More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_3086 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007517  Gmet_3086  transcriptional regulator, putative  100 
 
 		 334 aa  677    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0473  transcriptional regulator, putative  79.62 
 
 		 334 aa  523  1e-147  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0944  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  71.43 
 
 		 330 aa  496  1e-139  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.001663  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1441  Helix-turn-helix type 11 domain protein  65.19 
 
 		 333 aa  444  1e-123  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2780  Helix-turn-helix type 11 domain protein  65.51 
 
 		 333 aa  444  1e-123  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00079876  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0494  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  56.51 
 
 		 336 aa  367  1e-100  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0382  Helix-turn-helix type 11 domain protein  54.85 
 
 		 333 aa  362  6e-99  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.117118  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1219  transcriptional regulator  53.61 
 
 		 336 aa  332  7.000000000000001e-90  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3146  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.69 
 
 		 351 aa  155  9e-37  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3075  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.1 
 
 		 326 aa  146  4.0000000000000006e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00643592  unclonable  0.0000000271212 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0552  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.58 
 
 		 347 aa  145  9e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1515  hypothetical protein  28.57 
 
 		 349 aa  139  6e-32  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.284607  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1294  regulatory protein, DeoR  31.44 
 
 		 336 aa  139  7e-32  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2004  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.51 
 
 		 321 aa  139  7.999999999999999e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.532666  normal  0.656208 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2698  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  31.82 
 
 		 323 aa  138  1e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000125555  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0608  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.41 
 
 		 322 aa  135  7.000000000000001e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0970  transcriptional regulator-like protein  31.69 
 
 		 330 aa  134  3e-30  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3896  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.09 
 
 		 321 aa  133  5e-30  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0063  hypothetical protein  27.79 
 
 		 339 aa  132  6e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000516278  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1644  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.46 
 
 		 347 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0304784  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1808  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  32.71 
 
 		 327 aa  127  2.0000000000000002e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.503322  normal  0.375271 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0815  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.92 
 
 		 312 aa  122  9.999999999999999e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.502142  hitchhiker  0.0000272273 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.75 
 
 		 336 aa  119  7e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2154  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.43 
 
 		 324 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2241  transcriptional regulator-like protein  28.18 
 
 		 350 aa  114  3e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.295044  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0652  regulatory protein, DeoR  30.82 
 
 		 332 aa  112  6e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.545144  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15260  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.09 
 
 		 327 aa  111  2.0000000000000002e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000190404  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0437  hypothetical protein  28.47 
 
 		 326 aa  110  3e-23  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1778  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.67 
 
 		 352 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0841  hypothetical protein  29.39 
 
 		 351 aa  110  4.0000000000000004e-23  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.189594 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2437  hypothetical protein  26.5 
 
 		 323 aa  110  5e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4096  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.1 
 
 		 334 aa  109  8.000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.353495  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1421  hypothetical protein  27.46 
 
 		 324 aa  108  1e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.182129 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5075  regulatory protein, DeoR  27.55 
 
 		 331 aa  107  3e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0239  transcriptional regulator-like protein  27.18 
 
 		 330 aa  107  4e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2599  transcriptional regulator-like protein  24.58 
 
 		 340 aa  106  5e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.781453  normal  0.328063 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3900  hypothetical protein  29.92 
 
 		 326 aa  105  8e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1187  regulatory protein, DeoR  29.61 
 
 		 342 aa  103  5e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00660104 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0956  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.85 
 
 		 327 aa  103  6e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4846  transcriptional regulator protein-like protein  28.12 
 
 		 326 aa  101  1e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.715011 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1233  transcriptional regulator-like  27.47 
 
 		 326 aa  102  1e-20  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.349316 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1300  transcriptional regulator  27.61 
 
 		 323 aa  102  1e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.909513  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2823  putative transcriptional regulator  27.8 
 
 		 334 aa  100  3e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1009  regulatory protein, DeoR  28.97 
 
 		 351 aa  98.2  2e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.393522  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0955  transcriptional regulator  28.25 
 
 		 323 aa  97.8  2e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0131189  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.4 
 
 		 316 aa  96.7  5e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1438  hypothetical protein  24.67 
 
 		 337 aa  96.3  6e-19  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1946  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.87 
 
 		 321 aa  95.9  8e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0573  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.12 
 
 		 317 aa  92.4  8e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.0000975752  normal  0.773563 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3527  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.9 
 
 		 323 aa  92.4  9e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.315913  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1296  transcriptional regulator-like protein  27.18 
 
 		 340 aa  90.9  3e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3403  transcriptional regulator-like protein  26.76 
 
 		 323 aa  90.5  3e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0101274  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6729  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25 
 
 		 324 aa  90.1  5e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.41486 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2010  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.67 
 
 		 320 aa  89.4  8e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4059  helix-turn-helix, type 11  30.56 
 
 		 318 aa  88.2  2e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.348793  normal  0.0202879 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3859  hypothetical protein  30.08 
 
 		 323 aa  88.6  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0049  hypothetical protein  26.58 
 
 		 320 aa  86.7  5e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.607165  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1775  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.88 
 
 		 330 aa  87  5e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000116568 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0913  hypothetical protein  21.17 
 
 		 317 aa  85.9  9e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0351983  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04135  transcriptional regulator  25.57 
 
 		 321 aa  84.7  0.000000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.292788  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3644  hypothetical protein  29.91 
 
 		 326 aa  83.6  0.000000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.16096  normal  0.19013 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2452  hypothetical protein  26.14 
 
 		 318 aa  81.6  0.00000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.271591  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2444  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.69 
 
 		 319 aa  81.3  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45460  hypothetical protein  28.91 
 
 		 323 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3679  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.41 
 
 		 321 aa  80.9  0.00000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0370855  normal  0.293374 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5754  hypothetical protein  28.92 
 
 		 351 aa  80.5  0.00000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3385  CRISPR-associated protein Cas5  31.22 
 
 		 1084 aa  79.3  0.00000000000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.335684  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0499  hypothetical protein  27.32 
 
 		 229 aa  78.6  0.0000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.477682  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2821  hypothetical DNA-binding protein  21.36 
 
 		 314 aa  78.2  0.0000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.184297  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1199  putative transcriptional regulator protein  26.49 
 
 		 335 aa  78.2  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.069662 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2021  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.66 
 
 		 317 aa  77.8  0.0000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0370713  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1489  metal dependent phosphohydrolase  29.38 
 
 		 1078 aa  75.9  0.0000000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0565561 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1223  hypothetical protein  25.69 
 
 		 322 aa  75.5  0.000000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3051  transcriptional factor  26.32 
 
 		 336 aa  75.1  0.000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.430784  normal  0.0169917 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2446  hypothetical protein  28.88 
 
 		 324 aa  75.5  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1255  transcriptional regulator  26.14 
 
 		 322 aa  74.7  0.000000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3412  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.83 
 
 		 324 aa  74.7  0.000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.380317  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5785  transcriptional regulator protein-like protein  28.26 
 
 		 687 aa  74.7  0.000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.611435 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1185  hypothetical protein  22.73 
 
 		 313 aa  74.3  0.000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4645  helix-turn-helix, type 11  28.75 
 
 		 333 aa  74.3  0.000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0418126  normal  0.223314 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4097  transcriptional regulator-like protein  26.55 
 
 		 335 aa  74.3  0.000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0713  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.13 
 
 		 319 aa  73.6  0.000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.677583  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0743  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.57 
 
 		 328 aa  73.2  0.000000000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0580  DeoR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 334 aa  73.2  0.000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6686  hypothetical protein  25.79 
 
 		 327 aa  72.8  0.000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0918823  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36430  predicted transcriptional regulator  26.89 
 
 		 323 aa  72  0.00000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.649805 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1825  hypothetical protein  31.18 
 
 		 319 aa  72  0.00000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2474  hypothetical protein  22.48 
 
 		 320 aa  71.6  0.00000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0188594  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0998  transcriptional regulator  22.98 
 
 		 313 aa  71.2  0.00000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2401  hypothetical protein  23.08 
 
 		 320 aa  71.2  0.00000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.148102  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2985  transcriptional regulator protein-like protein  24.5 
 
 		 342 aa  71.6  0.00000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.256195 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2656  hypothetical protein  22.48 
 
 		 320 aa  71.6  0.00000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0147  helix-turn-helix, type 11  29.36 
 
 		 316 aa  71.6  0.00000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.552255 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1479  transcriptional regulator  27.73 
 
 		 330 aa  71.6  0.00000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.124132  normal  0.257249 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2944  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.25 
 
 		 324 aa  71.6  0.00000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0607  putative DeoR-family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 334 aa  71.6  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0615  putative DeoR-family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 334 aa  71.6  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1001  hypothetical protein  22.57 
 
 		 313 aa  70.9  0.00000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000786  predicted transcriptional regulator  27.15 
 
 		 228 aa  70.9  0.00000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0574064  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1823  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.94 
 
 		 237 aa  70.9  0.00000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.406304  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>