297 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SEA0009 on replicon NC_006663
Organism: Staphylococcus epidermidis RP62A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_006663  SEA0009  transcriptional regulator, putative  100 
 
 		 111 aa  227  4e-59  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.227571  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  61.68 
 
 		 318 aa  141  3e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1289  Helix-turn-helix type 11 domain protein  57.66 
 
 		 315 aa  137  4.999999999999999e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.447111 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1092  Helix-turn-helix type 11 domain protein  57.01 
 
 		 315 aa  127  6e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.206539  normal  0.830453 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0788  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  57.14 
 
 		 319 aa  125  2.0000000000000002e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3039  Helix-turn-helix type 11 domain protein  51.4 
 
 		 235 aa  121  3e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.545561  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0838  hypothetical protein  51.43 
 
 		 229 aa  120  7e-27  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.183627 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1731  DeoR family transcriptional regulator  48.57 
 
 		 230 aa  118  1.9999999999999998e-26  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.590959  normal  0.873384 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0941  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  48.6 
 
 		 230 aa  117  3.9999999999999996e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.958625  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3846  Helix-turn-helix type 11 domain protein  46.73 
 
 		 230 aa  107  4.0000000000000004e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.80209  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  42.34 
 
 		 316 aa  106  9.000000000000001e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0680  DeoR family transcriptional regulator  44.14 
 
 		 231 aa  106  1e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6729  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.59 
 
 		 324 aa  100  1e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.41486 
 
 
-
 
NC_004310  BR1734  transcriptional regulator, putative  37.84 
 
 		 233 aa  92.4  2e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.781604  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1180  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  37.84 
 
 		 233 aa  92.8  2e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1676  putative transcriptional regulator  37.84 
 
 		 233 aa  92.8  2e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1001  hypothetical protein  40.57 
 
 		 313 aa  91.3  4e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1244  HTH domain family  39.62 
 
 		 313 aa  90.1  1e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.45 
 
 		 336 aa  89  2e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0998  transcriptional regulator  38.68 
 
 		 313 aa  89  2e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1185  hypothetical protein  37.74 
 
 		 313 aa  87  7e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0510  helix-turn-helix, type 11  40.38 
 
 		 230 aa  86.3  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0450  HTH domain-containing protein  40.38 
 
 		 230 aa  85.9  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0456  helix-turn-helix, type 11  40.38 
 
 		 230 aa  85.9  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1823  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.1 
 
 		 237 aa  85.1  3e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.406304  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0679  helix-turn-helix, type 11  39.05 
 
 		 237 aa  84.3  5e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3900  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.74 
 
 		 230 aa  82.8  0.000000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.543885  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2010  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  50.6 
 
 		 320 aa  83.2  0.000000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0190  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.1 
 
 		 242 aa  82  0.000000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0172  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  38.1 
 
 		 242 aa  82  0.000000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.657073  normal  0.98017 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0369  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  39.62 
 
 		 229 aa  82  0.000000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.189659 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2503  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.04 
 
 		 232 aa  81.3  0.000000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.751243 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3432  helix-turn-helix, type 11  40.23 
 
 		 234 aa  80.9  0.000000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.587974  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3142  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  37.38 
 
 		 232 aa  80.5  0.000000000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.92923  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0672  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  37.96 
 
 		 228 aa  80.1  0.000000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.664641  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0108  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  39.13 
 
 		 240 aa  79.7  0.00000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.403778 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3791  transcriptional regulator-like  37.96 
 
 		 228 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.55139  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0221  helix-turn-helix, type 11  37.96 
 
 		 228 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0705  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  37.96 
 
 		 228 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.179711  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  36.19 
 
 		 227 aa  79.3  0.00000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2673  putative repressor transcription regulator protein  36.28 
 
 		 232 aa  78.2  0.00000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.94129  normal  0.397505 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2909  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.11 
 
 		 232 aa  78.2  0.00000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0621  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  37.04 
 
 		 228 aa  77  0.00000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.296179  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000786  predicted transcriptional regulator  38.68 
 
 		 228 aa  77  0.00000000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0574064  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0596  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  37.04 
 
 		 228 aa  77  0.00000000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1758  hypothetical protein  36.04 
 
 		 230 aa  76.6  0.0000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0554  TonB-dependent receptor  38.71 
 
 		 234 aa  76.6  0.0000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.665291  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2539  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  36.11 
 
 		 228 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1457  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  36.04 
 
 		 225 aa  76.3  0.0000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.510976  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4005  putative transcriptional regulator  43.02 
 
 		 246 aa  75.5  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.22778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1593  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35.14 
 
 		 237 aa  75.9  0.0000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.375886 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2786  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.14 
 
 		 237 aa  75.9  0.0000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.987618  normal  0.72002 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1558  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35.14 
 
 		 237 aa  75.9  0.0000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1564  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  35.14 
 
 		 237 aa  76.3  0.0000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2538  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  35.14 
 
 		 232 aa  74.7  0.0000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2605  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  35.14 
 
 		 232 aa  74.7  0.0000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2704  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  35.14 
 
 		 232 aa  74.7  0.0000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.981557  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2541  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  34.58 
 
 		 228 aa  74.7  0.0000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2785  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  33.64 
 
 		 229 aa  73.9  0.0000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2797  putative transcriptional regulator  43.02 
 
 		 229 aa  73.9  0.0000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0151  helix-turn-helix, type 11  35.19 
 
 		 231 aa  73.9  0.0000000000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0694  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.38 
 
 		 246 aa  73.6  0.0000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.454528  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0777  hypothetical protein  36.04 
 
 		 317 aa  72.8  0.000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.845326  n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0104  hypothetical protein  39.78 
 
 		 230 aa  73.2  0.000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0705  hypothetical protein  36.04 
 
 		 317 aa  72.8  0.000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0684  hypothetical protein  36.04 
 
 		 317 aa  72.8  0.000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0732899  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3646  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.79 
 
 		 230 aa  72.4  0.000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0615  hypothetical protein  36.04 
 
 		 317 aa  72.8  0.000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.759398  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0560  transcriptional regulator  36.04 
 
 		 317 aa  72.8  0.000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00184479  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4654  hypothetical protein  36.04 
 
 		 317 aa  72.4  0.000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000770885  unclonable  9.19298e-26 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0648  hypothetical protein  36.04 
 
 		 317 aa  72.8  0.000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0266881  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0532  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35.85 
 
 		 231 aa  72.4  0.000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5701  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35.14 
 
 		 229 aa  72.4  0.000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.818045  normal  0.0721904 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0562  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  36.04 
 
 		 317 aa  72.8  0.000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.349747  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3821  hypothetical protein  35.85 
 
 		 232 aa  71.6  0.000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2933  helix-turn-helix, type 11  34.26 
 
 		 230 aa  71.6  0.000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.686891  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0716  hypothetical protein  35.14 
 
 		 348 aa  71.6  0.000000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.129876  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2577  DeoR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 238 aa  70.9  0.000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3553  helix-turn-helix, type 11  33.64 
 
 		 238 aa  71.2  0.000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2089  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  33.33 
 
 		 237 aa  70.9  0.000000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.641654  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2368  helix-turn-helix, type 11  35.19 
 
 		 231 aa  70.5  0.000000000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.150063 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0831  transcriptional regulator-like  35.85 
 
 		 244 aa  70.5  0.000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0455803 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2775  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  37.27 
 
 		 229 aa  70.1  0.000000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2475  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.91 
 
 		 252 aa  70.1  0.000000000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0100218  normal  0.326712 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7104  hypothetical protein  34.82 
 
 		 232 aa  69.7  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1583  hypothetical protein  34.26 
 
 		 234 aa  70.1  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.906124  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0559  transcriptional regulator  35.14 
 
 		 317 aa  69.7  0.00000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4003  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.86 
 
 		 221 aa  68.9  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5977  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.96 
 
 		 231 aa  68.9  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.374689  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3902  hypothetical protein  31.86 
 
 		 221 aa  68.9  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4540  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.48 
 
 		 228 aa  68.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2996  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  34.23 
 
 		 226 aa  69.3  0.00000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4044  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.86 
 
 		 221 aa  68.6  0.00000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5970  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.78 
 
 		 241 aa  68.6  0.00000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.392838 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1191  hypothetical protein  36.67 
 
 		 235 aa  68.2  0.00000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.351784  normal  0.832163 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2370  hypothetical protein  37.04 
 
 		 228 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3390  transcriptional regulator (repressor protein)  37.04 
 
 		 228 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1262  hypothetical protein  37.04 
 
 		 228 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1146  hypothetical protein  37.04 
 
 		 228 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0387023  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2550  putative transcriptional regulator  37.04 
 
 		 228 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>