More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_0359 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_0359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  100 
 
 		 318 aa  662    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1289  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.53 
 
 		 315 aa  271  1e-71  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.447111 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1092  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.77 
 
 		 315 aa  256  4e-67  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.206539  normal  0.830453 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0788  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  39.12 
 
 		 319 aa  224  1e-57  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6729  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.35 
 
 		 324 aa  211  2e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.41486 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35.33 
 
 		 316 aa  202  5e-51  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0680  DeoR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 231 aa  194  2e-48  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3846  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.81 
 
 		 230 aa  192  9e-48  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.80209  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.08 
 
 		 336 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1731  DeoR family transcriptional regulator  39.21 
 
 		 230 aa  174  9.999999999999999e-43  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.590959  normal  0.873384 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0838  hypothetical protein  39.39 
 
 		 229 aa  172  5e-42  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.183627 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3039  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.74 
 
 		 235 aa  168  1e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.545561  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0941  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  37.5 
 
 		 230 aa  167  2.9999999999999998e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.958625  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1185  hypothetical protein  31.21 
 
 		 313 aa  166  5e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1244  HTH domain family  30.67 
 
 		 313 aa  157  3e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0998  transcriptional regulator  31.01 
 
 		 313 aa  156  4e-37  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1001  hypothetical protein  30.06 
 
 		 313 aa  155  9e-37  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1180  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.67 
 
 		 233 aa  142  8e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006663  SEA0009  transcriptional regulator, putative  61.68 
 
 		 111 aa  141  1.9999999999999998e-32  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.227571  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1734  transcriptional regulator, putative  33.33 
 
 		 233 aa  140  3e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.781604  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1676  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 233 aa  140  3.9999999999999997e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000786  predicted transcriptional regulator  35.22 
 
 		 228 aa  135  9.999999999999999e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0574064  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0108  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.33 
 
 		 240 aa  135  9.999999999999999e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.403778 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3432  helix-turn-helix, type 11  34.19 
 
 		 234 aa  133  3.9999999999999996e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.587974  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0554  TonB-dependent receptor  32.91 
 
 		 234 aa  129  5.0000000000000004e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.665291  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0450  HTH domain-containing protein  34.93 
 
 		 230 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1823  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.36 
 
 		 237 aa  128  2.0000000000000002e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.406304  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0456  helix-turn-helix, type 11  34.93 
 
 		 230 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0510  helix-turn-helix, type 11  34.93 
 
 		 230 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0172  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  33.48 
 
 		 242 aa  127  3e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.657073  normal  0.98017 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2010  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.69 
 
 		 320 aa  126  5e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2503  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.67 
 
 		 232 aa  124  1e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.751243 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2933  helix-turn-helix, type 11  32 
 
 		 230 aa  123  3e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.686891  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0190  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.04 
 
 		 242 aa  123  5e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2797  putative transcriptional regulator  33.63 
 
 		 229 aa  123  5e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0369  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.55 
 
 		 229 aa  122  5e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.189659 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2909  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.67 
 
 		 232 aa  122  6e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  32.74 
 
 		 227 aa  122  8e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0679  helix-turn-helix, type 11  32.88 
 
 		 237 aa  122  9e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2673  putative repressor transcription regulator protein  30.97 
 
 		 232 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.94129  normal  0.397505 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3142  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.82 
 
 		 232 aa  120  3e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.92923  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0151  helix-turn-helix, type 11  30.47 
 
 		 231 aa  120  3e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3821  hypothetical protein  34.07 
 
 		 232 aa  118  9.999999999999999e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1758  hypothetical protein  31.42 
 
 		 230 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0672  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.85 
 
 		 228 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.664641  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3553  helix-turn-helix, type 11  28.57 
 
 		 238 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0221  helix-turn-helix, type 11  32.69 
 
 		 228 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0705  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  32.69 
 
 		 228 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.179711  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2785  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  32.85 
 
 		 229 aa  116  5e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0104  hypothetical protein  31.86 
 
 		 230 aa  116  6e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0621  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.69 
 
 		 228 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.296179  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3791  transcriptional regulator-like  32.2 
 
 		 228 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.55139  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0596  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  32.69 
 
 		 228 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1558  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.54 
 
 		 237 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1644  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.71 
 
 		 347 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0304784  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4005  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 246 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.22778  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2786  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.54 
 
 		 237 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.987618  normal  0.72002 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2704  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30.97 
 
 		 232 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.981557  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1564  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30.54 
 
 		 237 aa  114  3e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1593  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.13 
 
 		 237 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.375886 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2538  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  32.37 
 
 		 232 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2605  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  32.37 
 
 		 232 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2775  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.84 
 
 		 229 aa  113  4.0000000000000004e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0532  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.03 
 
 		 231 aa  112  6e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2541  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  32.85 
 
 		 228 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1457  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  31.42 
 
 		 225 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.510976  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0694  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.37 
 
 		 246 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.454528  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3428  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.56 
 
 		 303 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2577  DeoR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 238 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1946  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.25 
 
 		 321 aa  111  2.0000000000000002e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15260  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.45 
 
 		 327 aa  111  2.0000000000000002e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000190404  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3646  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.88 
 
 		 230 aa  110  3e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0282  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35.58 
 
 		 231 aa  110  4.0000000000000004e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3400  hypothetical protein  32.35 
 
 		 226 aa  108  1e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5977  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.74 
 
 		 231 aa  108  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.374689  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2105  hypothetical protein  32.84 
 
 		 228 aa  107  2e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2094  hypothetical protein  32.84 
 
 		 228 aa  107  2e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4540  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.06 
 
 		 228 aa  108  2e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3521  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30 
 
 		 231 aa  108  2e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1191  hypothetical protein  29.87 
 
 		 235 aa  107  2e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.351784  normal  0.832163 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4400  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.58 
 
 		 231 aa  107  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4080  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.06 
 
 		 230 aa  106  4e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2996  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30.97 
 
 		 226 aa  106  5e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2627  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.82 
 
 		 242 aa  105  8e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2821  hypothetical DNA-binding protein  25.16 
 
 		 314 aa  104  2e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.184297  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4069  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.04 
 
 		 225 aa  104  2e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2368  helix-turn-helix, type 11  29.13 
 
 		 231 aa  103  4e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.150063 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2626  helix-turn-helix, type 11  30.04 
 
 		 230 aa  103  5e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.182787  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2670  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30.04 
 
 		 230 aa  103  5e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.750457  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3900  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.24 
 
 		 230 aa  102  7e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.543885  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1583  hypothetical protein  31.42 
 
 		 234 aa  102  1e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.906124  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0831  transcriptional regulator-like  30.53 
 
 		 244 aa  101  1e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0455803 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0713  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.4 
 
 		 319 aa  102  1e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.677583  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0408  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29.11 
 
 		 233 aa  102  1e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.855844 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.34 
 
 		 232 aa  101  2e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.117205 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2679  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.69 
 
 		 228 aa  100  2e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5970  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.98 
 
 		 241 aa  99.8  6e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.392838 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0588  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.23 
 
 		 237 aa  99  9e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3390  transcriptional regulator (repressor protein)  31.48 
 
 		 228 aa  98.6  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2550  putative transcriptional regulator  31.48 
 
 		 228 aa  98.6  1e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>