More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2992 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2992  helix-turn-helix, type 11  100 
 
 		 252 aa  509  1e-143  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.684158 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2627  Helix-turn-helix type 11 domain protein  47.11 
 
 		 242 aa  198  7.999999999999999e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2822  Helix-turn-helix type 11 domain protein  47.81 
 
 		 235 aa  194  1e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.424495  normal  0.108616 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2599  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  48.25 
 
 		 235 aa  194  2e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.799328 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0408  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  46.4 
 
 		 233 aa  192  5e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.855844 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0369  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  40.97 
 
 		 229 aa  159  4e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.189659 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2475  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  45.5 
 
 		 252 aa  159  4e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0100218  normal  0.326712 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2105  hypothetical protein  41.67 
 
 		 228 aa  155  6e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2094  hypothetical protein  41.67 
 
 		 228 aa  155  6e-37  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2368  helix-turn-helix, type 11  43.93 
 
 		 231 aa  154  2e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.150063 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0104  hypothetical protein  38.12 
 
 		 230 aa  150  2e-35  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3821  hypothetical protein  40.18 
 
 		 232 aa  149  3e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0532  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  41.1 
 
 		 231 aa  149  4e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5977  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.18 
 
 		 231 aa  145  7.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.374689  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0588  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  39.35 
 
 		 237 aa  145  9e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3900  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.1 
 
 		 230 aa  144  1e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.543885  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3646  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.82 
 
 		 230 aa  142  4e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000786  predicted transcriptional regulator  39.05 
 
 		 228 aa  141  9.999999999999999e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0574064  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2380  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  40.35 
 
 		 228 aa  139  3.9999999999999997e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4305  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.57 
 
 		 233 aa  138  8.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0831  transcriptional regulator-like  40.65 
 
 		 244 aa  138  1e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0455803 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4069  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.95 
 
 		 225 aa  138  1e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2449  helix-turn-helix, type 11  40.19 
 
 		 229 aa  135  6.0000000000000005e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.153287 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2785  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  39.81 
 
 		 229 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0970  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.41 
 
 		 230 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.890751  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2996  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  40.87 
 
 		 226 aa  133  1.9999999999999998e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3551  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  39.2 
 
 		 238 aa  134  1.9999999999999998e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5701  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  39.27 
 
 		 229 aa  133  3e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.818045  normal  0.0721904 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0108  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  38.36 
 
 		 240 aa  132  3.9999999999999996e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.403778 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2089  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  38.99 
 
 		 237 aa  132  3.9999999999999996e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.641654  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3752  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40 
 
 		 235 aa  132  6.999999999999999e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1758  hypothetical protein  37.79 
 
 		 230 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2538  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  38.71 
 
 		 232 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2605  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  38.71 
 
 		 232 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3553  helix-turn-helix, type 11  39.15 
 
 		 238 aa  130  3e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2704  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  38.71 
 
 		 232 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.981557  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0848  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.94 
 
 		 230 aa  128  8.000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.814852 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1457  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  39.42 
 
 		 225 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.510976  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3142  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  38.35 
 
 		 232 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.92923  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0554  TonB-dependent receptor  35.68 
 
 		 234 aa  127  2.0000000000000002e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.665291  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4400  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.38 
 
 		 231 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3400  hypothetical protein  37.8 
 
 		 226 aa  126  4.0000000000000003e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1593  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  39.42 
 
 		 237 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.375886 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4080  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.89 
 
 		 230 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0282  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  37.62 
 
 		 231 aa  126  4.0000000000000003e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0672  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  39.22 
 
 		 228 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.664641  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2541  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  39.81 
 
 		 228 aa  125  5e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2786  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.94 
 
 		 237 aa  125  7e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.987618  normal  0.72002 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0621  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  39.22 
 
 		 228 aa  125  7e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.296179  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0596  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  39.22 
 
 		 228 aa  125  7e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1558  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  38.94 
 
 		 237 aa  125  7e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3791  transcriptional regulator-like  39.22 
 
 		 228 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.55139  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0221  helix-turn-helix, type 11  39.22 
 
 		 228 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0705  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  39.22 
 
 		 228 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.179711  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1564  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  38.94 
 
 		 237 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4185  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35.47 
 
 		 248 aa  123  2e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3216  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.07 
 
 		 224 aa  124  2e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2577  DeoR family transcriptional regulator  41.09 
 
 		 238 aa  123  3e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0146  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  38.83 
 
 		 233 aa  123  4e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0679  helix-turn-helix, type 11  37.79 
 
 		 237 aa  122  6e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3432  helix-turn-helix, type 11  39.44 
 
 		 234 aa  121  9.999999999999999e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.587974  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4540  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.53 
 
 		 228 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7104  hypothetical protein  36.05 
 
 		 232 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2539  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  37.25 
 
 		 228 aa  119  6e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1676  putative transcriptional regulator  36.41 
 
 		 233 aa  117  9.999999999999999e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1180  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  36.53 
 
 		 233 aa  118  9.999999999999999e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0151  helix-turn-helix, type 11  37.9 
 
 		 231 aa  117  9.999999999999999e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  37.33 
 
 		 316 aa  117  9.999999999999999e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1191  hypothetical protein  39.07 
 
 		 235 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.351784  normal  0.832163 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5970  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.05 
 
 		 241 aa  115  5e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.392838 
 
 
-
 
NC_004310  BR1734  transcriptional regulator, putative  36.41 
 
 		 233 aa  115  5e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.781604  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1799  helix-turn-helix, type 11  34.98 
 
 		 229 aa  115  7.999999999999999e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.000591723  normal  0.0198726 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2775  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  36.49 
 
 		 229 aa  114  1.0000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2797  putative transcriptional regulator  40.65 
 
 		 229 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3521  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  37.38 
 
 		 231 aa  114  1.0000000000000001e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1823  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.21 
 
 		 237 aa  114  2.0000000000000002e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.406304  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3383  putative transcriptional regulator  40.1 
 
 		 367 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.296007  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0878  helix-turn-helix, type 11  34.12 
 
 		 233 aa  112  4.0000000000000004e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0490604 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4005  putative transcriptional regulator  36.84 
 
 		 246 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.22778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3348  hypothetical protein  40.69 
 
 		 339 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.822547  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2370  hypothetical protein  40.69 
 
 		 228 aa  112  5e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3390  transcriptional regulator (repressor protein)  40.69 
 
 		 228 aa  112  5e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  35.65 
 
 		 227 aa  112  5e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0284  hypothetical protein  40.69 
 
 		 361 aa  112  5e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1146  hypothetical protein  40.69 
 
 		 228 aa  112  5e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0387023  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2550  putative transcriptional regulator  40.69 
 
 		 228 aa  112  5e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2503  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.19 
 
 		 232 aa  112  7.000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.751243 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1583  hypothetical protein  33.48 
 
 		 234 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.906124  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0941  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35.29 
 
 		 230 aa  111  1.0000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.958625  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.73 
 
 		 336 aa  110  1.0000000000000001e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2909  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.77 
 
 		 232 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1262  hypothetical protein  40.2 
 
 		 228 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0456  helix-turn-helix, type 11  33.93 
 
 		 230 aa  107  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2933  helix-turn-helix, type 11  37.8 
 
 		 230 aa  107  1e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.686891  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0450  HTH domain-containing protein  33.93 
 
 		 230 aa  107  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0694  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.75 
 
 		 246 aa  108  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.454528  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0838  hypothetical protein  34.09 
 
 		 229 aa  108  1e-22  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.183627 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0510  helix-turn-helix, type 11  33.93 
 
 		 230 aa  107  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2679  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  39.32 
 
 		 228 aa  107  2e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1731  DeoR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 230 aa  106  3e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.590959  normal  0.873384 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>