More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_4135 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_4135  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  100 
 
 		 332 aa  649    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.124521  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3647  Helix-turn-helix type 11 domain protein  68.51 
 
 		 320 aa  395  1e-109  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.306366  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3980  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  58.88 
 
 		 317 aa  314  9.999999999999999e-85  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.26771  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3029  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  51.21 
 
 		 327 aa  291  2e-77  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.189154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3694  Helix-turn-helix type 11 domain protein  47.5 
 
 		 321 aa  276  3e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0509362  hitchhiker  0.00000175857 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2944  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  45.79 
 
 		 324 aa  266  2.9999999999999995e-70  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5398  helix-turn-helix type 11 domain protein  48.92 
 
 		 327 aa  265  8e-70  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.229533  normal  0.331781 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7257  helix-turn-helix type 11 domain protein  48.46 
 
 		 326 aa  262  6.999999999999999e-69  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.143006 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1376  Helix-turn-helix type 11 domain protein  47.4 
 
 		 328 aa  257  2e-67  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6686  hypothetical protein  45.17 
 
 		 327 aa  248  8e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0918823  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1751  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  46.3 
 
 		 325 aa  245  9e-64  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.33135  normal  0.990555 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5791  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  45.82 
 
 		 339 aa  241  2e-62  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0064  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  43.87 
 
 		 328 aa  240  2e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.188997  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36430  predicted transcriptional regulator  44.92 
 
 		 323 aa  238  1e-61  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.649805 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0312  putative transcriptional regulator  42.62 
 
 		 388 aa  237  2e-61  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2507  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.79 
 
 		 321 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1962  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  45.05 
 
 		 330 aa  228  1e-58  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.000800393  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3752  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  47.49 
 
 		 327 aa  226  5.0000000000000005e-58  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0372442  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3763  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  43.75 
 
 		 323 aa  224  1e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7481  transcriptional regulator-like  37.2 
 
 		 326 aa  203  4e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1647  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  43.88 
 
 		 366 aa  192  5e-48  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.242588  normal  0.121155 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0044  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.38 
 
 		 318 aa  187  2e-46  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.164988  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0335  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  40.25 
 
 		 321 aa  184  2.0000000000000003e-45  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.377994  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2683  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.77 
 
 		 324 aa  155  1e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.255194  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2166  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.29 
 
 		 320 aa  149  9e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.304825  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0875  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.74 
 
 		 328 aa  147  4.0000000000000006e-34  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2496  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.06 
 
 		 322 aa  143  3e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.496312  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0452  helix-turn-helix type 11 domain protein  39.62 
 
 		 324 aa  142  9e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4546  DeoR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 314 aa  141  1.9999999999999998e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.86893  normal  0.117628 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2155  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.66 
 
 		 324 aa  138  1e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.190178 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0325  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.14 
 
 		 335 aa  135  8e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  decreased coverage  0.00275048  normal  0.0249624 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3402  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  37.38 
 
 		 323 aa  134  1.9999999999999998e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0120343  normal  0.0687104 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3062  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.87 
 
 		 313 aa  129  5.0000000000000004e-29  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.408718  normal  0.752018 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3934  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.94 
 
 		 321 aa  129  1.0000000000000001e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0769202  hitchhiker  0.00173443 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1028  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.06 
 
 		 323 aa  127  2.0000000000000002e-28  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0766  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.59 
 
 		 303 aa  128  2.0000000000000002e-28  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0683  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.18 
 
 		 321 aa  123  5e-27  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2933  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  37.5 
 
 		 321 aa  120  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.259462 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4054  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.3 
 
 		 324 aa  120  4.9999999999999996e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.135242  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3494  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.02 
 
 		 344 aa  117  1.9999999999999998e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.65 
 
 		 336 aa  114  3e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1647  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.35 
 
 		 299 aa  100  2e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0560  transcriptional regulator  24.47 
 
 		 317 aa  100  4e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00184479  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0788  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  31.8 
 
 		 319 aa  100  4e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1185  hypothetical protein  26.83 
 
 		 313 aa  99.4  7e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0684  hypothetical protein  23.78 
 
 		 317 aa  98.6  1e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0732899  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0777  hypothetical protein  23.48 
 
 		 317 aa  97.4  3e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.845326  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0562  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  23.72 
 
 		 317 aa  96.7  6e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.349747  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0705  hypothetical protein  24.02 
 
 		 317 aa  96.3  6e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0872  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.57 
 
 		 220 aa  95.9  8e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.919156 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0559  transcriptional regulator  24.02 
 
 		 317 aa  95.9  9e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0615  hypothetical protein  23.72 
 
 		 317 aa  95.1  1e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.759398  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0648  hypothetical protein  23.72 
 
 		 317 aa  95.1  1e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0266881  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0716  hypothetical protein  24.71 
 
 		 348 aa  94.7  2e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.129876  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4654  hypothetical protein  23.81 
 
 		 317 aa  94  4e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000770885  unclonable  9.19298e-26 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35.14 
 
 		 316 aa  93.6  4e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0998  transcriptional regulator  27.74 
 
 		 313 aa  93.2  5e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1001  hypothetical protein  26.52 
 
 		 313 aa  92.4  9e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0991  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  22.94 
 
 		 302 aa  92.4  9e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1244  HTH domain family  26.52 
 
 		 313 aa  92  1e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6729  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.46 
 
 		 324 aa  91.3  2e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.41486 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45460  hypothetical protein  30.89 
 
 		 323 aa  90.1  4e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2296  Helix-turn-helix type 11 domain protein  19.45 
 
 		 322 aa  90.1  4e-17  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000342768  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0941  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.05 
 
 		 230 aa  89.4  8e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.958625  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4059  helix-turn-helix, type 11  34.7 
 
 		 318 aa  89  9e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.348793  normal  0.0202879 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0713  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.75 
 
 		 319 aa  87.8  2e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.677583  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0660  transcriptional regulator, putative  25.91 
 
 		 301 aa  87.4  3e-16  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1092  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.23 
 
 		 315 aa  87  4e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.206539  normal  0.830453 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0147  helix-turn-helix, type 11  31.31 
 
 		 316 aa  87  4e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.552255 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1731  DeoR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 230 aa  87  4e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.590959  normal  0.873384 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2021  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.75 
 
 		 317 aa  86.7  5e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0370713  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1336  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.12 
 
 		 314 aa  85.5  0.000000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0456  helix-turn-helix, type 11  35.32 
 
 		 230 aa  84.3  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0450  HTH domain-containing protein  35.32 
 
 		 230 aa  84.3  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3646  Helix-turn-helix type 11 domain protein  22.89 
 
 		 309 aa  84.7  0.000000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000392325  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0838  hypothetical protein  28.64 
 
 		 229 aa  84.3  0.000000000000003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.183627 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0510  helix-turn-helix, type 11  35.32 
 
 		 230 aa  84.3  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3428  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25.69 
 
 		 303 aa  84  0.000000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1946  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.78 
 
 		 321 aa  83.6  0.000000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3039  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.58 
 
 		 235 aa  83.2  0.000000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.545561  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000786  predicted transcriptional regulator  32.58 
 
 		 228 aa  82.4  0.000000000000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0574064  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3846  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.36 
 
 		 230 aa  82.4  0.00000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.80209  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4645  helix-turn-helix, type 11  32.59 
 
 		 333 aa  81.6  0.00000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0418126  normal  0.223314 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2909  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.02 
 
 		 232 aa  81.6  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15260  Helix-turn-helix type 11 domain protein  21.22 
 
 		 327 aa  81.6  0.00000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000190404  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2503  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.02 
 
 		 232 aa  81.6  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.751243 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3859  hypothetical protein  32.88 
 
 		 323 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0680  DeoR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 231 aa  80.9  0.00000000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.74 
 
 		 318 aa  80.1  0.00000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2689  hypothetical protein  24.31 
 
 		 320 aa  79.3  0.00000000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0201589  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1289  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.84 
 
 		 315 aa  79  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.447111 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3679  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.8 
 
 		 321 aa  78.6  0.0000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0370855  normal  0.293374 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5238  transcriptional regulator  23.35 
 
 		 304 aa  79  0.0000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0664508  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2004  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.67 
 
 		 321 aa  77.4  0.0000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.532666  normal  0.656208 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2797  putative transcriptional regulator  34.91 
 
 		 229 aa  76.6  0.0000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2304  helix-turn-helix, type 11  40.62 
 
 		 208 aa  76.6  0.0000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4003  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.62 
 
 		 221 aa  76.3  0.0000000000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3142  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.3 
 
 		 232 aa  75.9  0.0000000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.92923  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2857  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.08 
 
 		 326 aa  75.9  0.0000000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0404483  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0743  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.58 
 
 		 328 aa  75.5  0.000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>