More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_2004 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009767  Rcas_2004  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  100 
 
 		 321 aa  646    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.532666  normal  0.656208 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2698  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  83.02 
 
 		 323 aa  551  1e-156  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000125555  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0608  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  60.87 
 
 		 322 aa  405  1.0000000000000001e-112  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3075  Helix-turn-helix type 11 domain protein  58.93 
 
 		 326 aa  390  1e-107  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00643592  unclonable  0.0000000271212 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5075  regulatory protein, DeoR  42.9 
 
 		 331 aa  259  5.0000000000000005e-68  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0652  regulatory protein, DeoR  41.74 
 
 		 332 aa  222  7e-57  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.545144  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0552  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.7 
 
 		 347 aa  221  1.9999999999999999e-56  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1009  regulatory protein, DeoR  37.76 
 
 		 351 aa  197  3e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.393522  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1515  hypothetical protein  33.86 
 
 		 349 aa  191  1e-47  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.284607  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1187  regulatory protein, DeoR  40.96 
 
 		 342 aa  186  4e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00660104 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2515  helix-turn-helix, type 11  39.74 
 
 		 348 aa  183  4.0000000000000006e-45  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1489  metal dependent phosphohydrolase  39.18 
 
 		 1078 aa  159  5e-38  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0565561 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15260  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.94 
 
 		 327 aa  150  3e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000190404  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2780  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.63 
 
 		 333 aa  146  4.0000000000000006e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00079876  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1441  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.01 
 
 		 333 aa  146  5e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0382  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.15 
 
 		 333 aa  140  3e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.117118  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0473  transcriptional regulator, putative  33.12 
 
 		 334 aa  139  7.999999999999999e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3086  transcriptional regulator, putative  32.51 
 
 		 334 aa  139  7.999999999999999e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3021  transcriptional regulator protein  34.46 
 
 		 343 aa  137  3.0000000000000003e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.140247  normal  0.168441 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1294  regulatory protein, DeoR  33.44 
 
 		 336 aa  135  6.0000000000000005e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1644  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.86 
 
 		 347 aa  136  6.0000000000000005e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0304784  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3359  hypothetical protein  34.18 
 
 		 334 aa  135  9e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.737744  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1228  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.22 
 
 		 335 aa  135  9.999999999999999e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.671066  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1219  transcriptional regulator  32.38 
 
 		 336 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0841  hypothetical protein  29.8 
 
 		 351 aa  131  1.0000000000000001e-29  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.189594 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0494  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29.45 
 
 		 336 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1778  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.03 
 
 		 352 aa  129  9.000000000000001e-29  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0944  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  28.85 
 
 		 330 aa  129  9.000000000000001e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.001663  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3385  CRISPR-associated protein Cas5  34.65 
 
 		 1084 aa  129  1.0000000000000001e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.335684  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2154  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.77 
 
 		 324 aa  122  7e-27  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0970  transcriptional regulator-like protein  31.21 
 
 		 330 aa  119  6e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1808  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  33.45 
 
 		 327 aa  119  7.999999999999999e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.503322  normal  0.375271 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1421  hypothetical protein  29.11 
 
 		 324 aa  117  3e-25  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.182129 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3146  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.1 
 
 		 351 aa  116  5e-25  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0437  hypothetical protein  28.28 
 
 		 326 aa  112  9e-24  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1233  transcriptional regulator-like  27.63 
 
 		 326 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.349316 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0063  hypothetical protein  28.67 
 
 		 339 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000516278  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1438  hypothetical protein  27.81 
 
 		 337 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2241  transcriptional regulator-like protein  29.91 
 
 		 350 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.295044  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2823  putative transcriptional regulator  31.77 
 
 		 334 aa  110  4.0000000000000004e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.09 
 
 		 336 aa  107  2e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4846  transcriptional regulator protein-like protein  30.03 
 
 		 326 aa  107  4e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.715011 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3896  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.62 
 
 		 321 aa  105  9e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0956  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27 
 
 		 327 aa  102  8e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2437  hypothetical protein  27.5 
 
 		 323 aa  102  1e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0815  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.71 
 
 		 312 aa  99.8  6e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.502142  hitchhiker  0.0000272273 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1244  HTH domain family  26.85 
 
 		 313 aa  98.6  1e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0998  transcriptional regulator  27.18 
 
 		 313 aa  95.9  8e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1185  hypothetical protein  27.15 
 
 		 313 aa  95.5  1e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1001  hypothetical protein  26.51 
 
 		 313 aa  95.5  1e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0573  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.14 
 
 		 317 aa  93.2  5e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.0000975752  normal  0.773563 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.79 
 
 		 316 aa  91.3  2e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4096  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.76 
 
 		 334 aa  90.9  3e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.353495  normal  1 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6729  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.26 
 
 		 324 aa  88.2  2e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.41486 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3527  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.19 
 
 		 323 aa  84.3  0.000000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.315913  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2010  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.89 
 
 		 320 aa  84.3  0.000000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.23 
 
 		 318 aa  83.6  0.000000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0913  hypothetical protein  24.92 
 
 		 317 aa  82.8  0.000000000000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0351983  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0955  transcriptional regulator  28.68 
 
 		 323 aa  82  0.00000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0131189  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3403  transcriptional regulator-like protein  27.52 
 
 		 323 aa  79.3  0.00000000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0101274  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2434  hypothetical protein  29.37 
 
 		 361 aa  77.4  0.0000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3694  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.15 
 
 		 321 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0509362  hitchhiker  0.00000175857 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2444  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.71 
 
 		 319 aa  76.6  0.0000000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1092  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.62 
 
 		 315 aa  75.9  0.000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.206539  normal  0.830453 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3900  hypothetical protein  28.29 
 
 		 326 aa  75.5  0.000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0941  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.38 
 
 		 230 aa  75.1  0.000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.958625  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1300  transcriptional regulator  26.96 
 
 		 323 aa  75.1  0.000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.909513  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0335  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.66 
 
 		 321 aa  74.7  0.000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.377994  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2446  hypothetical protein  28.17 
 
 		 324 aa  75.1  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04135  transcriptional regulator  28.25 
 
 		 321 aa  73.9  0.000000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.292788  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2296  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.85 
 
 		 322 aa  73.6  0.000000000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000342768  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3412  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.47 
 
 		 324 aa  73.6  0.000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.380317  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45460  hypothetical protein  30.16 
 
 		 323 aa  73.2  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0684  hypothetical protein  23.62 
 
 		 317 aa  73.2  0.000000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0732899  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.81 
 
 		 232 aa  72.8  0.000000000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.117205 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0147  helix-turn-helix, type 11  33.94 
 
 		 316 aa  72.8  0.000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.552255 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4135  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29.23 
 
 		 332 aa  72.4  0.00000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.124521  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0064  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  24.68 
 
 		 328 aa  71.2  0.00000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.188997  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0777  hypothetical protein  23.31 
 
 		 317 aa  71.6  0.00000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.845326  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5442  transcriptional regulator  27.63 
 
 		 326 aa  71.6  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.171727 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0049  hypothetical protein  25.75 
 
 		 320 aa  70.5  0.00000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.607165  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0660  transcriptional regulator, putative  24.5 
 
 		 301 aa  70.1  0.00000000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1201  hypothetical protein  28.48 
 
 		 329 aa  70.1  0.00000000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.334695  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0705  hypothetical protein  24.16 
 
 		 317 aa  69.7  0.00000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4054  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.26 
 
 		 324 aa  69.7  0.00000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.135242  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0988  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  32.12 
 
 		 317 aa  69.3  0.00000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4546  DeoR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 314 aa  69.3  0.00000000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.86893  normal  0.117628 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0960  helix-turn-helix, type 11  32.12 
 
 		 317 aa  69.3  0.00000000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.386939  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0978  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  32.12 
 
 		 317 aa  69.3  0.00000000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.318116  normal  0.0703128 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0624  transcriptional regulator-like protein  30.09 
 
 		 368 aa  68.6  0.0000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29.29 
 
 		 317 aa  68.6  0.0000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.161645 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0713  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  24.81 
 
 		 319 aa  68.9  0.0000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.677583  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3508  hypothetical protein  26.14 
 
 		 322 aa  67.8  0.0000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.380586 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0562  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  22.77 
 
 		 317 aa  68.2  0.0000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.349747  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2821  hypothetical DNA-binding protein  25.23 
 
 		 314 aa  67.8  0.0000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.184297  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0249  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.53 
 
 		 324 aa  67.4  0.0000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5106  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  28.04 
 
 		 319 aa  67.4  0.0000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.505458  normal  0.201643 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4059  helix-turn-helix, type 11  28.66 
 
 		 318 aa  67.8  0.0000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.348793  normal  0.0202879 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0615  hypothetical protein  22.7 
 
 		 317 aa  67  0.0000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.759398  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2167  hypothetical protein  31.89 
 
 		 325 aa  67  0.0000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.175858  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>