More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cfla_0325 on replicon NC_014151
Organism: Cellulomonas flavigena DSM 20109



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014151  Cfla_0325  Helix-turn-helix type 11 domain protein  100 
 
 
335 aa  638    Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  decreased coverage  0.00275048  normal  0.0249624 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2933  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  64.65 
 
 
321 aa  358  9.999999999999999e-98  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.259462 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3062  Helix-turn-helix type 11 domain protein  54.78 
 
 
313 aa  267  2e-70  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.408718  normal  0.752018 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6686  hypothetical protein  38.18 
 
 
327 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0918823  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36430  predicted transcriptional regulator  40.49 
 
 
323 aa  165  1.0000000000000001e-39  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.649805 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0064  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35.09 
 
 
328 aa  160  4e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.188997  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0335  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  36.62 
 
 
321 aa  157  2e-37  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.377994  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2944  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35.49 
 
 
324 aa  154  2.9999999999999998e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2507  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.35 
 
 
321 aa  152  8.999999999999999e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0766  Helix-turn-helix type 11 domain protein  46.85 
 
 
303 aa  152  8.999999999999999e-36  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4546  DeoR family transcriptional regulator  44.25 
 
 
314 aa  152  8.999999999999999e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.86893  normal  0.117628 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3934  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.88 
 
 
321 aa  151  1e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0769202  hitchhiker  0.00173443 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4054  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.15 
 
 
324 aa  150  3e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.135242  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4135  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  45.56 
 
 
332 aa  149  8e-35  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.124521  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0875  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.86 
 
 
328 aa  147  2.0000000000000003e-34  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0044  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.26 
 
 
318 aa  144  1e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.164988  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3694  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.19 
 
 
321 aa  144  3e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0509362  hitchhiker  0.00000175857 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2683  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.06 
 
 
324 aa  144  3e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.255194  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3647  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.2 
 
 
320 aa  144  3e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.306366  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5398  helix-turn-helix type 11 domain protein  37.73 
 
 
327 aa  135  7.000000000000001e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.229533  normal  0.331781 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7481  transcriptional regulator-like  38.3 
 
 
326 aa  132  6e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1751  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  37.5 
 
 
325 aa  130  4.0000000000000003e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.33135  normal  0.990555 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3029  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35.81 
 
 
327 aa  129  5.0000000000000004e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.189154  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1376  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.8 
 
 
328 aa  129  8.000000000000001e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7257  helix-turn-helix type 11 domain protein  36.59 
 
 
326 aa  129  8.000000000000001e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.143006 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5791  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  38.74 
 
 
339 aa  126  4.0000000000000003e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3763  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.54 
 
 
323 aa  123  4e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0452  helix-turn-helix type 11 domain protein  37.31 
 
 
324 aa  122  9.999999999999999e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3980  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  41.53 
 
 
317 aa  121  9.999999999999999e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.26771  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1962  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  36.25 
 
 
330 aa  120  1.9999999999999998e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.000800393  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3494  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.32 
 
 
344 aa  119  7e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2166  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.79 
 
 
320 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.304825  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0312  putative transcriptional regulator  34.42 
 
 
388 aa  115  1.0000000000000001e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2496  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.96 
 
 
322 aa  115  1.0000000000000001e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.496312  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1363  YobV  27.55 
 
 
311 aa  114  2.0000000000000002e-24  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.396054  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1028  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.71 
 
 
323 aa  112  1.0000000000000001e-23  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0683  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.97 
 
 
321 aa  110  3e-23  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2155  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.85 
 
 
324 aa  108  1e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.190178 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.2 
 
 
313 aa  106  5e-22  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.440872  normal  0.310405 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3752  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35.41 
 
 
327 aa  104  2e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0372442  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3402  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  38.53 
 
 
323 aa  104  2e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0120343  normal  0.0687104 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0660  transcriptional regulator, putative  27.53 
 
 
301 aa  103  4e-21  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1647  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  37.5 
 
 
366 aa  99.4  7e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.242588  normal  0.121155 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0147  helix-turn-helix, type 11  31.1 
 
 
316 aa  96.3  7e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.552255 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1336  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.91 
 
 
314 aa  95.9  9e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1946  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.89 
 
 
321 aa  93.2  5e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2021  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.62 
 
 
317 aa  92  1e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0370713  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1647  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25.97 
 
 
299 aa  90.9  2e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0562  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25.81 
 
 
317 aa  90.5  4e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.349747  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0991  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  23.36 
 
 
302 aa  88.6  1e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4041  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.78 
 
 
316 aa  88.2  2e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0764  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.34 
 
 
298 aa  87.4  3e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000424784  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5238  transcriptional regulator  21.54 
 
 
304 aa  87.4  3e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0664508  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2492  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.79 
 
 
302 aa  87  4e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.156303  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2098  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.57 
 
 
318 aa  87  4e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2673  putative repressor transcription regulator protein  34.91 
 
 
232 aa  86.7  5e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.94129  normal  0.397505 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4095  DeoR family transcriptional regulator  34.45 
 
 
333 aa  86.3  6e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3428  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  24.22 
 
 
303 aa  86.7  6e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0777  hypothetical protein  26.79 
 
 
317 aa  86.3  7e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.845326  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2503  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.48 
 
 
232 aa  86.3  7e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.751243 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4654  hypothetical protein  27.54 
 
 
317 aa  86.3  7e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000770885  unclonable  9.19298e-26 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0684  hypothetical protein  26.79 
 
 
317 aa  86.3  8e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0732899  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1185  hypothetical protein  29.91 
 
 
313 aa  85.5  0.000000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.54 
 
 
336 aa  85.1  0.000000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0615  hypothetical protein  26.47 
 
 
317 aa  84.3  0.000000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.759398  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0559  transcriptional regulator  26.32 
 
 
317 aa  84.3  0.000000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4059  helix-turn-helix, type 11  36.94 
 
 
318 aa  84.7  0.000000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.348793  normal  0.0202879 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0648  hypothetical protein  26.47 
 
 
317 aa  84.3  0.000000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0266881  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.52 
 
 
316 aa  84.7  0.000000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2909  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.48 
 
 
232 aa  84.3  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0705  hypothetical protein  26.47 
 
 
317 aa  84.3  0.000000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0560  transcriptional regulator  26.6 
 
 
317 aa  83.6  0.000000000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00184479  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0716  hypothetical protein  26.32 
 
 
348 aa  83.6  0.000000000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.129876  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1001  hypothetical protein  30.22 
 
 
313 aa  82.8  0.000000000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2296  Helix-turn-helix type 11 domain protein  20.93 
 
 
322 aa  82.8  0.000000000000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000342768  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0998  transcriptional regulator  30.22 
 
 
313 aa  82.4  0.000000000000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5106  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  33.49 
 
 
319 aa  82.4  0.000000000000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.505458  normal  0.201643 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0713  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.91 
 
 
319 aa  82  0.00000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.677583  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1244  HTH domain family  30.22 
 
 
313 aa  82  0.00000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17920  predicted transcriptional regulator  32.81 
 
 
238 aa  81.3  0.00000000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.384504 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6203  DeoR family transcriptional regulator  34.98 
 
 
318 aa  80.9  0.00000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  33.97 
 
 
317 aa  80.5  0.00000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.161645 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3679  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.48 
 
 
321 aa  80.5  0.00000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0370855  normal  0.293374 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2974  DeoR family transcriptional regulator  31.96 
 
 
319 aa  80.5  0.00000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.779274  normal  0.781562 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2474  hypothetical protein  25 
 
 
320 aa  80.1  0.00000000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0188594  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2656  hypothetical protein  25 
 
 
320 aa  80.1  0.00000000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3859  hypothetical protein  30.57 
 
 
323 aa  79.3  0.00000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0510  helix-turn-helix, type 11  31.03 
 
 
230 aa  79.3  0.00000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45460  hypothetical protein  32.3 
 
 
323 aa  79.3  0.00000000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1789  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.81 
 
 
333 aa  78.6  0.0000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0003326  normal  0.195591 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1644  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.75 
 
 
347 aa  79  0.0000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0304784  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0456  helix-turn-helix, type 11  30.6 
 
 
230 aa  77.8  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.6 
 
 
335 aa  77.8  0.0000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0450  HTH domain-containing protein  30.6 
 
 
230 aa  77.8  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2401  hypothetical protein  24.07 
 
 
320 aa  77.4  0.0000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.148102  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000786  predicted transcriptional regulator  31.8 
 
 
228 aa  77.4  0.0000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0574064  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0988  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30.91 
 
 
317 aa  77.8  0.0000000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0788  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29.96 
 
 
319 aa  77.4  0.0000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.09 
 
 
322 aa  77  0.0000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0941  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.88 
 
 
230 aa  76.3  0.0000000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.958625  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>