231 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1775 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_1775  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  100 
 
 		 330 aa  672    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000116568 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3900  hypothetical protein  49.69 
 
 		 326 aa  313  1.9999999999999998e-84  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0122  hypothetical protein  45.74 
 
 		 326 aa  271  9e-72  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2444  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.39 
 
 		 319 aa  234  2.0000000000000002e-60  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2446  hypothetical protein  40.06 
 
 		 324 aa  223  3e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3527  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.96 
 
 		 323 aa  223  3e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.315913  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04135  transcriptional regulator  39.88 
 
 		 321 aa  222  7e-57  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.292788  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1255  transcriptional regulator  35.54 
 
 		 322 aa  197  2.0000000000000003e-49  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1223  hypothetical protein  35.84 
 
 		 322 aa  197  2.0000000000000003e-49  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3403  transcriptional regulator-like protein  28.31 
 
 		 323 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0101274  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0049  hypothetical protein  29.01 
 
 		 320 aa  125  8.000000000000001e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.607165  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0955  transcriptional regulator  25.87 
 
 		 323 aa  125  1e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0131189  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1438  hypothetical protein  27.15 
 
 		 337 aa  120  3.9999999999999996e-26  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0437  hypothetical protein  25.48 
 
 		 326 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1294  regulatory protein, DeoR  28.47 
 
 		 336 aa  111  2.0000000000000002e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0573  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.01 
 
 		 317 aa  103  3e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.0000975752  normal  0.773563 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0841  hypothetical protein  26.21 
 
 		 351 aa  103  4e-21  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.189594 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1644  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.37 
 
 		 347 aa  102  7e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0304784  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0970  transcriptional regulator-like protein  25.08 
 
 		 330 aa  99.4  8e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2437  hypothetical protein  25.87 
 
 		 323 aa  96.3  6e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0063  hypothetical protein  23.24 
 
 		 339 aa  95.5  1e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000516278  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4096  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.39 
 
 		 334 aa  93.6  4e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.353495  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0956  Helix-turn-helix type 11 domain protein  21.17 
 
 		 327 aa  93.2  6e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0499  hypothetical protein  32.11 
 
 		 229 aa  92  1e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.477682  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2154  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.53 
 
 		 324 aa  92.4  1e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1421  hypothetical protein  25.09 
 
 		 324 aa  91.7  2e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.182129 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21970  predicted transcriptional regulator  35.63 
 
 		 326 aa  88.2  2e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.530492  normal  0.375543 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3086  transcriptional regulator, putative  26.88 
 
 		 334 aa  87  4e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1233  transcriptional regulator-like  25.97 
 
 		 326 aa  86.7  6e-16  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.349316 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2823  putative transcriptional regulator  32.76 
 
 		 334 aa  86.3  6e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2241  transcriptional regulator-like protein  27.05 
 
 		 350 aa  85.5  0.000000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.295044  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1880  hypothetical protein  32.62 
 
 		 344 aa  82.4  0.00000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1778  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.71 
 
 		 352 aa  80.5  0.00000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3146  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.54 
 
 		 351 aa  80.1  0.00000000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2250  putative transcriptional regulator protein  30.6 
 
 		 321 aa  77.8  0.0000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1808  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  27.73 
 
 		 327 aa  78.6  0.0000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.503322  normal  0.375271 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0944  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  24.77 
 
 		 330 aa  77  0.0000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.001663  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.88 
 
 		 336 aa  74.3  0.000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2609  hypothetical protein  32.61 
 
 		 325 aa  73.9  0.000000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000144716  normal  0.0873123 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0494  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  24.55 
 
 		 336 aa  73.6  0.000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1219  transcriptional regulator  26.57 
 
 		 336 aa  72.4  0.000000000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2168  hypothetical protein  29.38 
 
 		 324 aa  71.2  0.00000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0937011  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  24.04 
 
 		 316 aa  68.9  0.0000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2651  hypothetical protein  30.81 
 
 		 330 aa  68.6  0.0000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.514708  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2435  hypothetical protein  30.22 
 
 		 323 aa  68.6  0.0000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0473  transcriptional regulator, putative  24.13 
 
 		 334 aa  67.8  0.0000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1441  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.01 
 
 		 333 aa  68.2  0.0000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0382  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.85 
 
 		 333 aa  67.4  0.0000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.117118  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2780  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.01 
 
 		 333 aa  67.4  0.0000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00079876  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2958  hypothetical protein  26.89 
 
 		 326 aa  67.4  0.0000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000014666  hitchhiker  0.00431859 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2317  transcriptional regulator-like protein  28.33 
 
 		 327 aa  67  0.0000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000143606  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0680  DeoR family transcriptional regulator  22.49 
 
 		 231 aa  66.6  0.0000000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6052  transcriptional factor  25.77 
 
 		 338 aa  66.2  0.0000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1515  hypothetical protein  21.58 
 
 		 349 aa  65.9  0.0000000009  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.284607  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1201  hypothetical protein  32.77 
 
 		 329 aa  65.9  0.0000000009  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.334695  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2181  transcriptional regulator-like protein  24.7 
 
 		 663 aa  65.9  0.000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.117971  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3846  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.36 
 
 		 230 aa  65.5  0.000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.80209  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2473  transcriptional regulator-like protein  32.32 
 
 		 325 aa  65.1  0.000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2518  transcriptional regulator-like protein  32.32 
 
 		 325 aa  65.1  0.000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0172  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29.46 
 
 		 242 aa  65.1  0.000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.657073  normal  0.98017 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4566  transcriptional regulator protein-like protein  25.52 
 
 		 360 aa  64.3  0.000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.439608  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3092  transcriptional regulator-like protein  31.36 
 
 		 328 aa  63.5  0.000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.295578  normal  0.213314 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2821  hypothetical DNA-binding protein  21.39 
 
 		 314 aa  63.5  0.000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.184297  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1823  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.57 
 
 		 237 aa  63.2  0.000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.406304  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1647  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  24.46 
 
 		 299 aa  63.2  0.000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_14000  predicted transcriptional regulator  33.77 
 
 		 343 aa  62.8  0.000000007  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0168164  normal  0.101985 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5075  regulatory protein, DeoR  28.79 
 
 		 331 aa  62.8  0.000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1924  transcriptional regulator-like protein  26.91 
 
 		 663 aa  62  0.00000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000155311 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.56 
 
 		 318 aa  61.2  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2933  helix-turn-helix, type 11  26.47 
 
 		 230 aa  61.2  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.686891  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2510  transcriptional regulator-like protein  31.71 
 
 		 325 aa  61.6  0.00000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.440747  normal  0.721122 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35620  predicted transcriptional regulator  28.76 
 
 		 241 aa  61.6  0.00000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15260  Helix-turn-helix type 11 domain protein  21.26 
 
 		 327 aa  61.6  0.00000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000190404  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3428  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  22.73 
 
 		 303 aa  61.6  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2909  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.11 
 
 		 232 aa  60.8  0.00000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.33 
 
 		 232 aa  60.5  0.00000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.117205 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2673  putative repressor transcription regulator protein  25.53 
 
 		 232 aa  60.1  0.00000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.94129  normal  0.397505 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3046  transcriptional factor  25.36 
 
 		 349 aa  60.1  0.00000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1731  DeoR family transcriptional regulator  23.66 
 
 		 230 aa  60.1  0.00000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.590959  normal  0.873384 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2503  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.11 
 
 		 232 aa  60.1  0.00000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.751243 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0190  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.05 
 
 		 242 aa  60.1  0.00000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2058  hypothetical protein  29.65 
 
 		 336 aa  59.7  0.00000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.160915  normal  0.181699 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4846  transcriptional regulator protein-like protein  25.08 
 
 		 326 aa  59.3  0.00000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.715011 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0788  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  23.87 
 
 		 319 aa  59.3  0.00000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4455  hypothetical protein  25.14 
 
 		 317 aa  58.5  0.0000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.495976  normal  0.176655 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1092  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.35 
 
 		 315 aa  58.2  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.206539  normal  0.830453 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0679  helix-turn-helix, type 11  26.22 
 
 		 237 aa  58.2  0.0000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0815  Helix-turn-helix type 11 domain protein  20.31 
 
 		 312 aa  58.2  0.0000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.502142  hitchhiker  0.0000272273 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2368  hypothetical protein  29.76 
 
 		 340 aa  57.8  0.0000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0169669 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5785  transcriptional regulator protein-like protein  28.32 
 
 		 687 aa  58.2  0.0000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.611435 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3443  transcriptional regulator-like protein  31.18 
 
 		 331 aa  57.4  0.0000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12130  hypothetical protein  31.65 
 
 		 316 aa  57  0.0000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0209407  normal  0.896855 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1289  Helix-turn-helix type 11 domain protein  21.66 
 
 		 315 aa  57  0.0000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.447111 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2475  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.64 
 
 		 252 aa  57  0.0000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0100218  normal  0.326712 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0764  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.65 
 
 		 298 aa  56.6  0.0000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000424784  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0554  TonB-dependent receptor  26.01 
 
 		 234 aa  56.6  0.0000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.665291  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1199  putative transcriptional regulator protein  21.58 
 
 		 335 aa  56.6  0.0000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.069662 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2492  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.17 
 
 		 302 aa  55.8  0.0000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.156303  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2704  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  26.7 
 
 		 232 aa  55.5  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.981557  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0108  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25.2 
 
 		 240 aa  55.5  0.000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.403778 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>