More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Snas_3029 on replicon NC_013947
Organism: Stackebrandtia nassauensis DSM 44728



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013947  Snas_3029  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  100 
 
 		 327 aa  635    Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.189154  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3647  Helix-turn-helix type 11 domain protein  54.57 
 
 		 320 aa  300  3e-80  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.306366  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3980  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  55.13 
 
 		 317 aa  296  3e-79  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.26771  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4135  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  50.91 
 
 		 332 aa  293  4e-78  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.124521  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1376  Helix-turn-helix type 11 domain protein  45.78 
 
 		 328 aa  262  4.999999999999999e-69  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7257  helix-turn-helix type 11 domain protein  47.11 
 
 		 326 aa  257  2e-67  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.143006 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5398  helix-turn-helix type 11 domain protein  45.59 
 
 		 327 aa  242  6e-63  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.229533  normal  0.331781 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1751  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  43.12 
 
 		 325 aa  241  1e-62  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.33135  normal  0.990555 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6686  hypothetical protein  45.12 
 
 		 327 aa  240  2.9999999999999997e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0918823  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3694  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.28 
 
 		 321 aa  236  3e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0509362  hitchhiker  0.00000175857 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36430  predicted transcriptional regulator  44.65 
 
 		 323 aa  236  6e-61  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.649805 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2507  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.08 
 
 		 321 aa  233  5e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2944  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  41.9 
 
 		 324 aa  231  1e-59  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0312  putative transcriptional regulator  41.55 
 
 		 388 aa  227  2e-58  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5791  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  44.16 
 
 		 339 aa  226  6e-58  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0064  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  39.09 
 
 		 328 aa  219  3.9999999999999997e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.188997  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3763  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  41.1 
 
 		 323 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3752  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  43.97 
 
 		 327 aa  210  3e-53  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0372442  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1962  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  43.79 
 
 		 330 aa  207  3e-52  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.000800393  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7481  transcriptional regulator-like  35.87 
 
 		 326 aa  195  9e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1647  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  43.73 
 
 		 366 aa  194  1e-48  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.242588  normal  0.121155 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2166  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.8 
 
 		 320 aa  194  1e-48  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.304825  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0335  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  38.23 
 
 		 321 aa  188  1e-46  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.377994  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2683  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.89 
 
 		 324 aa  166  4e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.255194  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0044  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.23 
 
 		 318 aa  166  4e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.164988  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0875  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.86 
 
 		 328 aa  142  5e-33  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4546  DeoR family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 314 aa  140  3e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.86893  normal  0.117628 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2496  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.94 
 
 		 322 aa  134  1.9999999999999998e-30  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.496312  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3402  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35.24 
 
 		 323 aa  128  1.0000000000000001e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0120343  normal  0.0687104 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0325  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.37 
 
 		 335 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  decreased coverage  0.00275048  normal  0.0249624 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3062  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.21 
 
 		 313 aa  128  2.0000000000000002e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.408718  normal  0.752018 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4054  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.28 
 
 		 324 aa  127  2.0000000000000002e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.135242  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0766  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.17 
 
 		 303 aa  122  8e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2155  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.43 
 
 		 324 aa  117  1.9999999999999998e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.190178 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0452  helix-turn-helix type 11 domain protein  35.33 
 
 		 324 aa  117  3e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3934  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.78 
 
 		 321 aa  117  3.9999999999999997e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0769202  hitchhiker  0.00173443 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.54 
 
 		 336 aa  115  7.999999999999999e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0683  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.78 
 
 		 321 aa  114  2.0000000000000002e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1028  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.34 
 
 		 323 aa  108  9.000000000000001e-23  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1185  hypothetical protein  25.38 
 
 		 313 aa  108  1e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2933  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  38.91 
 
 		 321 aa  102  7e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.259462 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0998  transcriptional regulator  23.87 
 
 		 313 aa  101  1e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1001  hypothetical protein  25.38 
 
 		 313 aa  102  1e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1244  HTH domain family  24.77 
 
 		 313 aa  100  4e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0991  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  24.7 
 
 		 302 aa  93.6  4e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5238  transcriptional regulator  23.34 
 
 		 304 aa  91.7  2e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0664508  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2296  Helix-turn-helix type 11 domain protein  21.19 
 
 		 322 aa  89.7  6e-17  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000342768  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3494  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.33 
 
 		 344 aa  89.4  7e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6729  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.19 
 
 		 324 aa  88.2  2e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.41486 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0660  transcriptional regulator, putative  26.99 
 
 		 301 aa  86.7  6e-16  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2821  hypothetical DNA-binding protein  24.7 
 
 		 314 aa  85.9  8e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.184297  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0872  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.65 
 
 		 220 aa  84.7  0.000000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.919156 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0562  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  22.52 
 
 		 317 aa  84  0.000000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.349747  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.66 
 
 		 316 aa  83.6  0.000000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2689  hypothetical protein  21.73 
 
 		 320 aa  82.8  0.000000000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0201589  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45460  hypothetical protein  29.94 
 
 		 323 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0559  transcriptional regulator  22.82 
 
 		 317 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2304  helix-turn-helix, type 11  43.08 
 
 		 208 aa  80.1  0.00000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4059  helix-turn-helix, type 11  32.33 
 
 		 318 aa  80.5  0.00000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.348793  normal  0.0202879 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0713  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.75 
 
 		 319 aa  79.7  0.00000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.677583  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1647  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.36 
 
 		 299 aa  79.7  0.00000000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0684  hypothetical protein  22.52 
 
 		 317 aa  78.6  0.0000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0732899  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2492  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.64 
 
 		 302 aa  77.8  0.0000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.156303  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3859  hypothetical protein  29.82 
 
 		 323 aa  77.4  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0788  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  26.43 
 
 		 319 aa  77.4  0.0000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1363  YobV  24.85 
 
 		 311 aa  77.8  0.0000000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.396054  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0560  transcriptional regulator  21.92 
 
 		 317 aa  77  0.0000000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00184479  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3146  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.23 
 
 		 351 aa  77  0.0000000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1946  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.2 
 
 		 321 aa  76.6  0.0000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0838  hypothetical protein  28.25 
 
 		 229 aa  77  0.0000000000005  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.183627 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5326  DeoR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 318 aa  76.3  0.0000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.587405  normal  0.563326 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3846  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.43 
 
 		 230 aa  76.3  0.0000000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.80209  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4654  hypothetical protein  23.15 
 
 		 317 aa  75.9  0.0000000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000770885  unclonable  9.19298e-26 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0777  hypothetical protein  21.92 
 
 		 317 aa  75.9  0.000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.845326  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1870  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.95 
 
 		 337 aa  75.1  0.000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.199317 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0615  hypothetical protein  21.92 
 
 		 317 aa  75.1  0.000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.759398  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0648  hypothetical protein  21.92 
 
 		 317 aa  75.1  0.000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0266881  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3039  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27 
 
 		 235 aa  74.7  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.545561  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0705  hypothetical protein  22.26 
 
 		 317 aa  74.3  0.000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2401  hypothetical protein  20.54 
 
 		 320 aa  73.9  0.000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.148102  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0764  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.15 
 
 		 298 aa  73.9  0.000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000424784  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2673  hypothetical protein  20.83 
 
 		 320 aa  73.9  0.000000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000327581 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4645  helix-turn-helix, type 11  34.2 
 
 		 333 aa  73.6  0.000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0418126  normal  0.223314 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2474  hypothetical protein  20.83 
 
 		 320 aa  73.2  0.000000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0188594  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2656  hypothetical protein  20.83 
 
 		 320 aa  73.2  0.000000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3646  Helix-turn-helix type 11 domain protein  20.73 
 
 		 309 aa  72.8  0.000000000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000392325  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1092  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.78 
 
 		 315 aa  72.8  0.000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.206539  normal  0.830453 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1336  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.03 
 
 		 314 aa  72.4  0.000000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.45 
 
 		 313 aa  72.4  0.00000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.440872  normal  0.310405 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2503  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.77 
 
 		 232 aa  71.6  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.751243 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2021  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.57 
 
 		 317 aa  70.9  0.00000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0370713  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1731  DeoR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 230 aa  70.5  0.00000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.590959  normal  0.873384 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0450  HTH domain-containing protein  30.54 
 
 		 230 aa  70.5  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0456  helix-turn-helix, type 11  30.54 
 
 		 230 aa  70.5  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2775  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.76 
 
 		 229 aa  70.1  0.00000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0554  TonB-dependent receptor  30.9 
 
 		 234 aa  70.5  0.00000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.665291  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2909  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.34 
 
 		 232 aa  70.1  0.00000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0510  helix-turn-helix, type 11  30.54 
 
 		 230 aa  70.1  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0147  helix-turn-helix, type 11  30.43 
 
 		 316 aa  70.1  0.00000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.552255 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0941  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.7 
 
 		 230 aa  70.1  0.00000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.958625  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>