More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_1219 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007498  Pcar_1219  transcriptional regulator  100 
 
 		 336 aa  677    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0944  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  53.04 
 
 		 330 aa  337  1.9999999999999998e-91  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.001663  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0473  transcriptional regulator, putative  53.5 
 
 		 334 aa  332  7.000000000000001e-90  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3086  transcriptional regulator, putative  53.61 
 
 		 334 aa  332  7.000000000000001e-90  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2780  Helix-turn-helix type 11 domain protein  51.44 
 
 		 333 aa  323  3e-87  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00079876  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1441  Helix-turn-helix type 11 domain protein  51.12 
 
 		 333 aa  321  9.999999999999999e-87  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0382  Helix-turn-helix type 11 domain protein  49.68 
 
 		 333 aa  312  4.999999999999999e-84  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.117118  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0494  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  47.28 
 
 		 336 aa  279  4e-74  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3146  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.64 
 
 		 351 aa  167  2e-40  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3075  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.38 
 
 		 326 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00643592  unclonable  0.0000000271212 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3896  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.22 
 
 		 321 aa  134  1.9999999999999998e-30  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2004  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.38 
 
 		 321 aa  134  1.9999999999999998e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.532666  normal  0.656208 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1294  regulatory protein, DeoR  31.27 
 
 		 336 aa  133  3.9999999999999996e-30  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0970  transcriptional regulator-like protein  33.23 
 
 		 330 aa  133  5e-30  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0552  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.06 
 
 		 347 aa  129  6e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2698  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  31.53 
 
 		 323 aa  129  7.000000000000001e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000125555  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4846  transcriptional regulator protein-like protein  31.69 
 
 		 326 aa  127  4.0000000000000003e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.715011 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0063  hypothetical protein  28.33 
 
 		 339 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000516278  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1644  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.41 
 
 		 347 aa  116  5e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0304784  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0841  hypothetical protein  28.62 
 
 		 351 aa  116  5e-25  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.189594 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0815  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.53 
 
 		 312 aa  112  9e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.502142  hitchhiker  0.0000272273 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.15 
 
 		 336 aa  110  3e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15260  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.68 
 
 		 327 aa  110  4.0000000000000004e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000190404  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2241  transcriptional regulator-like protein  29.54 
 
 		 350 aa  109  7.000000000000001e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.295044  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0608  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.09 
 
 		 322 aa  109  7.000000000000001e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4096  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.35 
 
 		 334 aa  108  1e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.353495  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2154  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.5 
 
 		 324 aa  107  2e-22  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2437  hypothetical protein  27.36 
 
 		 323 aa  104  2e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1515  hypothetical protein  24.92 
 
 		 349 aa  103  6e-21  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.284607  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0573  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.07 
 
 		 317 aa  102  7e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.0000975752  normal  0.773563 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1187  regulatory protein, DeoR  30.63 
 
 		 342 aa  102  9e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00660104 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1808  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  27.99 
 
 		 327 aa  102  1e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.503322  normal  0.375271 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2452  hypothetical protein  27.91 
 
 		 318 aa  102  1e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.271591  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2823  putative transcriptional regulator  28.52 
 
 		 334 aa  100  4e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0437  hypothetical protein  25.71 
 
 		 326 aa  99  1e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0956  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.57 
 
 		 327 aa  98.6  1e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1438  hypothetical protein  24.56 
 
 		 337 aa  96.3  7e-19  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0652  regulatory protein, DeoR  29.61 
 
 		 332 aa  95.5  1e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.545144  normal  1 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5075  regulatory protein, DeoR  27.27 
 
 		 331 aa  93.2  6e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1300  transcriptional regulator  25.4 
 
 		 323 aa  92.8  8e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.909513  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2599  transcriptional regulator-like protein  27.63 
 
 		 340 aa  91.3  2e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.781453  normal  0.328063 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1946  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.02 
 
 		 321 aa  89.7  7e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0239  transcriptional regulator-like protein  25.7 
 
 		 330 aa  88.6  1e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1421  hypothetical protein  25.38 
 
 		 324 aa  89  1e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.182129 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1233  transcriptional regulator-like  26.22 
 
 		 326 aa  89  1e-16  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.349316 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1009  regulatory protein, DeoR  26.95 
 
 		 351 aa  87.4  3e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.393522  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3679  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.38 
 
 		 321 aa  86.7  5e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0370855  normal  0.293374 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000786  predicted transcriptional regulator  28.51 
 
 		 228 aa  85.5  0.000000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0574064  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2401  hypothetical protein  28.99 
 
 		 320 aa  85.1  0.000000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.148102  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1731  DeoR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 230 aa  85.1  0.000000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.590959  normal  0.873384 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1778  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.84 
 
 		 352 aa  84  0.000000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25.56 
 
 		 316 aa  84.3  0.000000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2673  hypothetical protein  28.99 
 
 		 320 aa  83.6  0.000000000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000327581 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2474  hypothetical protein  29.47 
 
 		 320 aa  83.2  0.000000000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0188594  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2656  hypothetical protein  29.47 
 
 		 320 aa  83.2  0.000000000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0499  hypothetical protein  31.16 
 
 		 229 aa  83.2  0.000000000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.477682  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1185  hypothetical protein  26.43 
 
 		 313 aa  82.4  0.000000000000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2444  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.79 
 
 		 319 aa  82  0.00000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0713  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.92 
 
 		 319 aa  80.9  0.00000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.677583  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2689  hypothetical protein  22.48 
 
 		 320 aa  80.5  0.00000000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0201589  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3385  CRISPR-associated protein Cas5  27.94 
 
 		 1084 aa  79.7  0.00000000000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.335684  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3527  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.85 
 
 		 323 aa  79.3  0.00000000000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.315913  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3644  hypothetical protein  27.84 
 
 		 326 aa  79  0.0000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.16096  normal  0.19013 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6729  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.71 
 
 		 324 aa  79  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.41486 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1001  hypothetical protein  24.52 
 
 		 313 aa  77.4  0.0000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3900  hypothetical protein  26.16 
 
 		 326 aa  77.8  0.0000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04135  transcriptional regulator  25.54 
 
 		 321 aa  77.8  0.0000000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.292788  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1304  transcriptional regulator-like protein  26.78 
 
 		 335 aa  77.4  0.0000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0104  hypothetical protein  29.36 
 
 		 230 aa  77  0.0000000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0941  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.01 
 
 		 230 aa  77  0.0000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.958625  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0147  helix-turn-helix, type 11  28.09 
 
 		 316 aa  75.9  0.0000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.552255 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5754  hypothetical protein  32.39 
 
 		 351 aa  75.5  0.000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1244  HTH domain family  24.2 
 
 		 313 aa  75.9  0.000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3553  helix-turn-helix, type 11  27 
 
 		 238 aa  75.5  0.000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0955  transcriptional regulator  24.67 
 
 		 323 aa  74.3  0.000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0131189  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0554  TonB-dependent receptor  26.67 
 
 		 234 aa  74.7  0.000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.665291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0680  DeoR family transcriptional regulator  24.75 
 
 		 231 aa  75.1  0.000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0998  transcriptional regulator  24.52 
 
 		 313 aa  74.3  0.000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2503  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.03 
 
 		 232 aa  74.3  0.000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.751243 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0838  hypothetical protein  27.75 
 
 		 229 aa  73.6  0.000000000005  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.183627 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2909  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.03 
 
 		 232 aa  73.2  0.000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1775  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.57 
 
 		 330 aa  72.4  0.00000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000116568 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4645  helix-turn-helix, type 11  26.23 
 
 		 333 aa  72  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0418126  normal  0.223314 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29.36 
 
 		 227 aa  72  0.00000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2010  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25.4 
 
 		 320 aa  72.4  0.00000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5977  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.28 
 
 		 231 aa  71.2  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.374689  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2797  putative transcriptional regulator  28.51 
 
 		 229 aa  71.2  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1479  transcriptional regulator  26.88 
 
 		 330 aa  70.9  0.00000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.124132  normal  0.257249 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.19 
 
 		 232 aa  70.5  0.00000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.117205 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45460  hypothetical protein  29.49 
 
 		 323 aa  70.5  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1191  hypothetical protein  28.81 
 
 		 235 aa  70.5  0.00000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.351784  normal  0.832163 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4097  transcriptional regulator-like protein  26.36 
 
 		 335 aa  70.5  0.00000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1296  transcriptional regulator-like protein  26.6 
 
 		 340 aa  70.1  0.00000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1289  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.55 
 
 		 315 aa  70.1  0.00000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.447111 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1823  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.78 
 
 		 237 aa  70.1  0.00000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.406304  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5442  transcriptional regulator  26.85 
 
 		 326 aa  69.7  0.00000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.171727 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2775  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.11 
 
 		 229 aa  69.7  0.00000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2368  helix-turn-helix, type 11  30.54 
 
 		 231 aa  69.3  0.00000000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.150063 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3039  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.68 
 
 		 235 aa  69.3  0.00000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.545561  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0694  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.82 
 
 		 246 aa  69.3  0.00000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.454528  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>