More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2449 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2449  helix-turn-helix, type 11  100 
 
 		 229 aa  471  1e-132  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.153287 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0970  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.69 
 
 		 230 aa  182  4.0000000000000006e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.890751  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0848  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.98 
 
 		 230 aa  179  2.9999999999999997e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.814852 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0588  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  46.43 
 
 		 237 aa  177  8e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0532  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  42.06 
 
 		 231 aa  162  3e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0282  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  41.15 
 
 		 231 aa  160  2e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0108  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  44.7 
 
 		 240 aa  156  3e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.403778 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5977  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.34 
 
 		 231 aa  155  5.0000000000000005e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.374689  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7104  hypothetical protein  39.37 
 
 		 232 aa  154  8e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0369  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  40.53 
 
 		 229 aa  153  2e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.189659 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2105  hypothetical protein  39.82 
 
 		 228 aa  152  5.9999999999999996e-36  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2094  hypothetical protein  39.82 
 
 		 228 aa  152  5.9999999999999996e-36  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2475  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35.56 
 
 		 252 aa  150  2e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0100218  normal  0.326712 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4185  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  36.05 
 
 		 248 aa  149  4e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0104  hypothetical protein  37.56 
 
 		 230 aa  147  1.0000000000000001e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4305  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.09 
 
 		 233 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1799  helix-turn-helix, type 11  41.59 
 
 		 229 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.000591723  normal  0.0198726 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2380  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  40.09 
 
 		 228 aa  146  2.0000000000000003e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2996  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  41.67 
 
 		 226 aa  146  3e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0146  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  35.68 
 
 		 233 aa  146  3e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2577  DeoR family transcriptional regulator  38.39 
 
 		 238 aa  145  6e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3551  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  38.6 
 
 		 238 aa  144  8.000000000000001e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3646  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.44 
 
 		 230 aa  144  1e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3900  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.04 
 
 		 230 aa  143  2e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.543885  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0831  transcriptional regulator-like  37.93 
 
 		 244 aa  143  2e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0455803 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0679  helix-turn-helix, type 11  41.35 
 
 		 237 aa  143  2e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4069  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.6 
 
 		 225 aa  142  6e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3216  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.73 
 
 		 224 aa  142  6e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000786  predicted transcriptional regulator  36.68 
 
 		 228 aa  140  9.999999999999999e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0574064  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5970  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  37.89 
 
 		 241 aa  141  9.999999999999999e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.392838 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0151  helix-turn-helix, type 11  38.6 
 
 		 231 aa  139  3e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3553  helix-turn-helix, type 11  35.51 
 
 		 238 aa  138  8.999999999999999e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2541  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  39.62 
 
 		 228 aa  137  1e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0878  helix-turn-helix, type 11  36.91 
 
 		 233 aa  136  2e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0490604 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1823  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40 
 
 		 237 aa  135  5e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.406304  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2992  helix-turn-helix, type 11  40.19 
 
 		 252 aa  135  5e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.684158 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3142  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  38.21 
 
 		 232 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.92923  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3821  hypothetical protein  38.33 
 
 		 232 aa  134  1.9999999999999998e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2368  helix-turn-helix, type 11  38.74 
 
 		 231 aa  132  3.9999999999999996e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.150063 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3400  hypothetical protein  37.86 
 
 		 226 aa  128  9.000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0172  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  38.94 
 
 		 242 aa  127  1.0000000000000001e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.657073  normal  0.98017 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3521  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  35.91 
 
 		 231 aa  127  1.0000000000000001e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0190  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.5 
 
 		 242 aa  125  7e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1180  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  38.03 
 
 		 233 aa  124  2e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2089  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  35.4 
 
 		 237 aa  123  2e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.641654  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1191  hypothetical protein  39.81 
 
 		 235 aa  122  3e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.351784  normal  0.832163 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2785  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  37.5 
 
 		 229 aa  122  4e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4080  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.7 
 
 		 230 aa  122  4e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1676  putative transcriptional regulator  38.03 
 
 		 233 aa  122  4e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1734  transcriptional regulator, putative  38.03 
 
 		 233 aa  122  7e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.781604  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1593  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35.07 
 
 		 237 aa  121  7e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.375886 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  36.05 
 
 		 316 aa  120  9.999999999999999e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1758  hypothetical protein  34.6 
 
 		 230 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2786  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.6 
 
 		 237 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.987618  normal  0.72002 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5701  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.8 
 
 		 229 aa  120  9.999999999999999e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.818045  normal  0.0721904 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1564  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  34.6 
 
 		 237 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1558  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.6 
 
 		 237 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1457  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  34.6 
 
 		 225 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.510976  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0554  TonB-dependent receptor  36.32 
 
 		 234 aa  120  1.9999999999999998e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.665291  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4400  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.5 
 
 		 231 aa  119  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2538  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  34.6 
 
 		 232 aa  118  6e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2605  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  34.6 
 
 		 232 aa  119  6e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2704  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  34.6 
 
 		 232 aa  119  6e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.981557  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  36.73 
 
 		 227 aa  118  9e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2503  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.8 
 
 		 232 aa  117  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.751243 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4540  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37 
 
 		 228 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0456  helix-turn-helix, type 11  35.84 
 
 		 230 aa  116  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0450  HTH domain-containing protein  35.84 
 
 		 230 aa  116  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2909  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.8 
 
 		 232 aa  116  3e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2627  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.11 
 
 		 242 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0510  helix-turn-helix, type 11  35.84 
 
 		 230 aa  115  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3432  helix-turn-helix, type 11  36.12 
 
 		 234 aa  115  6.9999999999999995e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.587974  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2673  putative repressor transcription regulator protein  35.68 
 
 		 232 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.94129  normal  0.397505 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2933  helix-turn-helix, type 11  34.86 
 
 		 230 aa  113  2.0000000000000002e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.686891  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3791  transcriptional regulator-like  36.55 
 
 		 228 aa  112  6e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.55139  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0221  helix-turn-helix, type 11  36.55 
 
 		 228 aa  111  8.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0705  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  36.55 
 
 		 228 aa  111  8.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.179711  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0596  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  36.68 
 
 		 228 aa  111  9e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0621  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  36.68 
 
 		 228 aa  111  9e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.296179  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2797  putative transcriptional regulator  38.43 
 
 		 229 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0694  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.92 
 
 		 246 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.454528  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0672  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  36.04 
 
 		 228 aa  109  3e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.664641  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2539  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.47 
 
 		 228 aa  107  2e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3752  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.99 
 
 		 235 aa  107  2e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0838  hypothetical protein  33.68 
 
 		 229 aa  104  1e-21  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.183627 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4005  putative transcriptional regulator  34.95 
 
 		 246 aa  104  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.22778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0941  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.14 
 
 		 230 aa  103  3e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.958625  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2679  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  36.18 
 
 		 228 aa  99.8  3e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3846  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.25 
 
 		 230 aa  99  5e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.80209  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1731  DeoR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 230 aa  98.6  7e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.590959  normal  0.873384 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1583  hypothetical protein  31.9 
 
 		 234 aa  98.6  8e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.906124  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1342  helix-turn-helix type 11 domain protein  34.65 
 
 		 219 aa  98.2  9e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.160191 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2822  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.26 
 
 		 235 aa  97.8  1e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.424495  normal  0.108616 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0788  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  28.83 
 
 		 319 aa  97.1  2e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2370  hypothetical protein  35.43 
 
 		 228 aa  96.7  3e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3390  transcriptional regulator (repressor protein)  35.43 
 
 		 228 aa  96.7  3e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0408  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  33.33 
 
 		 233 aa  96.7  3e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.855844 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1146  hypothetical protein  35.43 
 
 		 228 aa  96.7  3e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0387023  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.98 
 
 		 336 aa  96.7  3e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2550  putative transcriptional regulator  35.43 
 
 		 228 aa  96.7  3e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>