More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2780 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012918  GM21_1441  Helix-turn-helix type 11 domain protein  98.5 
 
 		 333 aa  672    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2780  Helix-turn-helix type 11 domain protein  100 
 
 		 333 aa  679    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00079876  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0944  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  67.07 
 
 		 330 aa  466  9.999999999999999e-131  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.001663  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0473  transcriptional regulator, putative  65.71 
 
 		 334 aa  447  1.0000000000000001e-124  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3086  transcriptional regulator, putative  65.51 
 
 		 334 aa  444  1e-123  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0382  Helix-turn-helix type 11 domain protein  50.45 
 
 		 333 aa  347  2e-94  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.117118  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0494  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  48.94 
 
 		 336 aa  338  9.999999999999999e-92  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1219  transcriptional regulator  51.44 
 
 		 336 aa  323  3e-87  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3146  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.5 
 
 		 351 aa  155  9e-37  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0552  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.5 
 
 		 347 aa  146  4.0000000000000006e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2004  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.63 
 
 		 321 aa  146  4.0000000000000006e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.532666  normal  0.656208 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2698  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  28.88 
 
 		 323 aa  139  7e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000125555  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3075  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.61 
 
 		 326 aa  135  9.999999999999999e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00643592  unclonable  0.0000000271212 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0608  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.4 
 
 		 322 aa  131  1.0000000000000001e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3896  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.68 
 
 		 321 aa  130  2.0000000000000002e-29  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1808  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  28.44 
 
 		 327 aa  128  1.0000000000000001e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.503322  normal  0.375271 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1294  regulatory protein, DeoR  27.08 
 
 		 336 aa  127  2.0000000000000002e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0063  hypothetical protein  27.44 
 
 		 339 aa  122  9e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000516278  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2437  hypothetical protein  27.27 
 
 		 323 aa  120  3e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15260  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.08 
 
 		 327 aa  118  9.999999999999999e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000190404  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0970  transcriptional regulator-like protein  28.35 
 
 		 330 aa  116  5e-25  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4846  transcriptional regulator protein-like protein  27.69 
 
 		 326 aa  115  1.0000000000000001e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.715011 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0652  regulatory protein, DeoR  30.22 
 
 		 332 aa  115  1.0000000000000001e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.545144  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1421  hypothetical protein  27.21 
 
 		 324 aa  114  3e-24  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.182129 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1438  hypothetical protein  26.71 
 
 		 337 aa  113  4.0000000000000004e-24  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0815  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24 
 
 		 312 aa  113  4.0000000000000004e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.502142  hitchhiker  0.0000272273 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0437  hypothetical protein  27.84 
 
 		 326 aa  112  6e-24  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1233  transcriptional regulator-like  28.12 
 
 		 326 aa  112  7.000000000000001e-24  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.349316 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0956  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.13 
 
 		 327 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2154  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.97 
 
 		 324 aa  110  3e-23  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0573  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.27 
 
 		 317 aa  110  3e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.0000975752  normal  0.773563 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2241  transcriptional regulator-like protein  26.32 
 
 		 350 aa  110  3e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.295044  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5075  regulatory protein, DeoR  27.98 
 
 		 331 aa  110  4.0000000000000004e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4096  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.67 
 
 		 334 aa  109  7.000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.353495  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1778  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.34 
 
 		 352 aa  105  9e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2823  putative transcriptional regulator  26.58 
 
 		 334 aa  105  1e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0239  transcriptional regulator-like protein  25.81 
 
 		 330 aa  100  2e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0841  hypothetical protein  25.47 
 
 		 351 aa  100  4e-20  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.189594 
 
 
-
 
NC_002936  DET1515  hypothetical protein  25.39 
 
 		 349 aa  99.8  7e-20  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.284607  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1300  transcriptional regulator  26.75 
 
 		 323 aa  97.8  2e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.909513  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1644  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.13 
 
 		 347 aa  97.8  2e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0304784  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.73 
 
 		 336 aa  96.7  5e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2452  hypothetical protein  27.04 
 
 		 318 aa  95.9  8e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.271591  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3527  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.49 
 
 		 323 aa  92  1e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.315913  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1187  regulatory protein, DeoR  28.26 
 
 		 342 aa  91.7  2e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00660104 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2599  transcriptional regulator-like protein  24.44 
 
 		 340 aa  91.7  2e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.781453  normal  0.328063 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1296  transcriptional regulator-like protein  23.93 
 
 		 340 aa  90.1  5e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25.79 
 
 		 316 aa  88.6  2e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0499  hypothetical protein  28.64 
 
 		 229 aa  88.2  2e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.477682  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3403  transcriptional regulator-like protein  26.09 
 
 		 323 aa  87.4  3e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0101274  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1009  regulatory protein, DeoR  25.31 
 
 		 351 aa  87.4  3e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.393522  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04135  transcriptional regulator  25.71 
 
 		 321 aa  86.7  5e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.292788  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2444  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.63 
 
 		 319 aa  86.7  6e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1185  hypothetical protein  23.89 
 
 		 313 aa  84.3  0.000000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1289  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25 
 
 		 315 aa  82.8  0.000000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.447111 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2021  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.61 
 
 		 317 aa  80.5  0.00000000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0370713  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1946  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.17 
 
 		 321 aa  80.1  0.00000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1223  hypothetical protein  25.84 
 
 		 322 aa  79  0.0000000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1255  transcriptional regulator  25.53 
 
 		 322 aa  78.6  0.0000000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4097  transcriptional regulator-like protein  25.83 
 
 		 335 aa  79  0.0000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5785  transcriptional regulator protein-like protein  27.71 
 
 		 687 aa  77.8  0.0000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.611435 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1001  hypothetical protein  22.61 
 
 		 313 aa  77.4  0.0000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3051  transcriptional factor  24.14 
 
 		 336 aa  77.4  0.0000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.430784  normal  0.0169917 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0998  transcriptional regulator  22.6 
 
 		 313 aa  77  0.0000000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1199  putative transcriptional regulator protein  25 
 
 		 335 aa  77  0.0000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.069662 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0913  hypothetical protein  21.71 
 
 		 317 aa  76.6  0.0000000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0351983  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2010  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.3 
 
 		 320 aa  75.1  0.000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0955  transcriptional regulator  30.18 
 
 		 323 aa  74.7  0.000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0131189  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1244  HTH domain family  22.29 
 
 		 313 aa  75.1  0.000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0064  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25.3 
 
 		 328 aa  73.6  0.000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.188997  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3859  hypothetical protein  26.88 
 
 		 323 aa  73.6  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45460  hypothetical protein  31.84 
 
 		 323 aa  73.2  0.000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3107  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.99 
 
 		 324 aa  72.4  0.00000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.786544  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2250  hypothetical protein  28.63 
 
 		 337 aa  72.4  0.00000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0118565  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000786  predicted transcriptional regulator  27.23 
 
 		 228 aa  71.2  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0574064  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1304  transcriptional regulator-like protein  25.14 
 
 		 335 aa  71.2  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0147  helix-turn-helix, type 11  27.87 
 
 		 316 aa  70.9  0.00000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.552255 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2944  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.38 
 
 		 324 aa  70.9  0.00000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1479  transcriptional regulator  26.43 
 
 		 330 aa  71.2  0.00000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.124132  normal  0.257249 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2435  hypothetical protein  23.78 
 
 		 323 aa  70.9  0.00000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2166  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.51 
 
 		 320 aa  70.1  0.00000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.304825  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0049  hypothetical protein  23.75 
 
 		 320 aa  69.7  0.00000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.607165  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5754  hypothetical protein  27.17 
 
 		 351 aa  69.3  0.00000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3647  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.4 
 
 		 320 aa  68.6  0.0000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.306366  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4645  helix-turn-helix, type 11  27.23 
 
 		 333 aa  68.9  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0418126  normal  0.223314 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0679  helix-turn-helix, type 11  27.81 
 
 		 237 aa  68.6  0.0000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5238  transcriptional regulator  26.58 
 
 		 304 aa  68.2  0.0000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0664508  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6729  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.99 
 
 		 324 aa  68.2  0.0000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.41486 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1647  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  23.24 
 
 		 299 aa  67.8  0.0000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36430  predicted transcriptional regulator  28.14 
 
 		 323 aa  67.8  0.0000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.649805 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1775  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  23.01 
 
 		 330 aa  67.4  0.0000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000116568 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1751  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  24.92 
 
 		 325 aa  67  0.0000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.33135  normal  0.990555 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0991  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  20.5 
 
 		 302 aa  67  0.0000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1758  hypothetical protein  25.88 
 
 		 230 aa  66.6  0.0000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3644  hypothetical protein  24.62 
 
 		 326 aa  66.2  0.0000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.16096  normal  0.19013 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3694  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.22 
 
 		 321 aa  66.2  0.0000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0509362  hitchhiker  0.00000175857 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0713  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  24.39 
 
 		 319 aa  65.9  0.000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.677583  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02350  predicted transcriptional regulator  24.1 
 
 		 327 aa  65.5  0.000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2605  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  25.88 
 
 		 232 aa  65.5  0.000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0094  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.33 
 
 		 325 aa  65.1  0.000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>