More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_0766 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014158  Tpau_0766  Helix-turn-helix type 11 domain protein  100 
 
 
303 aa  593  1e-168  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0875  Helix-turn-helix type 11 domain protein  51.3 
 
 
328 aa  254  1.0000000000000001e-66  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0452  helix-turn-helix type 11 domain protein  43.95 
 
 
324 aa  192  5e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2496  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.27 
 
 
322 aa  192  5e-48  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.496312  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1028  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.35 
 
 
323 aa  189  7e-47  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0683  Helix-turn-helix type 11 domain protein  45.19 
 
 
321 aa  187  1e-46  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0335  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  47.13 
 
 
321 aa  188  1e-46  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.377994  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2155  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.41 
 
 
324 aa  187  2e-46  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.190178 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3494  Helix-turn-helix type 11 domain protein  45.71 
 
 
344 aa  186  4e-46  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3402  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  44.23 
 
 
323 aa  176  5e-43  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0120343  normal  0.0687104 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2683  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.56 
 
 
324 aa  174  1.9999999999999998e-42  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.255194  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3934  Helix-turn-helix type 11 domain protein  52.66 
 
 
321 aa  169  6e-41  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0769202  hitchhiker  0.00173443 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36430  predicted transcriptional regulator  46.09 
 
 
323 aa  165  1.0000000000000001e-39  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.649805 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4054  Helix-turn-helix type 11 domain protein  50.23 
 
 
324 aa  163  3e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.135242  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2933  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  43.14 
 
 
321 aa  162  8.000000000000001e-39  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.259462 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5398  helix-turn-helix type 11 domain protein  47.62 
 
 
327 aa  153  4e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.229533  normal  0.331781 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3062  Helix-turn-helix type 11 domain protein  47.19 
 
 
313 aa  151  1e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.408718  normal  0.752018 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0044  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.67 
 
 
318 aa  150  3e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.164988  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0325  Helix-turn-helix type 11 domain protein  45.5 
 
 
335 aa  145  6e-34  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  decreased coverage  0.00275048  normal  0.0249624 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3980  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  40.52 
 
 
317 aa  144  2e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.26771  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3763  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  36.84 
 
 
323 aa  144  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7481  transcriptional regulator-like  41.2 
 
 
326 aa  142  5e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1751  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  42.57 
 
 
325 aa  141  9.999999999999999e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.33135  normal  0.990555 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7257  helix-turn-helix type 11 domain protein  43.01 
 
 
326 aa  140  3e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.143006 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4546  DeoR family transcriptional regulator  35.71 
 
 
314 aa  138  8.999999999999999e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.86893  normal  0.117628 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0064  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  39.11 
 
 
328 aa  138  1e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.188997  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4135  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  36.59 
 
 
332 aa  137  3.0000000000000003e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.124521  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3647  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.13 
 
 
320 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.306366  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2507  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40 
 
 
321 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3029  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  42.17 
 
 
327 aa  134  1.9999999999999998e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.189154  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6686  hypothetical protein  42.48 
 
 
327 aa  133  3e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0918823  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2166  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.74 
 
 
320 aa  133  3.9999999999999996e-30  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.304825  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1376  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.37 
 
 
328 aa  133  3.9999999999999996e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2944  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  41.1 
 
 
324 aa  132  6e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3694  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.89 
 
 
321 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0509362  hitchhiker  0.00000175857 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1962  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  39.48 
 
 
330 aa  131  1.0000000000000001e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.000800393  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0312  putative transcriptional regulator  50 
 
 
388 aa  124  1e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5791  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  39.91 
 
 
339 aa  119  7.999999999999999e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3752  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  41.9 
 
 
327 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0372442  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1647  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.05 
 
 
299 aa  109  6e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1647  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  38.64 
 
 
366 aa  105  8e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.242588  normal  0.121155 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3846  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.22 
 
 
230 aa  101  2e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.80209  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0764  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.66 
 
 
298 aa  100  4e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000424784  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0660  transcriptional regulator, putative  32.06 
 
 
301 aa  97.1  3e-19  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2503  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.17 
 
 
232 aa  91.7  1e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.751243 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2304  helix-turn-helix, type 11  35.35 
 
 
208 aa  90.9  3e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2909  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.17 
 
 
232 aa  89.7  5e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1185  hypothetical protein  30.67 
 
 
313 aa  89.7  6e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0991  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.21 
 
 
302 aa  89.7  6e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2689  hypothetical protein  25.11 
 
 
320 aa  87.4  2e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0201589  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4059  helix-turn-helix, type 11  34 
 
 
318 aa  88.2  2e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.348793  normal  0.0202879 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.54 
 
 
313 aa  88.2  2e-16  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.440872  normal  0.310405 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.33 
 
 
336 aa  87  3e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1092  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.17 
 
 
315 aa  85.9  7e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.206539  normal  0.830453 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6729  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.48 
 
 
324 aa  85.9  7e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.41486 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3428  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.15 
 
 
303 aa  85.9  8e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0456  helix-turn-helix, type 11  33.64 
 
 
230 aa  85.9  8e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0450  HTH domain-containing protein  33.64 
 
 
230 aa  85.9  8e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0680  DeoR family transcriptional regulator  26.43 
 
 
231 aa  85.9  8e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1001  hypothetical protein  29.78 
 
 
313 aa  85.5  0.000000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2492  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.98 
 
 
302 aa  85.5  0.000000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.156303  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0510  helix-turn-helix, type 11  33.64 
 
 
230 aa  85.5  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5238  transcriptional regulator  25.62 
 
 
304 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0664508  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2021  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.76 
 
 
317 aa  85.5  0.000000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0370713  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2673  putative repressor transcription regulator protein  32 
 
 
232 aa  84.7  0.000000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.94129  normal  0.397505 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0998  transcriptional regulator  28.89 
 
 
313 aa  84.3  0.000000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2401  hypothetical protein  25.73 
 
 
320 aa  84.3  0.000000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.148102  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2673  hypothetical protein  25.98 
 
 
320 aa  84.3  0.000000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000327581 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0788  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  26.99 
 
 
319 aa  84.7  0.000000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1244  HTH domain family  28.89 
 
 
313 aa  84  0.000000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1823  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.22 
 
 
237 aa  83.6  0.000000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.406304  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0151  helix-turn-helix, type 11  34.98 
 
 
231 aa  83.6  0.000000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.15 
 
 
318 aa  82.8  0.000000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3039  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.71 
 
 
235 aa  82.8  0.000000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.545561  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2474  hypothetical protein  25.49 
 
 
320 aa  82  0.00000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0188594  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2656  hypothetical protein  25.49 
 
 
320 aa  82  0.00000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1731  DeoR family transcriptional regulator  27.36 
 
 
230 aa  81.6  0.00000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.590959  normal  0.873384 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0108  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.18 
 
 
240 aa  81.6  0.00000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.403778 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0823  hypothetical protein  25 
 
 
251 aa  81.6  0.00000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1363  YobV  27.68 
 
 
311 aa  81.3  0.00000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.396054  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3521  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  33.48 
 
 
231 aa  80.9  0.00000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2775  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.6 
 
 
229 aa  80.5  0.00000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1336  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.33 
 
 
314 aa  80.1  0.00000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1734  transcriptional regulator, putative  32.7 
 
 
233 aa  80.1  0.00000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.781604  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0147  helix-turn-helix, type 11  32.85 
 
 
316 aa  79.7  0.00000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.552255 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3646  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.21 
 
 
309 aa  79.7  0.00000000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000392325  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45460  hypothetical protein  33.19 
 
 
323 aa  79.7  0.00000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1676  putative transcriptional regulator  32.7 
 
 
233 aa  79.3  0.00000000000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1180  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.17 
 
 
233 aa  79.3  0.00000000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0941  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.07 
 
 
230 aa  79.3  0.00000000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.958625  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2857  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.81 
 
 
326 aa  78.6  0.0000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0404483  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3671  helix-turn-helix, type 11  31.56 
 
 
237 aa  79  0.0000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.255542  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.34 
 
 
316 aa  78.6  0.0000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2996  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  31.49 
 
 
226 aa  77.4  0.0000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1946  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.36 
 
 
321 aa  77  0.0000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2605  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30.05 
 
 
232 aa  77  0.0000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2538  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30.1 
 
 
232 aa  76.6  0.0000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2704  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30.1 
 
 
232 aa  76.6  0.0000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.981557  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2874  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.05 
 
 
322 aa  76.6  0.0000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1289  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.84 
 
 
315 aa  76.3  0.0000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.447111 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>