260 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0408 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0408  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  100 
 
 		 233 aa  462  1e-129  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.855844 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2627  Helix-turn-helix type 11 domain protein  53.81 
 
 		 242 aa  220  9.999999999999999e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2599  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  55.16 
 
 		 235 aa  212  3.9999999999999995e-54  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.799328 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2822  Helix-turn-helix type 11 domain protein  54.71 
 
 		 235 aa  210  1e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.424495  normal  0.108616 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2992  helix-turn-helix, type 11  46.4 
 
 		 252 aa  192  5e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.684158 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5977  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.44 
 
 		 231 aa  153  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.374689  normal  1 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0104  hypothetical protein  38.36 
 
 		 230 aa  151  7e-36  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2105  hypothetical protein  40.54 
 
 		 228 aa  151  1e-35  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2094  hypothetical protein  40.54 
 
 		 228 aa  151  1e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3821  hypothetical protein  42.15 
 
 		 232 aa  147  1.0000000000000001e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0532  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  42.08 
 
 		 231 aa  145  5e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0831  transcriptional regulator-like  41.44 
 
 		 244 aa  144  9e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0455803 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3646  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.18 
 
 		 230 aa  142  3e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0369  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  37.1 
 
 		 229 aa  138  7.999999999999999e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.189659 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2368  helix-turn-helix, type 11  41.1 
 
 		 231 aa  137  1e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.150063 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2089  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  40.18 
 
 		 237 aa  135  4e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.641654  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0282  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  37.93 
 
 		 231 aa  135  5e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2475  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  38.46 
 
 		 252 aa  135  6.0000000000000005e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0100218  normal  0.326712 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0108  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  39.74 
 
 		 240 aa  132  3.9999999999999996e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.403778 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3900  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.91 
 
 		 230 aa  132  5e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.543885  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4400  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.57 
 
 		 231 aa  132  6.999999999999999e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4080  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.57 
 
 		 230 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2380  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  41.63 
 
 		 228 aa  129  4.0000000000000003e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7104  hypothetical protein  38.5 
 
 		 232 aa  125  6e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000786  predicted transcriptional regulator  34.82 
 
 		 228 aa  122  4e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0574064  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3752  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.12 
 
 		 235 aa  122  6e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4305  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.92 
 
 		 233 aa  121  8e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0588  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35.95 
 
 		 237 aa  121  9e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5701  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  36.65 
 
 		 229 aa  120  9.999999999999999e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.818045  normal  0.0721904 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2577  DeoR family transcriptional regulator  39.64 
 
 		 238 aa  118  7e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0554  TonB-dependent receptor  32.49 
 
 		 234 aa  118  7e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.665291  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4185  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  38.5 
 
 		 248 aa  118  7e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0146  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  38.5 
 
 		 233 aa  117  9.999999999999999e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3551  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  36.5 
 
 		 238 aa  115  5e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1734  transcriptional regulator, putative  37.5 
 
 		 233 aa  113  2.0000000000000002e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.781604  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0456  helix-turn-helix, type 11  38.5 
 
 		 230 aa  113  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0510  helix-turn-helix, type 11  38.5 
 
 		 230 aa  113  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3432  helix-turn-helix, type 11  38.7 
 
 		 234 aa  113  2.0000000000000002e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.587974  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0450  HTH domain-containing protein  38.5 
 
 		 230 aa  113  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3216  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.8 
 
 		 224 aa  113  3e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1676  putative transcriptional regulator  37.5 
 
 		 233 aa  113  3e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2541  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  35.81 
 
 		 228 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2785  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  34.86 
 
 		 229 aa  112  6e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1180  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  38.36 
 
 		 233 aa  112  6e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0679  helix-turn-helix, type 11  37.09 
 
 		 237 aa  111  1.0000000000000001e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2996  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  37.62 
 
 		 226 aa  110  2.0000000000000002e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3400  hypothetical protein  37.25 
 
 		 226 aa  109  3e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3142  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35.1 
 
 		 232 aa  108  6e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.92923  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4069  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.88 
 
 		 225 aa  108  9.000000000000001e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2933  helix-turn-helix, type 11  37.07 
 
 		 230 aa  106  3e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.686891  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2797  putative transcriptional regulator  38.83 
 
 		 229 aa  106  4e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5970  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34 
 
 		 241 aa  105  6e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.392838 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0672  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.95 
 
 		 228 aa  104  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.664641  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2539  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  36.41 
 
 		 228 aa  103  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0621  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35.44 
 
 		 228 aa  103  2e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.296179  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0596  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  35.44 
 
 		 228 aa  103  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3791  transcriptional regulator-like  34.95 
 
 		 228 aa  103  3e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.55139  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1583  hypothetical protein  32.77 
 
 		 234 aa  102  4e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.906124  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0221  helix-turn-helix, type 11  34.95 
 
 		 228 aa  102  4e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0705  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  34.95 
 
 		 228 aa  102  4e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.179711  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.11 
 
 		 318 aa  102  7e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2605  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  32.6 
 
 		 232 aa  101  1e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3553  helix-turn-helix, type 11  32.72 
 
 		 238 aa  100  2e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2538  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  32.6 
 
 		 232 aa  100  2e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  36.62 
 
 		 227 aa  100  2e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2775  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.21 
 
 		 229 aa  100  2e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1262  hypothetical protein  36.41 
 
 		 228 aa  100  3e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0680  DeoR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 231 aa  100  3e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2704  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  32.6 
 
 		 232 aa  99.8  3e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.981557  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.53 
 
 		 316 aa  99.8  3e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3039  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.51 
 
 		 235 aa  99.8  4e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.545561  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1758  hypothetical protein  31 
 
 		 230 aa  99.4  4e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0284  hypothetical protein  36.41 
 
 		 361 aa  98.6  8e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3348  hypothetical protein  36.41 
 
 		 339 aa  98.2  9e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.822547  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2370  hypothetical protein  36.41 
 
 		 228 aa  97.8  1e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3390  transcriptional regulator (repressor protein)  36.41 
 
 		 228 aa  97.8  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1146  hypothetical protein  36.41 
 
 		 228 aa  97.8  1e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0387023  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2550  putative transcriptional regulator  36.41 
 
 		 228 aa  97.8  1e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0788  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29.41 
 
 		 319 aa  97.4  2e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0970  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.5 
 
 		 230 aa  97.4  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.890751  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2679  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35.44 
 
 		 228 aa  96.7  3e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2449  helix-turn-helix, type 11  33.33 
 
 		 229 aa  96.7  3e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.153287 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3383  putative transcriptional regulator  35.92 
 
 		 367 aa  96.7  3e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.296007  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1289  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.84 
 
 		 315 aa  96.3  4e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.447111 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1191  hypothetical protein  35.81 
 
 		 235 aa  95.5  6e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.351784  normal  0.832163 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1823  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.12 
 
 		 237 aa  95.1  7e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.406304  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0848  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33 
 
 		 230 aa  94.7  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.814852 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0190  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.81 
 
 		 242 aa  94.4  1e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1457  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  33.01 
 
 		 225 aa  94.7  1e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.510976  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0878  helix-turn-helix, type 11  33.62 
 
 		 233 aa  94  2e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0490604 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0151  helix-turn-helix, type 11  31.88 
 
 		 231 aa  93.2  3e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1593  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.2 
 
 		 237 aa  92  6e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.375886 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4540  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.02 
 
 		 228 aa  92  8e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3521  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  34.31 
 
 		 231 aa  91.7  9e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2786  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.71 
 
 		 237 aa  91.3  1e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.987618  normal  0.72002 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1564  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  31.71 
 
 		 237 aa  91.3  1e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1558  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.71 
 
 		 237 aa  91.3  1e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0172  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  35.21 
 
 		 242 aa  90.9  2e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.657073  normal  0.98017 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0941  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.53 
 
 		 230 aa  90.5  2e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.958625  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2503  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.83 
 
 		 232 aa  90.1  3e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.751243 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>