More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1823 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_1823  Helix-turn-helix type 11 domain protein  100 
 
 
237 aa  472  1e-132  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.406304  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0190  Helix-turn-helix type 11 domain protein  76.55 
 
 
242 aa  322  3e-87  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0172  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  76.11 
 
 
242 aa  320  9.999999999999999e-87  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.657073  normal  0.98017 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  70.04 
 
 
227 aa  308  5e-83  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2673  putative repressor transcription regulator protein  52.02 
 
 
232 aa  242  3e-63  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.94129  normal  0.397505 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0450  HTH domain-containing protein  53.36 
 
 
230 aa  243  3e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0456  helix-turn-helix, type 11  53.36 
 
 
230 aa  243  3e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0510  helix-turn-helix, type 11  53.36 
 
 
230 aa  242  3e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2503  Helix-turn-helix type 11 domain protein  51.34 
 
 
232 aa  240  1e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.751243 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2909  Helix-turn-helix type 11 domain protein  51.34 
 
 
232 aa  239  2e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1180  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  53.39 
 
 
233 aa  223  2e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1676  putative transcriptional regulator  53.39 
 
 
233 aa  222  4.9999999999999996e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3432  helix-turn-helix, type 11  53.12 
 
 
234 aa  218  7.999999999999999e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.587974  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1734  transcriptional regulator, putative  52.94 
 
 
233 aa  217  1e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.781604  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0694  Helix-turn-helix type 11 domain protein  50.67 
 
 
246 aa  212  3.9999999999999995e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.454528  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4005  putative transcriptional regulator  50.44 
 
 
246 aa  211  4.9999999999999996e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.22778  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2933  helix-turn-helix, type 11  48.21 
 
 
230 aa  206  2e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.686891  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0108  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  46.44 
 
 
240 aa  202  4e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.403778 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000786  predicted transcriptional regulator  44.49 
 
 
228 aa  202  5e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0574064  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0679  helix-turn-helix, type 11  51.26 
 
 
237 aa  200  9.999999999999999e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0672  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  46.43 
 
 
228 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.664641  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0221  helix-turn-helix, type 11  46.43 
 
 
228 aa  199  3e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0705  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  46.43 
 
 
228 aa  199  3e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.179711  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2797  putative transcriptional regulator  48.21 
 
 
229 aa  199  3.9999999999999996e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2539  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  47.56 
 
 
228 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3791  transcriptional regulator-like  45.54 
 
 
228 aa  198  6e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.55139  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0621  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  45.98 
 
 
228 aa  195  5.000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.296179  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0596  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  45.98 
 
 
228 aa  195  5.000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1593  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  45.15 
 
 
237 aa  195  6e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.375886 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1564  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  44.73 
 
 
237 aa  195  7e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2605  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  46.35 
 
 
232 aa  194  8.000000000000001e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2786  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.73 
 
 
237 aa  194  1e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.987618  normal  0.72002 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1558  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  44.73 
 
 
237 aa  194  1e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2538  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  46.35 
 
 
232 aa  194  1e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0554  TonB-dependent receptor  45.49 
 
 
234 aa  193  2e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.665291  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2704  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  46.35 
 
 
232 aa  193  2e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.981557  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1758  hypothetical protein  45.91 
 
 
230 aa  192  3e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1457  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  46.82 
 
 
225 aa  192  3e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.510976  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3142  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  44.09 
 
 
232 aa  192  4e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.92923  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1262  hypothetical protein  49.55 
 
 
228 aa  192  4e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3348  hypothetical protein  49.55 
 
 
339 aa  192  4e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.822547  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2541  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  45.22 
 
 
228 aa  192  4e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0284  hypothetical protein  49.55 
 
 
361 aa  192  5e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3400  hypothetical protein  43.3 
 
 
226 aa  191  6e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2370  hypothetical protein  49.55 
 
 
228 aa  191  6e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3390  transcriptional regulator (repressor protein)  49.55 
 
 
228 aa  191  6e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1146  hypothetical protein  49.55 
 
 
228 aa  191  6e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0387023  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2550  putative transcriptional regulator  49.55 
 
 
228 aa  191  6e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3383  putative transcriptional regulator  49.11 
 
 
367 aa  191  1e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.296007  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2679  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  47.73 
 
 
228 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1191  hypothetical protein  46.82 
 
 
235 aa  186  2e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.351784  normal  0.832163 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1799  helix-turn-helix, type 11  46.4 
 
 
229 aa  182  6e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.000591723  normal  0.0198726 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0151  helix-turn-helix, type 11  48.33 
 
 
231 aa  179  2.9999999999999997e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2996  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  44.64 
 
 
226 aa  178  7e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2785  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  42.67 
 
 
229 aa  177  1e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3521  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  44.98 
 
 
231 aa  165  5e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2775  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  41.78 
 
 
229 aa  160  1e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0282  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  47 
 
 
231 aa  159  3e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7104  hypothetical protein  44.5 
 
 
232 aa  159  4e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3553  helix-turn-helix, type 11  35.34 
 
 
238 aa  159  5e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3646  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.67 
 
 
230 aa  154  1e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2105  hypothetical protein  43 
 
 
228 aa  153  2.9999999999999998e-36  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2094  hypothetical protein  43 
 
 
228 aa  153  2.9999999999999998e-36  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  41.23 
 
 
316 aa  152  2.9999999999999998e-36  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4185  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  43.75 
 
 
248 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5701  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  39.73 
 
 
229 aa  152  4e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.818045  normal  0.0721904 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4305  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.86 
 
 
233 aa  149  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3551  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  42.01 
 
 
238 aa  149  4e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2089  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  43.28 
 
 
237 aa  149  5e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.641654  normal 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0104  hypothetical protein  36.97 
 
 
230 aa  147  1.0000000000000001e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0369  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  40.28 
 
 
229 aa  146  3e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.189659 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0146  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  44.08 
 
 
233 aa  145  6e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0878  helix-turn-helix, type 11  38.86 
 
 
233 aa  145  8.000000000000001e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0490604 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0588  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  41.95 
 
 
237 aa  144  1e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2475  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  40.67 
 
 
252 aa  143  2e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0100218  normal  0.326712 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0970  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41 
 
 
230 aa  143  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.890751  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5977  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.6 
 
 
231 aa  142  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.374689  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0532  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  42.92 
 
 
231 aa  142  6e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3821  hypothetical protein  42.38 
 
 
232 aa  141  8e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0848  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.5 
 
 
230 aa  140  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.814852 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3846  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.04 
 
 
230 aa  140  9.999999999999999e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.80209  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0831  transcriptional regulator-like  41.9 
 
 
244 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0455803 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3900  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.26 
 
 
230 aa  135  4e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.543885  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0941  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.29 
 
 
230 aa  135  6.0000000000000005e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.958625  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2449  helix-turn-helix, type 11  40 
 
 
229 aa  135  6.0000000000000005e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.153287 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5970  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  37.44 
 
 
241 aa  135  8e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.392838 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4069  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.01 
 
 
225 aa  133  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1289  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.34 
 
 
315 aa  133  3e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.447111 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1092  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.57 
 
 
315 aa  131  7.999999999999999e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.206539  normal  0.830453 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4400  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.96 
 
 
231 aa  131  9e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2380  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  42.65 
 
 
228 aa  130  1.0000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2577  DeoR family transcriptional regulator  39.05 
 
 
238 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2368  helix-turn-helix, type 11  38.01 
 
 
231 aa  129  5.0000000000000004e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.150063 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.36