More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_0875 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013441  Gbro_0875  Helix-turn-helix type 11 domain protein  100 
 
 
328 aa  642    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0766  Helix-turn-helix type 11 domain protein  51.3 
 
 
303 aa  247  2e-64  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0452  helix-turn-helix type 11 domain protein  45.03 
 
 
324 aa  223  4.9999999999999996e-57  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2155  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.61 
 
 
324 aa  220  3e-56  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.190178 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2496  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.03 
 
 
322 aa  208  8e-53  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.496312  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0683  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.12 
 
 
321 aa  197  2.0000000000000003e-49  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1028  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.86 
 
 
323 aa  195  1e-48  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3402  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  43.12 
 
 
323 aa  190  2.9999999999999997e-47  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0120343  normal  0.0687104 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3494  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.03 
 
 
344 aa  187  2e-46  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36430  predicted transcriptional regulator  40.06 
 
 
323 aa  182  5.0000000000000004e-45  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.649805 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3934  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.37 
 
 
321 aa  176  6e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0769202  hitchhiker  0.00173443 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5398  helix-turn-helix type 11 domain protein  40.31 
 
 
327 aa  174  9.999999999999999e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.229533  normal  0.331781 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0335  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  42.68 
 
 
321 aa  174  1.9999999999999998e-42  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.377994  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3763  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  36.42 
 
 
323 aa  165  9e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2683  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.06 
 
 
324 aa  163  3e-39  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.255194  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2944  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.67 
 
 
324 aa  160  2e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0064  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.23 
 
 
328 aa  160  3e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.188997  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5791  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  37.01 
 
 
339 aa  157  2e-37  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0044  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.71 
 
 
318 aa  157  2e-37  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.164988  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2933  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  38.24 
 
 
321 aa  157  3e-37  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.259462 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4054  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.05 
 
 
324 aa  155  6e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.135242  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7257  helix-turn-helix type 11 domain protein  37.27 
 
 
326 aa  155  7e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.143006 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1376  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.84 
 
 
328 aa  153  2.9999999999999998e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1962  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.6 
 
 
330 aa  154  2.9999999999999998e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.000800393  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1751  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  37.34 
 
 
325 aa  153  4e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.33135  normal  0.990555 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6686  hypothetical protein  34.85 
 
 
327 aa  152  8.999999999999999e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0918823  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3029  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  39.53 
 
 
327 aa  152  8.999999999999999e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.189154  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2507  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.83 
 
 
321 aa  152  8.999999999999999e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3694  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.46 
 
 
321 aa  151  2e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0509362  hitchhiker  0.00000175857 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3062  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.74 
 
 
313 aa  147  2.0000000000000003e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.408718  normal  0.752018 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7481  transcriptional regulator-like  32.83 
 
 
326 aa  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4135  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  39.76 
 
 
332 aa  146  5e-34  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.124521  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2166  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.95 
 
 
320 aa  144  3e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.304825  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3647  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.92 
 
 
320 aa  143  3e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.306366  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0312  putative transcriptional regulator  33.15 
 
 
388 aa  137  3.0000000000000003e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4546  DeoR family transcriptional regulator  36.33 
 
 
314 aa  137  3.0000000000000003e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.86893  normal  0.117628 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3752  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35.05 
 
 
327 aa  135  7.000000000000001e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0372442  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0325  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.7 
 
 
335 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  decreased coverage  0.00275048  normal  0.0249624 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3980  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  37.68 
 
 
317 aa  134  1.9999999999999998e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.26771  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1647  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  37.41 
 
 
366 aa  121  9.999999999999999e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.242588  normal  0.121155 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.21 
 
 
336 aa  94  3e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2296  Helix-turn-helix type 11 domain protein  21.34 
 
 
322 aa  92.8  7e-18  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000342768  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3428  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  24.76 
 
 
303 aa  92.4  9e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1647  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  24 
 
 
299 aa  91.7  2e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2021  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.56 
 
 
317 aa  90.9  3e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0370713  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1185  hypothetical protein  29.52 
 
 
313 aa  89.7  6e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0991  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  22.19 
 
 
302 aa  88.6  1e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3846  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.6 
 
 
230 aa  88.2  2e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.80209  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2933  helix-turn-helix, type 11  35.55 
 
 
230 aa  87.8  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.686891  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1363  YobV  23.4 
 
 
311 aa  87  4e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.396054  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2775  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.98 
 
 
229 aa  86.7  5e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0788  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  26.19 
 
 
319 aa  86.3  6e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5238  transcriptional regulator  23.15 
 
 
304 aa  86.3  7e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0664508  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2492  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.89 
 
 
302 aa  85.1  0.000000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.156303  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3039  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.83 
 
 
235 aa  85.5  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.545561  normal 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6729  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.86 
 
 
324 aa  84  0.000000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.41486 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1336  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.17 
 
 
314 aa  83.6  0.000000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1092  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.17 
 
 
315 aa  83.6  0.000000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.206539  normal  0.830453 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1001  hypothetical protein  29.65 
 
 
313 aa  83.2  0.000000000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0998  transcriptional regulator  29.65 
 
 
313 aa  82.8  0.000000000000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1244  HTH domain family  29.2 
 
 
313 aa  82.8  0.000000000000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0679  helix-turn-helix, type 11  33.96 
 
 
237 aa  82  0.00000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0450  HTH domain-containing protein  33.49 
 
 
230 aa  81.6  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3646  Helix-turn-helix type 11 domain protein  21.94 
 
 
309 aa  81.6  0.00000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000392325  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0510  helix-turn-helix, type 11  33.49 
 
 
230 aa  81.3  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0456  helix-turn-helix, type 11  33.49 
 
 
230 aa  81.6  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2304  helix-turn-helix, type 11  36.56 
 
 
208 aa  80.9  0.00000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0713  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.51 
 
 
319 aa  80.9  0.00000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.677583  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.92 
 
 
313 aa  80.9  0.00000000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.440872  normal  0.310405 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2503  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.65 
 
 
232 aa  80.5  0.00000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.751243 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2673  hypothetical protein  25.13 
 
 
320 aa  80.9  0.00000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000327581 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4059  helix-turn-helix, type 11  32.68 
 
 
318 aa  80.1  0.00000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.348793  normal  0.0202879 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2474  hypothetical protein  24.73 
 
 
320 aa  79.7  0.00000000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0188594  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2909  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.65 
 
 
232 aa  79.7  0.00000000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2656  hypothetical protein  24.73 
 
 
320 aa  79.7  0.00000000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45460  hypothetical protein  30.54 
 
 
323 aa  79.7  0.00000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0560  transcriptional regulator  28.78 
 
 
317 aa  79.3  0.00000000000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00184479  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2673  putative repressor transcription regulator protein  34.91 
 
 
232 aa  79.3  0.00000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.94129  normal  0.397505 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.47 
 
 
316 aa  79.3  0.00000000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1946  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.04 
 
 
321 aa  79.3  0.00000000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2401  hypothetical protein  25.13 
 
 
320 aa  79.3  0.00000000000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.148102  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2689  hypothetical protein  22.32 
 
 
320 aa  79  0.0000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0201589  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2821  hypothetical DNA-binding protein  22.01 
 
 
314 aa  79  0.0000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.184297  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0680  DeoR family transcriptional regulator  28 
 
 
231 aa  78.6  0.0000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2996  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  31.74 
 
 
226 aa  79  0.0000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2042  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  24.41 
 
 
307 aa  79  0.0000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.395632  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1731  DeoR family transcriptional regulator  27.19 
 
 
230 aa  77.8  0.0000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.590959  normal  0.873384 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0777  hypothetical protein  28.76 
 
 
317 aa  77.4  0.0000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.845326  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0764  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.51 
 
 
298 aa  77.4  0.0000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000424784  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0684  hypothetical protein  28.76 
 
 
317 aa  77.4  0.0000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0732899  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0891  transcriptional regulator, putative  24.76 
 
 
306 aa  77  0.0000000000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2874  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.02 
 
 
322 aa  77  0.0000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2797  putative transcriptional regulator  34.6 
 
 
229 aa  76.6  0.0000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0562  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.43 
 
 
317 aa  76.6  0.0000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.349747  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4654  hypothetical protein  28.44 
 
 
317 aa  75.9  0.0000000000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000770885  unclonable  9.19298e-26 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0147  helix-turn-helix, type 11  32.37 
 
 
316 aa  75.5  0.000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.552255 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0838  hypothetical protein  26.32 
 
 
229 aa  74.7  0.000000000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.183627 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0823  hypothetical protein  24.22 
 
 
251 aa  74.7  0.000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15260  Helix-turn-helix type 11 domain protein  21.32 
 
 
327 aa  75.1  0.000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000190404  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0288  transcriptional factor MdcH  29.05 
 
 
343 aa  74.3  0.000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.727683 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>