More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2541 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_2541  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  100 
 
 		 228 aa  468  1.0000000000000001e-131  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2785  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  78.32 
 
 		 229 aa  377  1e-103  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3142  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  74.89 
 
 		 232 aa  366  1e-100  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.92923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2605  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  74.01 
 
 		 232 aa  356  1.9999999999999998e-97  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1758  hypothetical protein  74.77 
 
 		 230 aa  355  2.9999999999999997e-97  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2538  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  74.01 
 
 		 232 aa  355  3.9999999999999996e-97  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2704  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  74.01 
 
 		 232 aa  354  5.999999999999999e-97  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.981557  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1558  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  74.21 
 
 		 237 aa  349  2e-95  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2786  Helix-turn-helix type 11 domain protein  74.21 
 
 		 237 aa  349  2e-95  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.987618  normal  0.72002 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1593  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  74.21 
 
 		 237 aa  348  3e-95  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.375886 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1564  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  74.21 
 
 		 237 aa  349  3e-95  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1457  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  73.66 
 
 		 225 aa  348  3e-95  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.510976  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1191  hypothetical protein  72.4 
 
 		 235 aa  319  1.9999999999999998e-86  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.351784  normal  0.832163 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3400  hypothetical protein  63.72 
 
 		 226 aa  310  2e-83  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1676  putative transcriptional regulator  47.32 
 
 		 233 aa  212  2.9999999999999995e-54  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1180  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  47.77 
 
 		 233 aa  211  5.999999999999999e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1734  transcriptional regulator, putative  46.88 
 
 		 233 aa  207  1e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.781604  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0456  helix-turn-helix, type 11  47.03 
 
 		 230 aa  199  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0450  HTH domain-containing protein  47.03 
 
 		 230 aa  199  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0510  helix-turn-helix, type 11  47.03 
 
 		 230 aa  199  3e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0221  helix-turn-helix, type 11  44.64 
 
 		 228 aa  199  3e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0705  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  44.64 
 
 		 228 aa  199  3e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.179711  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000786  predicted transcriptional regulator  44.05 
 
 		 228 aa  199  3.9999999999999996e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0574064  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0672  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  44.2 
 
 		 228 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.664641  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2797  putative transcriptional regulator  48.21 
 
 		 229 aa  196  2.0000000000000003e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3791  transcriptional regulator-like  44.2 
 
 		 228 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.55139  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2673  putative repressor transcription regulator protein  44.75 
 
 		 232 aa  196  3e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.94129  normal  0.397505 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0596  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  43.75 
 
 		 228 aa  196  3e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0621  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  43.75 
 
 		 228 aa  196  3e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.296179  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1799  helix-turn-helix, type 11  45.61 
 
 		 229 aa  194  1e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.000591723  normal  0.0198726 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0554  TonB-dependent receptor  43.29 
 
 		 234 aa  193  2e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.665291  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1823  Helix-turn-helix type 11 domain protein  45.22 
 
 		 237 aa  192  3e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.406304  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0679  helix-turn-helix, type 11  44.69 
 
 		 237 aa  192  3e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2503  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.75 
 
 		 232 aa  191  5e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.751243 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2909  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.29 
 
 		 232 aa  191  6e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2933  helix-turn-helix, type 11  45.98 
 
 		 230 aa  191  7e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.686891  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2539  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  44.29 
 
 		 228 aa  190  2e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3432  helix-turn-helix, type 11  48.21 
 
 		 234 aa  190  2e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.587974  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2679  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  43.95 
 
 		 228 aa  188  8e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0694  Helix-turn-helix type 11 domain protein  45.33 
 
 		 246 aa  186  4e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.454528  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4005  putative transcriptional regulator  44.89 
 
 		 246 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.22778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3383  putative transcriptional regulator  44 
 
 		 367 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.296007  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0284  hypothetical protein  44 
 
 		 361 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3348  hypothetical protein  44 
 
 		 339 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.822547  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2370  hypothetical protein  44.2 
 
 		 228 aa  181  7e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3390  transcriptional regulator (repressor protein)  44.2 
 
 		 228 aa  181  7e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1146  hypothetical protein  44.2 
 
 		 228 aa  181  7e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0387023  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2550  putative transcriptional regulator  44.2 
 
 		 228 aa  181  7e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0108  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  45.54 
 
 		 240 aa  181  1e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.403778 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  43.81 
 
 		 227 aa  181  1e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0190  Helix-turn-helix type 11 domain protein  45.22 
 
 		 242 aa  180  2e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1262  hypothetical protein  43.75 
 
 		 228 aa  177  1e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0172  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  44.78 
 
 		 242 aa  175  7e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.657073  normal  0.98017 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3553  helix-turn-helix, type 11  41.67 
 
 		 238 aa  170  2e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3521  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  44.98 
 
 		 231 aa  168  7e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0151  helix-turn-helix, type 11  43.89 
 
 		 231 aa  167  1e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2996  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  42.73 
 
 		 226 aa  167  1e-40  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0878  helix-turn-helix, type 11  42.01 
 
 		 233 aa  159  2e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0490604 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2775  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  41 
 
 		 229 aa  160  2e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3821  hypothetical protein  45.5 
 
 		 232 aa  159  5e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4305  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.93 
 
 		 233 aa  158  8e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0588  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  42.06 
 
 		 237 aa  153  2e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2105  hypothetical protein  43.48 
 
 		 228 aa  152  4e-36  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2094  hypothetical protein  43.48 
 
 		 228 aa  152  4e-36  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0282  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  44.28 
 
 		 231 aa  152  5e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0146  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  38.43 
 
 		 233 aa  151  8.999999999999999e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7104  hypothetical protein  44 
 
 		 232 aa  150  1e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4185  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  42.08 
 
 		 248 aa  149  2e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3551  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  40.27 
 
 		 238 aa  150  2e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0532  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  40.48 
 
 		 231 aa  148  6e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0369  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  40.19 
 
 		 229 aa  148  7e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.189659 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0104  hypothetical protein  42.79 
 
 		 230 aa  147  1.0000000000000001e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4069  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.46 
 
 		 225 aa  146  2.0000000000000003e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5977  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.79 
 
 		 231 aa  146  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.374689  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0970  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.4 
 
 		 230 aa  144  8.000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.890751  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0848  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.9 
 
 		 230 aa  142  4e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.814852 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0831  transcriptional regulator-like  39.81 
 
 		 244 aa  141  7e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0455803 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5970  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  39.11 
 
 		 241 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.392838 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4540  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.39 
 
 		 228 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2577  DeoR family transcriptional regulator  42.36 
 
 		 238 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2449  helix-turn-helix, type 11  39.62 
 
 		 229 aa  137  1e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.153287 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2380  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  42.5 
 
 		 228 aa  137  2e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3646  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41 
 
 		 230 aa  137  2e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5701  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  39.71 
 
 		 229 aa  136  3.0000000000000003e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.818045  normal  0.0721904 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2368  helix-turn-helix, type 11  41.92 
 
 		 231 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.150063 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  36.53 
 
 		 316 aa  133  3e-30  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3900  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.69 
 
 		 230 aa  132  5e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.543885  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3846  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.04 
 
 		 230 aa  130  1.0000000000000001e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.80209  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2089  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  39.61 
 
 		 237 aa  129  4.0000000000000003e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.641654  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2992  helix-turn-helix, type 11  39.81 
 
 		 252 aa  125  4.0000000000000003e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.684158 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2627  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.17 
 
 		 242 aa  125  7e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2475  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  37.88 
 
 		 252 aa  124  1e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0100218  normal  0.326712 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0680  DeoR family transcriptional regulator  25.33 
 
 		 231 aa  124  1e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4080  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.16 
 
 		 230 aa  122  6e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3039  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.12 
 
 		 235 aa  120  9.999999999999999e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.545561  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4400  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.08 
 
 		 231 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1289  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.14 
 
 		 315 aa  120  1.9999999999999998e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.447111 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1092  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.4 
 
 		 315 aa  120  1.9999999999999998e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.206539  normal  0.830453 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0788  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  34.31 
 
 		 319 aa  119  3.9999999999999996e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0838  hypothetical protein  34.72 
 
 		 229 aa  116  3e-25  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.183627 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>