More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sros_4645 on replicon NC_013595
Organism: Streptosporangium roseum DSM 43021



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013595  Sros_4645  helix-turn-helix, type 11  100 
 
 
333 aa  655    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0418126  normal  0.223314 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3679  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  77.53 
 
 
321 aa  476  1e-133  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0370855  normal  0.293374 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2857  Helix-turn-helix type 11 domain protein  71.52 
 
 
326 aa  414  9.999999999999999e-116  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0404483  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0743  Helix-turn-helix type 11 domain protein  57.81 
 
 
328 aa  290  2e-77  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3488  Helix-turn-helix type 11 domain protein  50.16 
 
 
265 aa  243  3.9999999999999997e-63  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.483454 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2021  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.62 
 
 
317 aa  153  4e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0370713  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0713  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.67 
 
 
319 aa  149  9e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.677583  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4059  helix-turn-helix, type 11  36.28 
 
 
318 aa  148  1.0000000000000001e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.348793  normal  0.0202879 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0147  helix-turn-helix, type 11  33.98 
 
 
316 aa  141  9.999999999999999e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.552255 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3338  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.78 
 
 
320 aa  137  4e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1870  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.92 
 
 
337 aa  130  3e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.199317 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1946  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.06 
 
 
321 aa  130  3e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45460  hypothetical protein  31.25 
 
 
323 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.93 
 
 
335 aa  125  1e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3412  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.31 
 
 
324 aa  123  6e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.380317  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0988  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29.22 
 
 
317 aa  122  7e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0960  helix-turn-helix, type 11  28.57 
 
 
317 aa  117  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.386939  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0978  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  28.57 
 
 
317 aa  117  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.318116  normal  0.0703128 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29.9 
 
 
317 aa  116  3.9999999999999997e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.161645 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3859  hypothetical protein  30.41 
 
 
323 aa  116  5e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0153  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.56 
 
 
325 aa  114  2.0000000000000002e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.1742  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5106  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29.94 
 
 
319 aa  114  3e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.505458  normal  0.201643 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0920  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.69 
 
 
327 aa  108  1e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.711136  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3107  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.99 
 
 
324 aa  103  4e-21  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.786544  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5326  DeoR family transcriptional regulator  28.8 
 
 
318 aa  103  5e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.587405  normal  0.563326 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5463  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.6 
 
 
313 aa  102  1e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.364956  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4377  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31 
 
 
320 aa  101  2e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000417511 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4787  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.98 
 
 
336 aa  101  2e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.287509 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4549  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.54 
 
 
327 aa  101  2e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3513  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.54 
 
 
322 aa  100  4e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.188923  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4323  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  31.83 
 
 
327 aa  100  4e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.807083  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4095  DeoR family transcriptional regulator  30.87 
 
 
333 aa  99.8  5e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8641  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.11 
 
 
320 aa  99.8  6e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.160159  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0327  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.91 
 
 
339 aa  99.4  8e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.489263  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0977  DeoR family transcriptional regulator  29.43 
 
 
360 aa  99.4  8e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.226699  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2098  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.26 
 
 
318 aa  99.4  9e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1998  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.79 
 
 
334 aa  98.2  2e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.556593 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17920  predicted transcriptional regulator  31.76 
 
 
238 aa  97.8  2e-19  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.384504 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0094  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.23 
 
 
325 aa  98.2  2e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1446  putative transcriptional regulator  30.06 
 
 
332 aa  98.2  2e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00684408  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0249  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.25 
 
 
324 aa  96.7  4e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1067  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30.56 
 
 
320 aa  96.7  6e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2906  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.07 
 
 
334 aa  95.9  8e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.754227  normal  0.106292 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6203  DeoR family transcriptional regulator  28.8 
 
 
318 aa  95.5  1e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0343  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.84 
 
 
339 aa  95.1  1e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0064  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.22 
 
 
328 aa  94.7  2e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.188997  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0284  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.42 
 
 
332 aa  94  3e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.527195 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5212  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.98 
 
 
317 aa  94.4  3e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000701081  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5404  DeoR family transcriptional regulator  31.06 
 
 
332 aa  93.2  5e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.924628  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0463  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.73 
 
 
334 aa  93.6  5e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.104964  normal  0.0170301 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0815  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.96 
 
 
312 aa  93.2  6e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.502142  hitchhiker  0.0000272273 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1789  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.97 
 
 
333 aa  93.2  6e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0003326  normal  0.195591 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7257  helix-turn-helix type 11 domain protein  35.1 
 
 
326 aa  92.8  7e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.143006 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1347  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  31.16 
 
 
339 aa  92.8  8e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.469049  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4133  DeoR family transcriptional regulator  29.03 
 
 
317 aa  92  1e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113991  normal  0.040793 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0728  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.2 
 
 
320 aa  91.7  2e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2944  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.27 
 
 
324 aa  90.1  5e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4172  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.52 
 
 
317 aa  88.6  1e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.917159  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31 
 
 
336 aa  88.6  1e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3135  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.14 
 
 
329 aa  87.8  2e-16  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.224168  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2690  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.77 
 
 
324 aa  87.8  3e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.113203 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3763  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.98 
 
 
323 aa  87  4e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.85 
 
 
335 aa  87  4e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5791  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.23 
 
 
339 aa  86.7  5e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36430  predicted transcriptional regulator  35.44 
 
 
323 aa  86.3  6e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.649805 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5244  DeoR family transcriptional regulator  32.49 
 
 
337 aa  85.5  0.000000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.288323 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4738  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.49 
 
 
313 aa  85.5  0.000000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.947562  normal  0.956989 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0206  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.5 
 
 
318 aa  85.1  0.000000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0242006 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2821  hypothetical DNA-binding protein  24.41 
 
 
314 aa  84  0.000000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.184297  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2064  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.93 
 
 
337 aa  83.6  0.000000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.177932  normal  0.600491 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2673  hypothetical protein  24.76 
 
 
320 aa  83.6  0.000000000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000327581 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3694  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.95 
 
 
321 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0509362  hitchhiker  0.00000175857 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1376  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.58 
 
 
328 aa  82  0.00000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0312  putative transcriptional regulator  30.28 
 
 
388 aa  81.6  0.00000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02350  predicted transcriptional regulator  31.01 
 
 
327 aa  81.3  0.00000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8630  DeoR family transcriptional regulator  29.19 
 
 
322 aa  81.6  0.00000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0941  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.92 
 
 
230 aa  81.6  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.958625  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0382  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.81 
 
 
333 aa  81.3  0.00000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.117118  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2026  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  31.42 
 
 
245 aa  80.9  0.00000000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.826373  normal  0.365081 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2974  DeoR family transcriptional regulator  30.26 
 
 
319 aa  80.5  0.00000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.779274  normal  0.781562 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.89 
 
 
232 aa  79.3  0.00000000000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.117205 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.5 
 
 
322 aa  79.7  0.00000000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2401  hypothetical protein  24.29 
 
 
320 aa  79.3  0.00000000000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.148102  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4654  hypothetical protein  25.71 
 
 
317 aa  78.6  0.0000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000770885  unclonable  9.19298e-26 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6686  hypothetical protein  31.67 
 
 
327 aa  79  0.0000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0918823  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5398  helix-turn-helix type 11 domain protein  29.83 
 
 
327 aa  77.8  0.0000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.229533  normal  0.331781 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2474  hypothetical protein  24.29 
 
 
320 aa  78.6  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0188594  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0560  transcriptional regulator  26.67 
 
 
317 aa  77.8  0.0000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00184479  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2656  hypothetical protein  24.29 
 
 
320 aa  78.6  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4135  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  32.59 
 
 
332 aa  78.2  0.0000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.124521  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1751  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.96 
 
 
325 aa  77.8  0.0000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.33135  normal  0.990555 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2507  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.39 
 
 
321 aa  77.4  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7481  transcriptional regulator-like  29.28 
 
 
326 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3039  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.48 
 
 
235 aa  77.8  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.545561  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2870  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.71 
 
 
326 aa  76.3  0.0000000000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.308782  normal  0.417493 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15260  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.59 
 
 
327 aa  75.9  0.0000000000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000190404  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0562  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25.54 
 
 
317 aa  75.9  0.0000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.349747  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4846  transcriptional regulator protein-like protein  31.62 
 
 
326 aa  76.3  0.0000000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.715011 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0823  hypothetical protein  23.66 
 
 
251 aa  75.9  0.0000000000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0648  hypothetical protein  26.19 
 
 
317 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0266881  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>