161645 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2368  hypothetical protein  26.2 
 
 		 340 aa  53.5  0.000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0169669 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04135  transcriptional regulator  23.77 
 
 		 321 aa  53.5  0.000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.292788  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_14000  predicted transcriptional regulator  23.6 
 
 		 343 aa  53.1  0.000006  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0168164  normal  0.101985 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5106  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  25.78 
 
 		 319 aa  52.8  0.000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.505458  normal  0.201643 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0998  transcriptional regulator  22.15 
 
 		 313 aa  52.8  0.000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2797  putative transcriptional regulator  26.9 
 
 		 339 aa  52.8  0.000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0872  conserved hypothetical protein, putative transcriptional regulator  22.82 
 
 		 306 aa  52.8  0.000009  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.000595288  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1347  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  25.99 
 
 		 339 aa  52.4  0.00001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.469049  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>