More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_3934 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009664  Krad_3934  Helix-turn-helix type 11 domain protein  100 
 
 		 321 aa  609  1e-173  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0769202  hitchhiker  0.00173443 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4054  Helix-turn-helix type 11 domain protein  47.22 
 
 		 324 aa  209  7e-53  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.135242  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36430  predicted transcriptional regulator  39.94 
 
 		 323 aa  174  1.9999999999999998e-42  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.649805 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0875  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.37 
 
 		 328 aa  171  1e-41  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0766  Helix-turn-helix type 11 domain protein  52.66 
 
 		 303 aa  166  2.9999999999999998e-40  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2944  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  37.39 
 
 		 324 aa  163  3e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3062  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.32 
 
 		 313 aa  159  5e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.408718  normal  0.752018 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0335  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  37.8 
 
 		 321 aa  159  7e-38  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.377994  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6686  hypothetical protein  35.5 
 
 		 327 aa  156  5.0000000000000005e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0918823  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0044  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.75 
 
 		 318 aa  154  1e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.164988  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7481  transcriptional regulator-like  34.14 
 
 		 326 aa  150  4e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4546  DeoR family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 314 aa  149  5e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.86893  normal  0.117628 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5398  helix-turn-helix type 11 domain protein  40.54 
 
 		 327 aa  149  5e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.229533  normal  0.331781 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3694  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.42 
 
 		 321 aa  147  3e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0509362  hitchhiker  0.00000175857 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1962  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  38.94 
 
 		 330 aa  145  1e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.000800393  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0325  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.31 
 
 		 335 aa  145  1e-33  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  decreased coverage  0.00275048  normal  0.0249624 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2683  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.57 
 
 		 324 aa  144  2e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.255194  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2933  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  40.56 
 
 		 321 aa  144  2e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.259462 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3763  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35.19 
 
 		 323 aa  143  3e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2507  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.15 
 
 		 321 aa  144  3e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2166  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.25 
 
 		 320 aa  142  9.999999999999999e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.304825  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1376  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.12 
 
 		 328 aa  140  3e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1751  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  37.58 
 
 		 325 aa  140  3e-32  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.33135  normal  0.990555 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3980  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  39.68 
 
 		 317 aa  138  1e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.26771  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0064  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.02 
 
 		 328 aa  138  1e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.188997  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7257  helix-turn-helix type 11 domain protein  39.57 
 
 		 326 aa  137  4e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.143006 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3647  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.77 
 
 		 320 aa  136  4e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.306366  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2496  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.73 
 
 		 322 aa  136  5e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.496312  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4135  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  40.94 
 
 		 332 aa  135  9.999999999999999e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.124521  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0312  putative transcriptional regulator  35.01 
 
 		 388 aa  132  1.0000000000000001e-29  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3402  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  38.53 
 
 		 323 aa  131  1.0000000000000001e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0120343  normal  0.0687104 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3494  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.2 
 
 		 344 aa  129  6e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0452  helix-turn-helix type 11 domain protein  38.14 
 
 		 324 aa  127  2.0000000000000002e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0683  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.31 
 
 		 321 aa  127  2.0000000000000002e-28  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1028  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.22 
 
 		 323 aa  127  2.0000000000000002e-28  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2155  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.29 
 
 		 324 aa  125  8.000000000000001e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.190178 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3029  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.92 
 
 		 327 aa  125  1e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.189154  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0660  transcriptional regulator, putative  27.04 
 
 		 301 aa  115  1.0000000000000001e-24  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5791  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  38.67 
 
 		 339 aa  115  1.0000000000000001e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1647  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25.08 
 
 		 299 aa  114  2.0000000000000002e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2021  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.16 
 
 		 317 aa  110  3e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0370713  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3752  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  43.39 
 
 		 327 aa  110  3e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0372442  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2492  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.65 
 
 		 302 aa  107  2e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.156303  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1363  YobV  25.93 
 
 		 311 aa  105  8e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.396054  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0764  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.25 
 
 		 298 aa  103  3e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000424784  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1647  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  36.99 
 
 		 366 aa  102  8e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.242588  normal  0.121155 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6729  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.35 
 
 		 324 aa  101  1e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.41486 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2296  Helix-turn-helix type 11 domain protein  21.71 
 
 		 322 aa  101  2e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000342768  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2042  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25.15 
 
 		 307 aa  101  2e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.395632  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1185  hypothetical protein  27.91 
 
 		 313 aa  99.8  5e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.4 
 
 		 336 aa  98.6  1e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3428  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  23.84 
 
 		 303 aa  98.6  1e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3646  Helix-turn-helix type 11 domain protein  21.94 
 
 		 309 aa  97.8  2e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000392325  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0705  hypothetical protein  24.85 
 
 		 317 aa  98.2  2e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1336  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.22 
 
 		 314 aa  97.8  2e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0559  transcriptional regulator  24.92 
 
 		 317 aa  97.1  4e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0716  hypothetical protein  24.55 
 
 		 348 aa  96.7  5e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.129876  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4654  hypothetical protein  24.92 
 
 		 317 aa  96.7  5e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000770885  unclonable  9.19298e-26 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.09 
 
 		 316 aa  96.3  6e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0615  hypothetical protein  24.92 
 
 		 317 aa  95.9  8e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.759398  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0648  hypothetical protein  24.92 
 
 		 317 aa  95.9  8e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0266881  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0560  transcriptional regulator  24.24 
 
 		 317 aa  95.1  1e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00184479  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.5 
 
 		 313 aa  94.4  2e-18  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.440872  normal  0.310405 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0684  hypothetical protein  24.24 
 
 		 317 aa  94.7  2e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0732899  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0788  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  27.62 
 
 		 319 aa  94.4  3e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0991  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  24.35 
 
 		 302 aa  93.6  5e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0562  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  24.77 
 
 		 317 aa  93.2  5e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.349747  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0777  hypothetical protein  23.94 
 
 		 317 aa  93.2  6e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.845326  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1946  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35.07 
 
 		 321 aa  92.4  9e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2821  hypothetical DNA-binding protein  24.09 
 
 		 314 aa  92  1e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.184297  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0147  helix-turn-helix, type 11  36.57 
 
 		 316 aa  89.7  7e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.552255 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3039  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.28 
 
 		 235 aa  89.7  7e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.545561  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0941  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28 
 
 		 230 aa  87.8  2e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.958625  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0838  hypothetical protein  28.24 
 
 		 229 aa  87.8  2e-16  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.183627 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2673  hypothetical protein  25.85 
 
 		 320 aa  87  3e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000327581 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2010  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.88 
 
 		 320 aa  87  4e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2689  hypothetical protein  24.41 
 
 		 320 aa  86.7  5e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0201589  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0713  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.12 
 
 		 319 aa  86.7  5e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.677583  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1092  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.1 
 
 		 315 aa  86.7  5e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.206539  normal  0.830453 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2401  hypothetical protein  25.85 
 
 		 320 aa  85.9  7e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.148102  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5238  transcriptional regulator  21.95 
 
 		 304 aa  85.5  0.000000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0664508  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3859  hypothetical protein  38.38 
 
 		 323 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2474  hypothetical protein  25.85 
 
 		 320 aa  84  0.000000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0188594  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2656  hypothetical protein  25.85 
 
 		 320 aa  84  0.000000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45460  hypothetical protein  31.34 
 
 		 323 aa  84  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1731  DeoR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 230 aa  83.2  0.000000000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.590959  normal  0.873384 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0891  transcriptional regulator, putative  21.88 
 
 		 306 aa  82.4  0.00000000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0998  transcriptional regulator  26.99 
 
 		 313 aa  82  0.00000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1244  HTH domain family  25.54 
 
 		 313 aa  82  0.00000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1001  hypothetical protein  26.46 
 
 		 313 aa  81.6  0.00000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2933  helix-turn-helix, type 11  35.05 
 
 		 230 aa  81.6  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.686891  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3671  helix-turn-helix, type 11  32.68 
 
 		 237 aa  81.3  0.00000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.255542  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3846  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.49 
 
 		 230 aa  80.5  0.00000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.80209  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1585  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30 
 
 		 244 aa  80.1  0.00000000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0474711  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4059  helix-turn-helix, type 11  36.53 
 
 		 318 aa  78.2  0.0000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.348793  normal  0.0202879 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.3 
 
 		 318 aa  78.2  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2909  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.45 
 
 		 232 aa  77.4  0.0000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2874  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25.23 
 
 		 322 aa  76.6  0.0000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2503  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35 
 
 		 232 aa  76.3  0.0000000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.751243 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2673  putative repressor transcription regulator protein  36.49 
 
 		 232 aa  76.3  0.0000000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.94129  normal  0.397505 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>