More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcav_0743 on replicon NC_012669
Organism: Beutenbergia cavernae DSM 12333



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012669  Bcav_0743  Helix-turn-helix type 11 domain protein  100 
 
 
328 aa  638    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4645  helix-turn-helix, type 11  58.69 
 
 
333 aa  322  6e-87  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0418126  normal  0.223314 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3679  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  54.43 
 
 
321 aa  302  6.000000000000001e-81  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0370855  normal  0.293374 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2857  Helix-turn-helix type 11 domain protein  55.17 
 
 
326 aa  280  2e-74  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0404483  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3488  Helix-turn-helix type 11 domain protein  51.95 
 
 
265 aa  259  4e-68  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.483454 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2021  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.64 
 
 
317 aa  150  4e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0370713  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0147  helix-turn-helix, type 11  34.29 
 
 
316 aa  148  1.0000000000000001e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.552255 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45460  hypothetical protein  33.02 
 
 
323 aa  142  7e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4059  helix-turn-helix, type 11  34.6 
 
 
318 aa  139  7e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.348793  normal  0.0202879 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1946  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.48 
 
 
321 aa  137  2e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0713  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.58 
 
 
319 aa  134  3e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.677583  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0977  DeoR family transcriptional regulator  32.88 
 
 
360 aa  124  2e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.226699  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1870  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.1 
 
 
337 aa  124  2e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.199317 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1789  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.29 
 
 
333 aa  123  5e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0003326  normal  0.195591 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3859  hypothetical protein  30.55 
 
 
323 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0327  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.93 
 
 
339 aa  120  3.9999999999999996e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.489263  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5212  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.67 
 
 
317 aa  118  9.999999999999999e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000701081  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5326  DeoR family transcriptional regulator  31.43 
 
 
318 aa  116  3.9999999999999997e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.587405  normal  0.563326 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3412  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.41 
 
 
324 aa  113  4.0000000000000004e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.380317  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0988  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  28.39 
 
 
317 aa  110  3e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8641  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.79 
 
 
320 aa  109  5e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.160159  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0960  helix-turn-helix, type 11  28.39 
 
 
317 aa  107  2e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.386939  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0978  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  28.39 
 
 
317 aa  107  2e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.318116  normal  0.0703128 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5404  DeoR family transcriptional regulator  31.65 
 
 
332 aa  105  1e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.924628  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3338  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.08 
 
 
320 aa  104  2e-21  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4323  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  31.46 
 
 
327 aa  103  4e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.807083  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0920  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.41 
 
 
327 aa  103  5e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.711136  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.02 
 
 
335 aa  102  8e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4172  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.43 
 
 
317 aa  102  8e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.917159  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1446  putative transcriptional regulator  30.38 
 
 
332 aa  102  1e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00684408  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2064  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.08 
 
 
337 aa  101  2e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.177932  normal  0.600491 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0094  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.24 
 
 
325 aa  99.8  6e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0463  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.9 
 
 
334 aa  98.2  2e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.104964  normal  0.0170301 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5106  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  27.48 
 
 
319 aa  98.2  2e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.505458  normal  0.201643 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0941  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.5 
 
 
230 aa  97.8  2e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.958625  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2906  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.33 
 
 
334 aa  97.4  3e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.754227  normal  0.106292 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  28.53 
 
 
317 aa  96.7  5e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.161645 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6203  DeoR family transcriptional regulator  29.07 
 
 
318 aa  96.3  6e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5244  DeoR family transcriptional regulator  31.76 
 
 
337 aa  95.9  8e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.288323 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0728  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.05 
 
 
320 aa  95.9  9e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35.34 
 
 
316 aa  94.7  2e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1998  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.63 
 
 
334 aa  94.4  2e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.556593 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3513  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.53 
 
 
322 aa  94.7  2e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.188923  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4738  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.35 
 
 
313 aa  93.6  4e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.947562  normal  0.956989 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0249  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.41 
 
 
324 aa  93.6  4e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0510  helix-turn-helix, type 11  33.33 
 
 
230 aa  94  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4377  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.74 
 
 
320 aa  93.2  5e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000417511 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0456  helix-turn-helix, type 11  32.86 
 
 
230 aa  92.4  9e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0450  HTH domain-containing protein  32.86 
 
 
230 aa  92.4  9e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4095  DeoR family transcriptional regulator  29.61 
 
 
333 aa  92  1e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4787  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.74 
 
 
336 aa  92  1e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.287509 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6729  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.05 
 
 
324 aa  92.4  1e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.41486 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4654  hypothetical protein  28.02 
 
 
317 aa  90.1  4e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000770885  unclonable  9.19298e-26 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1347  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29.64 
 
 
339 aa  90.1  4e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.469049  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8630  DeoR family transcriptional regulator  31.92 
 
 
322 aa  90.1  5e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0284  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34 
 
 
332 aa  89.4  8e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.527195 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2690  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.71 
 
 
324 aa  89.4  8e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.113203 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0562  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.98 
 
 
317 aa  89  9e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.349747  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4041  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.83 
 
 
316 aa  88.6  1e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1067  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29.53 
 
 
320 aa  88.2  2e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3694  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.94 
 
 
321 aa  87  3e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0509362  hitchhiker  0.00000175857 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3107  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.87 
 
 
324 aa  87  4e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.786544  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0560  transcriptional regulator  27.05 
 
 
317 aa  86.7  5e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00184479  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0615  hypothetical protein  27.05 
 
 
317 aa  86.7  6e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.759398  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0559  transcriptional regulator  26.51 
 
 
317 aa  86.7  6e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0705  hypothetical protein  27.05 
 
 
317 aa  86.3  6e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0648  hypothetical protein  27.05 
 
 
317 aa  86.7  6e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0266881  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4054  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.9 
 
 
324 aa  86.7  6e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.135242  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0684  hypothetical protein  26.76 
 
 
317 aa  86.3  7e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0732899  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0777  hypothetical protein  26.76 
 
 
317 aa  86.3  7e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.845326  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2944  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.87 
 
 
324 aa  85.9  9e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0716  hypothetical protein  27.91 
 
 
348 aa  85.5  0.000000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.129876  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0815  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.54 
 
 
312 aa  85.1  0.000000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.502142  hitchhiker  0.0000272273 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0153  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.89 
 
 
325 aa  84.7  0.000000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.1742  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0064  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.78 
 
 
328 aa  84.7  0.000000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.188997  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4135  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  35.58 
 
 
332 aa  84.3  0.000000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.124521  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.57 
 
 
336 aa  84.3  0.000000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.31 
 
 
335 aa  84  0.000000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0343  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.02 
 
 
339 aa  83.6  0.000000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1823  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.91 
 
 
237 aa  83.6  0.000000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.406304  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02350  predicted transcriptional regulator  30.74 
 
 
327 aa  83.6  0.000000000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.33 
 
 
232 aa  83.2  0.000000000000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.117205 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6686  hypothetical protein  33.63 
 
 
327 aa  82.8  0.000000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0918823  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0206  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.75 
 
 
318 aa  82.4  0.00000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0242006 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5791  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.05 
 
 
339 aa  80.9  0.00000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3086  transcriptional regulator, putative  28.57 
 
 
334 aa  80.5  0.00000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2098  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.07 
 
 
318 aa  79.7  0.00000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1731  DeoR family transcriptional regulator  24.66 
 
 
230 aa  79.3  0.00000000000009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.590959  normal  0.873384 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0838  hypothetical protein  27.06 
 
 
229 aa  79  0.0000000000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.183627 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3062  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.55 
 
 
313 aa  77.8  0.0000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.408718  normal  0.752018 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5463  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.8 
 
 
313 aa  77.4  0.0000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.364956  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17920  predicted transcriptional regulator  29.35 
 
 
238 aa  77.4  0.0000000000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.384504 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3135  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.97 
 
 
329 aa  77  0.0000000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.224168  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3763  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.6 
 
 
323 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3486  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.08 
 
 
314 aa  77  0.0000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  33.33 
 
 
227 aa  77  0.0000000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2870  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33 
 
 
326 aa  76.3  0.0000000000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.308782  normal  0.417493 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2974  DeoR family transcriptional regulator  32.96 
 
 
319 aa  76.3  0.0000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.779274  normal  0.781562 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2933  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  33.81 
 
 
321 aa  76.3  0.0000000000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.259462 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7257  helix-turn-helix type 11 domain protein  33.02 
 
 
326 aa  76.3  0.0000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.143006 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>