289 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_3403 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009483  Gura_3403  transcriptional regulator-like protein  100 
 
 		 323 aa  659    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0101274  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0955  transcriptional regulator  67.5 
 
 		 323 aa  456  1e-127  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0131189  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0049  hypothetical protein  42.81 
 
 		 320 aa  277  2e-73  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.607165  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1294  regulatory protein, DeoR  34.91 
 
 		 336 aa  192  9e-48  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0970  transcriptional regulator-like protein  34.34 
 
 		 330 aa  176  5e-43  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1421  hypothetical protein  31.35 
 
 		 324 aa  171  1e-41  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.182129 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2154  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.87 
 
 		 324 aa  167  2e-40  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0437  hypothetical protein  30.87 
 
 		 326 aa  163  5.0000000000000005e-39  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1438  hypothetical protein  30.25 
 
 		 337 aa  160  2e-38  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0841  hypothetical protein  29.94 
 
 		 351 aa  154  2e-36  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.189594 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0956  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.62 
 
 		 327 aa  151  1e-35  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3527  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.97 
 
 		 323 aa  150  2e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.315913  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3900  hypothetical protein  32.82 
 
 		 326 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04135  transcriptional regulator  33.01 
 
 		 321 aa  143  3e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.292788  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0063  hypothetical protein  28.79 
 
 		 339 aa  143  4e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000516278  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1808  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30.7 
 
 		 327 aa  140  3e-32  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.503322  normal  0.375271 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0122  hypothetical protein  34.29 
 
 		 326 aa  138  1e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2444  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.67 
 
 		 319 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2446  hypothetical protein  32.41 
 
 		 324 aa  136  5e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1255  transcriptional regulator  33.45 
 
 		 322 aa  135  8e-31  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1644  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.11 
 
 		 347 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0304784  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1223  hypothetical protein  32.86 
 
 		 322 aa  133  3e-30  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1233  transcriptional regulator-like  28.57 
 
 		 326 aa  132  1.0000000000000001e-29  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.349316 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0573  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.08 
 
 		 317 aa  132  1.0000000000000001e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.0000975752  normal  0.773563 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2437  hypothetical protein  27.19 
 
 		 323 aa  129  5.0000000000000004e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1775  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.31 
 
 		 330 aa  127  4.0000000000000003e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000116568 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4096  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.75 
 
 		 334 aa  117  3e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.353495  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0499  hypothetical protein  31.58 
 
 		 229 aa  107  3e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.477682  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15260  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.95 
 
 		 327 aa  106  5e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000190404  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2823  putative transcriptional regulator  32.15 
 
 		 334 aa  106  6e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0944  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  36.46 
 
 		 330 aa  102  1e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.001663  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1778  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.83 
 
 		 352 aa  94.7  2e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0652  regulatory protein, DeoR  27.27 
 
 		 332 aa  92  1e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.545144  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3086  transcriptional regulator, putative  26.76 
 
 		 334 aa  90.5  3e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1441  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.09 
 
 		 333 aa  90.5  3e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2241  transcriptional regulator-like protein  25.34 
 
 		 350 aa  90.9  3e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.295044  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1300  transcriptional regulator  26.03 
 
 		 323 aa  87.4  3e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.909513  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2780  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.09 
 
 		 333 aa  87.4  3e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00079876  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4041  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.38 
 
 		 316 aa  84.7  0.000000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4323  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  31.73 
 
 		 327 aa  84  0.000000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.807083  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0094  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.67 
 
 		 325 aa  82.8  0.000000000000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1515  hypothetical protein  23.65 
 
 		 349 aa  82  0.00000000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.284607  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4095  DeoR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 333 aa  82.4  0.00000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0249  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.62 
 
 		 324 aa  82  0.00000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3896  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.67 
 
 		 321 aa  80.9  0.00000000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.07 
 
 		 313 aa  79.7  0.00000000000007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.440872  normal  0.310405 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2004  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.52 
 
 		 321 aa  79.3  0.00000000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.532666  normal  0.656208 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0552  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.32 
 
 		 347 aa  79  0.00000000000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0608  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.32 
 
 		 322 aa  78.6  0.0000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5244  DeoR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 337 aa  77.4  0.0000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.288323 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6203  DeoR family transcriptional regulator  26.57 
 
 		 318 aa  77  0.0000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2296  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.3 
 
 		 322 aa  76.6  0.0000000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000342768  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0494  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  27.67 
 
 		 336 aa  76.6  0.0000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2098  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.3 
 
 		 318 aa  75.5  0.000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1199  putative transcriptional regulator protein  22.69 
 
 		 335 aa  75.5  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.069662 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5106  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  26.54 
 
 		 319 aa  75.5  0.000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.505458  normal  0.201643 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0343  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.96 
 
 		 339 aa  75.1  0.000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3075  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.02 
 
 		 326 aa  74.3  0.000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00643592  unclonable  0.0000000271212 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5785  transcriptional regulator protein-like protein  27.98 
 
 		 687 aa  75.1  0.000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.611435 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5463  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.37 
 
 		 313 aa  74.3  0.000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.364956  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0284  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.02 
 
 		 332 aa  73.9  0.000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.527195 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.65 
 
 		 335 aa  73.9  0.000000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0473  transcriptional regulator, putative  26.15 
 
 		 334 aa  73.9  0.000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0998  transcriptional regulator  25.4 
 
 		 313 aa  73.6  0.000000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1647  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.36 
 
 		 299 aa  73.9  0.000000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3107  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.45 
 
 		 324 aa  73.6  0.000000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.786544  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  25 
 
 		 317 aa  73.2  0.000000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.161645 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0382  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.46 
 
 		 333 aa  72.8  0.000000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.117118  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4377  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.59 
 
 		 320 aa  72.8  0.000000000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000417511 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0988  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  26.14 
 
 		 317 aa  72.8  0.000000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1244  HTH domain family  24.76 
 
 		 313 aa  72.8  0.000000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5326  DeoR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 318 aa  72.4  0.000000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.587405  normal  0.563326 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1185  hypothetical protein  24.12 
 
 		 313 aa  72  0.00000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1001  hypothetical protein  24.76 
 
 		 313 aa  72.4  0.00000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0713  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.98 
 
 		 319 aa  71.6  0.00000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.677583  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4566  transcriptional regulator protein-like protein  23.18 
 
 		 360 aa  71.6  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.439608  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2974  DeoR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 319 aa  71.2  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.779274  normal  0.781562 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0920  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.75 
 
 		 327 aa  71.2  0.00000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.711136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2698  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  27 
 
 		 323 aa  71.2  0.00000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000125555  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0991  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  22.12 
 
 		 302 aa  70.5  0.00000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1789  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.99 
 
 		 333 aa  70.9  0.00000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0003326  normal  0.195591 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8630  DeoR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 322 aa  70.5  0.00000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35620  predicted transcriptional regulator  29.39 
 
 		 241 aa  70.5  0.00000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0960  helix-turn-helix, type 11  25.49 
 
 		 317 aa  70.1  0.00000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.386939  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0978  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  25.49 
 
 		 317 aa  70.1  0.00000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.318116  normal  0.0703128 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3146  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.86 
 
 		 351 aa  69.3  0.00000000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1446  putative transcriptional regulator  28.3 
 
 		 332 aa  68.9  0.0000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00684408  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.7 
 
 		 336 aa  68.9  0.0000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0977  DeoR family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 360 aa  68.6  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.226699  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2064  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.81 
 
 		 337 aa  68.6  0.0000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.177932  normal  0.600491 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0913  hypothetical protein  22.03 
 
 		 317 aa  68.6  0.0000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0351983  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2906  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.3 
 
 		 334 aa  68.9  0.0000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.754227  normal  0.106292 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2492  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.36 
 
 		 302 aa  68.6  0.0000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.156303  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1009  regulatory protein, DeoR  29.61 
 
 		 351 aa  68.2  0.0000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.393522  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4846  transcriptional regulator protein-like protein  27.87 
 
 		 326 aa  68.2  0.0000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.715011 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.46 
 
 		 318 aa  67.8  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4133  DeoR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 317 aa  67  0.0000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113991  normal  0.040793 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1219  transcriptional regulator  25.33 
 
 		 336 aa  66.6  0.0000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4738  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.5 
 
 		 313 aa  66.6  0.0000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.947562  normal  0.956989 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1067  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30.24 
 
 		 320 aa  66.6  0.0000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>