More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0312 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_0312  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 388 aa  751    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1647  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  67.05 
 
 		 366 aa  367  1e-100  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.242588  normal  0.121155 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7257  helix-turn-helix type 11 domain protein  52.17 
 
 		 326 aa  335  7.999999999999999e-91  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.143006 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5398  helix-turn-helix type 11 domain protein  50.68 
 
 		 327 aa  311  1e-83  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.229533  normal  0.331781 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1376  Helix-turn-helix type 11 domain protein  47.57 
 
 		 328 aa  301  9e-81  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1751  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  48.77 
 
 		 325 aa  288  2e-76  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.33135  normal  0.990555 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3694  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.99 
 
 		 321 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0509362  hitchhiker  0.00000175857 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2944  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  43.21 
 
 		 324 aa  280  2e-74  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5791  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  47.12 
 
 		 339 aa  277  2e-73  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6686  hypothetical protein  43.51 
 
 		 327 aa  276  6e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0918823  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2507  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.88 
 
 		 321 aa  269  5e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0064  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  40.54 
 
 		 328 aa  256  6e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.188997  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7481  transcriptional regulator-like  41.8 
 
 		 326 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3763  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  41.58 
 
 		 323 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3647  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.29 
 
 		 320 aa  240  2.9999999999999997e-62  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.306366  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4135  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  42.62 
 
 		 332 aa  240  2.9999999999999997e-62  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.124521  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3029  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  41.97 
 
 		 327 aa  234  2.0000000000000002e-60  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.189154  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36430  predicted transcriptional regulator  41.31 
 
 		 323 aa  225  1e-57  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.649805 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3980  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  41.6 
 
 		 317 aa  220  3e-56  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.26771  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0044  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.05 
 
 		 318 aa  214  1.9999999999999998e-54  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.164988  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1962  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  40.83 
 
 		 330 aa  213  4.9999999999999996e-54  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.000800393  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3752  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  39.61 
 
 		 327 aa  193  3e-48  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0372442  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2166  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.15 
 
 		 320 aa  177  2e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.304825  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0335  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35.95 
 
 		 321 aa  173  5e-42  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.377994  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4546  DeoR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 314 aa  159  1e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.86893  normal  0.117628 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2683  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.81 
 
 		 324 aa  154  2.9999999999999998e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.255194  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2496  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.48 
 
 		 322 aa  148  2.0000000000000003e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.496312  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1028  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.46 
 
 		 323 aa  142  9.999999999999999e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0683  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.48 
 
 		 321 aa  139  1e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0452  helix-turn-helix type 11 domain protein  34.85 
 
 		 324 aa  137  4e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0875  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.15 
 
 		 328 aa  133  3.9999999999999996e-30  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3934  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.01 
 
 		 321 aa  132  9e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0769202  hitchhiker  0.00173443 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3402  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.65 
 
 		 323 aa  129  7.000000000000001e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0120343  normal  0.0687104 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2155  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.89 
 
 		 324 aa  128  2.0000000000000002e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.190178 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0766  Helix-turn-helix type 11 domain protein  49.2 
 
 		 303 aa  123  4e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3062  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.69 
 
 		 313 aa  123  6e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.408718  normal  0.752018 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0325  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.33 
 
 		 335 aa  119  7e-26  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  decreased coverage  0.00275048  normal  0.0249624 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2933  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  37.92 
 
 		 321 aa  112  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.259462 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4054  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.92 
 
 		 324 aa  108  1e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.135242  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.46 
 
 		 336 aa  102  1e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0560  transcriptional regulator  31.89 
 
 		 317 aa  102  2e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00184479  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0684  hypothetical protein  31.89 
 
 		 317 aa  101  2e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0732899  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0777  hypothetical protein  31.89 
 
 		 317 aa  102  2e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.845326  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0562  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.89 
 
 		 317 aa  101  3e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.349747  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0615  hypothetical protein  31.35 
 
 		 317 aa  100  4e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.759398  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0648  hypothetical protein  31.35 
 
 		 317 aa  100  4e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0266881  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0705  hypothetical protein  31.35 
 
 		 317 aa  100  5e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0559  transcriptional regulator  31.35 
 
 		 317 aa  100  6e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4654  hypothetical protein  31.35 
 
 		 317 aa  99.8  7e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000770885  unclonable  9.19298e-26 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0716  hypothetical protein  31.35 
 
 		 348 aa  99  1e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.129876  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3494  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.29 
 
 		 344 aa  97.4  4e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2021  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.73 
 
 		 317 aa  97.4  4e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0370713  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1185  hypothetical protein  32.98 
 
 		 313 aa  96.7  7e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1001  hypothetical protein  30.57 
 
 		 313 aa  92.8  8e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0998  transcriptional regulator  30.57 
 
 		 313 aa  92.4  1e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45460  hypothetical protein  29.51 
 
 		 323 aa  92  1e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1244  HTH domain family  30.57 
 
 		 313 aa  92.4  1e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0788  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30.32 
 
 		 319 aa  92  1e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0872  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.44 
 
 		 220 aa  91.3  3e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.919156 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4059  helix-turn-helix, type 11  38.97 
 
 		 318 aa  88.2  2e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.348793  normal  0.0202879 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.69 
 
 		 316 aa  87.8  3e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4645  helix-turn-helix, type 11  30.27 
 
 		 333 aa  87  6e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0418126  normal  0.223314 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1336  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.95 
 
 		 314 aa  85.9  0.000000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3859  hypothetical protein  35.9 
 
 		 323 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2304  helix-turn-helix, type 11  37.23 
 
 		 208 aa  84  0.000000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1092  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.1 
 
 		 315 aa  83.2  0.000000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.206539  normal  0.830453 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0680  DeoR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 231 aa  82.4  0.00000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2857  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.46 
 
 		 326 aa  81.6  0.00000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0404483  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3646  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.57 
 
 		 309 aa  82  0.00000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000392325  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3039  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.34 
 
 		 235 aa  81.3  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.545561  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3679  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.14 
 
 		 321 aa  79  0.0000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0370855  normal  0.293374 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6729  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.16 
 
 		 324 aa  78.6  0.0000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.41486 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0764  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.11 
 
 		 298 aa  78.2  0.0000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000424784  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3428  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.6 
 
 		 303 aa  77.8  0.0000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2296  Helix-turn-helix type 11 domain protein  20.16 
 
 		 322 aa  76.6  0.0000000000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000342768  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0147  helix-turn-helix, type 11  31.75 
 
 		 316 aa  76.6  0.0000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.552255 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1647  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.46 
 
 		 299 aa  76.3  0.0000000000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3846  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.32 
 
 		 230 aa  76.3  0.0000000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.80209  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1363  YobV  27.04 
 
 		 311 aa  76.6  0.0000000000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.396054  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1731  DeoR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 230 aa  76.3  0.0000000000009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.590959  normal  0.873384 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3341  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.93 
 
 		 177 aa  75.1  0.000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000205485  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1289  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.48 
 
 		 315 aa  73.9  0.000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.447111 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1998  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.8 
 
 		 334 aa  73.6  0.000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.556593 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0660  transcriptional regulator, putative  27.72 
 
 		 301 aa  73.2  0.000000000008  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2673  hypothetical protein  26.74 
 
 		 320 aa  73.2  0.000000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000327581 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2689  hypothetical protein  26.74 
 
 		 320 aa  72  0.00000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0201589  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2401  hypothetical protein  26.2 
 
 		 320 aa  72  0.00000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.148102  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0838  hypothetical protein  24.54 
 
 		 229 aa  71.6  0.00000000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.183627 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1946  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.22 
 
 		 321 aa  71.6  0.00000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0991  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  24.73 
 
 		 302 aa  71.6  0.00000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0713  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25.67 
 
 		 319 aa  71.2  0.00000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.677583  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0510  helix-turn-helix, type 11  33.69 
 
 		 230 aa  70.9  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0456  helix-turn-helix, type 11  33.69 
 
 		 230 aa  71.2  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0450  HTH domain-containing protein  33.69 
 
 		 230 aa  71.2  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0382  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.04 
 
 		 333 aa  71.2  0.00000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.117118  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2503  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.02 
 
 		 232 aa  70.1  0.00000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.751243 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0327  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.47 
 
 		 339 aa  70.1  0.00000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.489263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1870  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.17 
 
 		 337 aa  70.1  0.00000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.199317 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2474  hypothetical protein  26.2 
 
 		 320 aa  69.7  0.00000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0188594  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2656  hypothetical protein  26.2 
 
 		 320 aa  69.7  0.00000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>