More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_4400 on replicon NC_012850
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012850  Rleg_4400  Helix-turn-helix type 11 domain protein  100 
 
 
231 aa  460  1e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4080  Helix-turn-helix type 11 domain protein  95.67 
 
 
230 aa  394  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5977  Helix-turn-helix type 11 domain protein  60.18 
 
 
231 aa  275  5e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.374689  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0369  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  57.85 
 
 
229 aa  274  8e-73  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.189659 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0532  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  61.06 
 
 
231 aa  271  4.0000000000000004e-72  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2105  hypothetical protein  56.58 
 
 
228 aa  270  1e-71  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2094  hypothetical protein  56.58 
 
 
228 aa  270  1e-71  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3821  hypothetical protein  59.21 
 
 
232 aa  268  4e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3646  Helix-turn-helix type 11 domain protein  59.03 
 
 
230 aa  268  7e-71  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0104  hypothetical protein  53.74 
 
 
230 aa  261  6e-69  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0831  transcriptional regulator-like  59.91 
 
 
244 aa  261  8e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0455803 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3900  Helix-turn-helix type 11 domain protein  56.58 
 
 
230 aa  254  8e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.543885  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2380  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  60.89 
 
 
228 aa  254  1.0000000000000001e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2368  helix-turn-helix, type 11  51.38 
 
 
231 aa  218  7.999999999999999e-56  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.150063 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5701  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  48.64 
 
 
229 aa  217  1e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.818045  normal  0.0721904 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2089  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  49.77 
 
 
237 aa  215  4e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.641654  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3216  Helix-turn-helix type 11 domain protein  48.64 
 
 
224 aa  205  6e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7104  hypothetical protein  47.06 
 
 
232 aa  204  1e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1583  hypothetical protein  45.18 
 
 
234 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.906124  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3752  Helix-turn-helix type 11 domain protein  51.44 
 
 
235 aa  198  5e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3551  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  45.29 
 
 
238 aa  191  8e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4305  Helix-turn-helix type 11 domain protein  46.34 
 
 
233 aa  185  4e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2577  DeoR family transcriptional regulator  48.2 
 
 
238 aa  178  5.999999999999999e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4185  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  43.89 
 
 
248 aa  176  2e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0146  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  42.2 
 
 
233 aa  174  7e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2475  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  43.44 
 
 
252 aa  174  9.999999999999999e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0100218  normal  0.326712 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5970  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  40.37 
 
 
241 aa  172  5e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.392838 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0282  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  44.22 
 
 
231 aa  171  1e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0848  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.48 
 
 
230 aa  165  5e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.814852 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0970  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.35 
 
 
230 aa  163  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.890751  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000786  predicted transcriptional regulator  40.91 
 
 
228 aa  160  1e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0574064  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  45.67 
 
 
227 aa  160  2e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0588  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  41.63 
 
 
237 aa  157  1e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0408  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  42.08 
 
 
233 aa  157  1e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.855844 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0108  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  44.22 
 
 
240 aa  155  7e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.403778 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0621  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  44.12 
 
 
228 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.296179  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2996  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  44.12 
 
 
226 aa  150  2e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0596  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  44.12 
 
 
228 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2992  helix-turn-helix, type 11  41.44 
 
 
252 aa  149  4e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.684158 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0672  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  44.12 
 
 
228 aa  148  9e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.664641  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0221  helix-turn-helix, type 11  44.12 
 
 
228 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0705  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  44.12 
 
 
228 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.179711  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3791  transcriptional regulator-like  43.63 
 
 
228 aa  146  3e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.55139  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1180  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  41.29 
 
 
233 aa  144  1e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2627  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.15 
 
 
242 aa  144  1e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1823  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.65 
 
 
237 aa  142  4e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.406304  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0554  TonB-dependent receptor  39.46 
 
 
234 aa  142  4e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.665291  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1676  putative transcriptional regulator  41.09 
 
 
233 aa  142  4e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2539  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  43.15 
 
 
228 aa  142  5e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1734  transcriptional regulator, putative  41.09 
 
 
233 aa  141  9.999999999999999e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.781604  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3432  helix-turn-helix, type 11  42.29 
 
 
234 aa  139  3e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.587974  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0190  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.96 
 
 
242 aa  139  4.999999999999999e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3142  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  38.81 
 
 
232 aa  137  2e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.92923  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2541  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  41.21 
 
 
228 aa  137  2e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2785  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  38.31 
 
 
229 aa  137  2e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0151  helix-turn-helix, type 11  35.87 
 
 
231 aa  136  3.0000000000000003e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4069  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.92 
 
 
225 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0172  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  43.48 
 
 
242 aa  135  5e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.657073  normal  0.98017 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2673  putative repressor transcription regulator protein  39.39 
 
 
232 aa  134  9.999999999999999e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.94129  normal  0.397505 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3400  hypothetical protein  37.32 
 
 
226 aa  133  1.9999999999999998e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2679  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  43.63 
 
 
228 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2503  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.73 
 
 
232 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.751243 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2909  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.73 
 
 
232 aa  133  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2822  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.05 
 
 
235 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.424495  normal  0.108616 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1262  hypothetical protein  39.82 
 
 
228 aa  133  3e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2599  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  43.05 
 
 
235 aa  132  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.799328 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3553  helix-turn-helix, type 11  35.75 
 
 
238 aa  132  3.9999999999999996e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0679  helix-turn-helix, type 11  40.3 
 
 
237 aa  131  9e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3383  putative transcriptional regulator  39.82 
 
 
367 aa  131  9e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.296007  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2370  hypothetical protein  39.82 
 
 
228 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3390  transcriptional regulator (repressor protein)  39.82 
 
 
228 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2449  helix-turn-helix, type 11  37.78 
 
 
229 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.153287 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0284  hypothetical protein  39.82 
 
 
361 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1146  hypothetical protein  39.82 
 
 
228 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0387023  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3348  hypothetical protein  39.82 
 
 
339 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.822547  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2550  putative transcriptional regulator  39.82 
 
 
228 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4005  putative transcriptional regulator  40.38 
 
 
246 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.22778  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0694  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.35 
 
 
246 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.454528  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2933  helix-turn-helix, type 11  40.4 
 
 
230 aa  128  8.000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.686891  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0510  helix-turn-helix, type 11  36.44 
 
 
230 aa  127  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0941  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35.18 
 
 
230 aa  127  1.0000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.958625  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0456  helix-turn-helix, type 11  36.44 
 
 
230 aa  127  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0450  HTH domain-containing protein  36.44 
 
 
230 aa  127  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2797  putative transcriptional regulator  39.42 
 
 
229 aa  125  5e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2538  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  37.06 
 
 
232 aa  124  1e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2605  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  37.06 
 
 
232 aa  124  1e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2704  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  37.06 
 
 
232 aa  124  1e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.981557  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1191  hypothetical protein  37.8 
 
 
235 aa  124  1e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.351784  normal  0.832163 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  38.12 
 
 
316 aa  124  1e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1289  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.04 
 
 
315 aa  122  3e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.447111 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1758  hypothetical protein  35.5 
 
 
230 aa  122  5e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3521  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  35.92 
 
 
231 aa  122  6e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1457  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  36.04 
 
 
225 aa  121  9e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.510976  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1593  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35 
 
 
237 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.375886 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1558  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.5 
 
 
237 aa  118  9e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2786  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.5 
 
 
237 aa  118  9e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.987618  normal  0.72002 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1564  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  34.5 
 
 
237 aa  118  9e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0680  DeoR family transcriptional regulator  29.18 
 
 
231 aa  117  9.999999999999999e-26  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3846  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.52 
 
 
230 aa  115  3.9999999999999997e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.80209  normal 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6729  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.53 
 
 
324 aa  115  7.999999999999999e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.41486 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>