More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_2577 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_2577  DeoR family transcriptional regulator  100 
 
 		 238 aa  481  1e-135  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5977  Helix-turn-helix type 11 domain protein  51.35 
 
 		 231 aa  221  9e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.374689  normal  1 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0104  hypothetical protein  47.83 
 
 		 230 aa  216  2e-55  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3646  Helix-turn-helix type 11 domain protein  50 
 
 		 230 aa  216  2e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0369  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  49.33 
 
 		 229 aa  212  3.9999999999999995e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.189659 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3821  hypothetical protein  50.9 
 
 		 232 aa  210  2e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0831  transcriptional regulator-like  49.33 
 
 		 244 aa  209  4e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0455803 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0532  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  48.2 
 
 		 231 aa  208  5e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2380  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  48.43 
 
 		 228 aa  196  2.0000000000000003e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2105  hypothetical protein  46.64 
 
 		 228 aa  196  3e-49  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2094  hypothetical protein  46.64 
 
 		 228 aa  196  3e-49  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2368  helix-turn-helix, type 11  47.58 
 
 		 231 aa  195  4.0000000000000005e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.150063 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4185  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  47.37 
 
 		 248 aa  194  1e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3551  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  44.78 
 
 		 238 aa  190  1e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7104  hypothetical protein  43.95 
 
 		 232 aa  188  8e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4305  Helix-turn-helix type 11 domain protein  45.62 
 
 		 233 aa  187  1e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5970  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  41.74 
 
 		 241 aa  185  6e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.392838 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2475  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  44.44 
 
 		 252 aa  184  7e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0100218  normal  0.326712 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3900  Helix-turn-helix type 11 domain protein  45.7 
 
 		 230 aa  180  1e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.543885  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2089  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  42.99 
 
 		 237 aa  177  2e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.641654  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0146  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  40.25 
 
 		 233 aa  172  2.9999999999999996e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1734  transcriptional regulator, putative  42.49 
 
 		 233 aa  171  5.999999999999999e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.781604  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1676  putative transcriptional regulator  42.49 
 
 		 233 aa  171  7.999999999999999e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4080  Helix-turn-helix type 11 domain protein  47.32 
 
 		 230 aa  169  4e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4400  Helix-turn-helix type 11 domain protein  47.32 
 
 		 231 aa  168  7e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1180  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  42.49 
 
 		 233 aa  167  1e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5701  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  40.81 
 
 		 229 aa  163  2.0000000000000002e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.818045  normal  0.0721904 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3216  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.99 
 
 		 224 aa  163  2.0000000000000002e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000786  predicted transcriptional regulator  41.44 
 
 		 228 aa  162  5.0000000000000005e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0574064  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1583  hypothetical protein  38.79 
 
 		 234 aa  161  7e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.906124  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3752  Helix-turn-helix type 11 domain protein  46.19 
 
 		 235 aa  161  7e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0282  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  43.5 
 
 		 231 aa  161  8.000000000000001e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3553  helix-turn-helix, type 11  39.57 
 
 		 238 aa  160  2e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0108  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  47.34 
 
 		 240 aa  157  1e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.403778 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4069  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.91 
 
 		 225 aa  155  6e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3142  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  44 
 
 		 232 aa  154  1e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.92923  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2541  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  42.36 
 
 		 228 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2785  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  40.48 
 
 		 229 aa  152  4e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3400  hypothetical protein  38.33 
 
 		 226 aa  152  5.9999999999999996e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0588  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  44.66 
 
 		 237 aa  152  5.9999999999999996e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0970  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.67 
 
 		 230 aa  151  7e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.890751  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2449  helix-turn-helix, type 11  39.46 
 
 		 229 aa  151  8e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.153287 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0848  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.69 
 
 		 230 aa  150  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.814852 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0554  TonB-dependent receptor  39.91 
 
 		 234 aa  147  1.0000000000000001e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.665291  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2933  helix-turn-helix, type 11  41.05 
 
 		 230 aa  145  5e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.686891  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3432  helix-turn-helix, type 11  40.09 
 
 		 234 aa  143  3e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.587974  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2627  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.03 
 
 		 242 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2996  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  39.65 
 
 		 226 aa  141  9.999999999999999e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1758  hypothetical protein  40.1 
 
 		 230 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2503  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.39 
 
 		 232 aa  139  4.999999999999999e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.751243 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  41.71 
 
 		 227 aa  139  6e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2909  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.39 
 
 		 232 aa  137  1e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0679  helix-turn-helix, type 11  41.2 
 
 		 237 aa  137  1e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1823  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.05 
 
 		 237 aa  137  1e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.406304  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1593  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  39.6 
 
 		 237 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.375886 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1191  hypothetical protein  40.48 
 
 		 235 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.351784  normal  0.832163 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0190  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.18 
 
 		 242 aa  135  4e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0172  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  40.18 
 
 		 242 aa  135  5e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.657073  normal  0.98017 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2786  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.11 
 
 		 237 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.987618  normal  0.72002 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1558  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  39.11 
 
 		 237 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1564  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  39.11 
 
 		 237 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2673  putative repressor transcription regulator protein  37.91 
 
 		 232 aa  134  8e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.94129  normal  0.397505 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0151  helix-turn-helix, type 11  37.38 
 
 		 231 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2992  helix-turn-helix, type 11  39.27 
 
 		 252 aa  134  9.999999999999999e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.684158 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2704  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  38.61 
 
 		 232 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.981557  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2538  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  38.61 
 
 		 232 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2605  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  38.61 
 
 		 232 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0408  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  39.64 
 
 		 233 aa  134  1.9999999999999998e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.855844 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0510  helix-turn-helix, type 11  38.57 
 
 		 230 aa  133  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1457  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  39.11 
 
 		 225 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.510976  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2797  putative transcriptional regulator  41.43 
 
 		 229 aa  133  3e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0456  helix-turn-helix, type 11  38.57 
 
 		 230 aa  133  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0450  HTH domain-containing protein  38.57 
 
 		 230 aa  133  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1799  helix-turn-helix, type 11  36 
 
 		 229 aa  124  1e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.000591723  normal  0.0198726 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0878  helix-turn-helix, type 11  33.89 
 
 		 233 aa  124  2e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0490604 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0221  helix-turn-helix, type 11  36.49 
 
 		 228 aa  123  2e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0705  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  36.49 
 
 		 228 aa  123  2e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.179711  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3521  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  35.85 
 
 		 231 aa  123  2e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4540  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.37 
 
 		 228 aa  123  3e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3791  transcriptional regulator-like  36.49 
 
 		 228 aa  122  5e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.55139  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0672  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  36.02 
 
 		 228 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.664641  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.21 
 
 		 318 aa  121  9.999999999999999e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0621  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35.07 
 
 		 228 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.296179  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2822  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.54 
 
 		 235 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.424495  normal  0.108616 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0596  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  35.07 
 
 		 228 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2539  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35.59 
 
 		 228 aa  120  3e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  36.41 
 
 		 316 aa  119  3.9999999999999996e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2775  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.5 
 
 		 229 aa  117  9.999999999999999e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2599  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  40.09 
 
 		 235 aa  116  3e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.799328 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0680  DeoR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 231 aa  115  6e-25  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0694  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.1 
 
 		 246 aa  112  3e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.454528  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4005  putative transcriptional regulator  36.94 
 
 		 246 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.22778  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1731  DeoR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 230 aa  109  4.0000000000000004e-23  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.590959  normal  0.873384 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2370  hypothetical protein  34.55 
 
 		 228 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3390  transcriptional regulator (repressor protein)  34.55 
 
 		 228 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1146  hypothetical protein  34.55 
 
 		 228 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0387023  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2550  putative transcriptional regulator  34.55 
 
 		 228 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0284  hypothetical protein  34.55 
 
 		 361 aa  107  1e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3348  hypothetical protein  34.55 
 
 		 339 aa  107  1e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.822547  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3383  putative transcriptional regulator  34.55 
 
 		 367 aa  107  1e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.296007  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>