More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE0660 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002967  TDE0660  transcriptional regulator, putative  100 
 
 
301 aa  619  1e-176  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1647  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  39.33 
 
 
299 aa  222  8e-57  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0764  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.2 
 
 
298 aa  185  6e-46  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000424784  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.22 
 
 
313 aa  184  2.0000000000000003e-45  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.440872  normal  0.310405 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2492  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.37 
 
 
302 aa  149  5e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.156303  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1363  YobV  30.06 
 
 
311 aa  142  9.999999999999999e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.396054  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5238  transcriptional regulator  28.48 
 
 
304 aa  133  3e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0664508  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2874  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.91 
 
 
322 aa  123  4e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0991  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.1 
 
 
302 aa  119  4.9999999999999996e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3646  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.17 
 
 
309 aa  118  9.999999999999999e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000392325  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3428  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.47 
 
 
303 aa  116  3.9999999999999997e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2296  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.8 
 
 
322 aa  114  3e-24  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000342768  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2944  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.83 
 
 
324 aa  112  5e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2042  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.48 
 
 
307 aa  112  6e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.395632  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0891  transcriptional regulator, putative  29.08 
 
 
306 aa  112  7.000000000000001e-24  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0335  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.1 
 
 
321 aa  110  2.0000000000000002e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.377994  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36430  predicted transcriptional regulator  27.47 
 
 
323 aa  110  3e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.649805 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3934  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.04 
 
 
321 aa  104  2e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0769202  hitchhiker  0.00173443 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.26 
 
 
336 aa  103  3e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6686  hypothetical protein  28.75 
 
 
327 aa  103  3e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0918823  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3694  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.71 
 
 
321 aa  100  2e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0509362  hitchhiker  0.00000175857 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1092  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.25 
 
 
315 aa  97.1  3e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.206539  normal  0.830453 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2021  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.56 
 
 
317 aa  97.1  4e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0370713  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0684  hypothetical protein  27.27 
 
 
317 aa  96.3  6e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0732899  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2166  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.07 
 
 
320 aa  95.9  7e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.304825  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4546  DeoR family transcriptional regulator  24.92 
 
 
314 aa  95.5  9e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.86893  normal  0.117628 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4654  hypothetical protein  26.58 
 
 
317 aa  94.4  2e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000770885  unclonable  9.19298e-26 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0777  hypothetical protein  26.96 
 
 
317 aa  94.4  2e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.845326  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3062  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.79 
 
 
313 aa  93.6  3e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.408718  normal  0.752018 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0562  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.1 
 
 
317 aa  93.2  4e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.349747  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0716  hypothetical protein  26.58 
 
 
348 aa  92.8  6e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.129876  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0560  transcriptional regulator  26.95 
 
 
317 aa  92.8  7e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00184479  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0615  hypothetical protein  26.62 
 
 
317 aa  92.4  8e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.759398  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0648  hypothetical protein  26.62 
 
 
317 aa  92.4  8e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0266881  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0325  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.22 
 
 
335 aa  92.4  8e-18  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  decreased coverage  0.00275048  normal  0.0249624 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1185  hypothetical protein  25.54 
 
 
313 aa  91.7  1e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0705  hypothetical protein  26.62 
 
 
317 aa  92  1e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0559  transcriptional regulator  26.77 
 
 
317 aa  90.9  2e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1244  HTH domain family  25.46 
 
 
313 aa  90.9  2e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0788  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  28.44 
 
 
319 aa  90.9  2e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1001  hypothetical protein  24.62 
 
 
313 aa  90.5  3e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0998  transcriptional regulator  24.7 
 
 
313 aa  90.1  4e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0064  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  24.4 
 
 
328 aa  90.1  4e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.188997  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0044  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.71 
 
 
318 aa  89.4  7e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.164988  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2933  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30.08 
 
 
321 aa  88.6  1e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.259462 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2503  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.21 
 
 
232 aa  88.6  1e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.751243 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2673  putative repressor transcription regulator protein  28.71 
 
 
232 aa  87.8  2e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.94129  normal  0.397505 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2909  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.21 
 
 
232 aa  87.8  2e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3763  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.71 
 
 
323 aa  87.4  2e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25.39 
 
 
316 aa  87.4  2e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1799  helix-turn-helix, type 11  30.81 
 
 
229 aa  87.8  2e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.000591723  normal  0.0198726 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4054  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.99 
 
 
324 aa  87.4  2e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.135242  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6729  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.55 
 
 
324 aa  87.8  2e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.41486 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5398  helix-turn-helix type 11 domain protein  27.3 
 
 
327 aa  87  3e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.229533  normal  0.331781 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2507  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.69 
 
 
321 aa  87  4e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0766  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.06 
 
 
303 aa  86.7  4e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0988  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  22.5 
 
 
317 aa  86.7  4e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7481  transcriptional regulator-like  26.79 
 
 
326 aa  86.3  6e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21970  predicted transcriptional regulator  25.93 
 
 
326 aa  85.1  0.000000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.530492  normal  0.375543 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.22 
 
 
232 aa  84.7  0.000000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.117205 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0960  helix-turn-helix, type 11  22.5 
 
 
317 aa  84.7  0.000000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.386939  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0456  helix-turn-helix, type 11  29.82 
 
 
230 aa  84.3  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0510  helix-turn-helix, type 11  29.82 
 
 
230 aa  84.7  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0978  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  22.5 
 
 
317 aa  84.7  0.000000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.318116  normal  0.0703128 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0450  HTH domain-containing protein  29.82 
 
 
230 aa  84.3  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2797  putative transcriptional regulator  30.35 
 
 
229 aa  83.6  0.000000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1593  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.5 
 
 
237 aa  84  0.000000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.375886 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1946  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25.83 
 
 
321 aa  84  0.000000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1880  hypothetical protein  24.7 
 
 
344 aa  83.6  0.000000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2609  hypothetical protein  25.53 
 
 
325 aa  83.2  0.000000000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000144716  normal  0.0873123 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3846  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.65 
 
 
230 aa  83.2  0.000000000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.80209  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1731  DeoR family transcriptional regulator  29.3 
 
 
230 aa  82.8  0.000000000000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.590959  normal  0.873384 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1558  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.04 
 
 
237 aa  82.4  0.000000000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3647  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.73 
 
 
320 aa  82.8  0.000000000000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.306366  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  26.87 
 
 
227 aa  82.8  0.000000000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2786  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.04 
 
 
237 aa  82.4  0.000000000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.987618  normal  0.72002 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2933  helix-turn-helix, type 11  29.95 
 
 
230 aa  81.6  0.00000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.686891  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1564  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  28.04 
 
 
237 aa  82  0.00000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4135  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  25.69 
 
 
332 aa  82  0.00000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.124521  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0108  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.83 
 
 
240 aa  80.9  0.00000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.403778 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2673  hypothetical protein  23.44 
 
 
320 aa  80.9  0.00000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000327581 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3029  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.24 
 
 
327 aa  80.1  0.00000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.189154  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1289  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.52 
 
 
315 aa  80.1  0.00000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.447111 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2605  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  28.44 
 
 
232 aa  80.1  0.00000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1078  transcriptional regulator  47.73 
 
 
132 aa  80.1  0.00000000000004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0312133  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2704  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  27.83 
 
 
232 aa  80.1  0.00000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.981557  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1823  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.36 
 
 
237 aa  80.1  0.00000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.406304  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3075  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.33 
 
 
326 aa  79.3  0.00000000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00643592  unclonable  0.0000000271212 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1825  hypothetical protein  25.68 
 
 
319 aa  79.7  0.00000000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5106  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  22.15 
 
 
319 aa  79.7  0.00000000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.505458  normal  0.201643 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2474  hypothetical protein  23.69 
 
 
320 aa  79.3  0.00000000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0188594  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2656  hypothetical protein  23.69 
 
 
320 aa  79.3  0.00000000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2538  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  27.96 
 
 
232 aa  79.3  0.00000000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2401  hypothetical protein  23.82 
 
 
320 aa  79  0.0000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.148102  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1751  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25.45 
 
 
325 aa  79  0.0000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.33135  normal  0.990555 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4871  hypothetical protein  25.83 
 
 
321 aa  78.6  0.0000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0785474  normal  0.13747 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2683  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.35 
 
 
324 aa  79  0.0000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.255194  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3341  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.52 
 
 
177 aa  78.6  0.0000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000205485  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2689  hypothetical protein  22.77 
 
 
320 aa  78.2  0.0000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0201589  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1457  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  27.36 
 
 
225 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.510976  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>