121 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3046 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3046  transcriptional factor  100 
 
 		 349 aa  709    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3051  transcriptional factor  38.37 
 
 		 336 aa  224  2e-57  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.430784  normal  0.0169917 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1474  transcriptional regulator-like protein  40.3 
 
 		 331 aa  216  5.9999999999999996e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1283  transcriptional regulator-like protein  39.75 
 
 		 333 aa  209  8e-53  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.187972  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4575  hypothetical protein  38.76 
 
 		 326 aa  208  9e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2568  transcriptional regulator-like protein  37.65 
 
 		 352 aa  198  9e-50  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000241414  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0288  transcriptional factor MdcH  37.12 
 
 		 343 aa  193  4e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.727683 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1785  transcriptional regulator-like protein  34.23 
 
 		 332 aa  191  1e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.00220664  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1122  transcriptional regulator-like protein  37.01 
 
 		 343 aa  189  5.999999999999999e-47  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.970908  normal  0.295057 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0371  transcriptional regulator-like protein  35.37 
 
 		 334 aa  187  2e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0810  hypothetical protein  35.74 
 
 		 329 aa  185  9e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001847  hypothetical protein  35.97 
 
 		 328 aa  181  1e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1398  hypothetical protein  36.18 
 
 		 301 aa  180  2.9999999999999997e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.960622  normal  0.269111 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3115  transcriptional factor MdcH  35.35 
 
 		 343 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.020795  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1323  hypothetical protein  34.13 
 
 		 383 aa  177  2e-43  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1400  hypothetical protein  34.93 
 
 		 355 aa  174  9.999999999999999e-43  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000157515  hitchhiker  0.00264584 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1055  hypothetical protein  33.53 
 
 		 378 aa  171  1e-41  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6052  transcriptional factor  35.23 
 
 		 338 aa  169  5e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4097  transcriptional regulator-like protein  30.3 
 
 		 335 aa  154  2e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0024  transcriptional regulator-like protein  33.54 
 
 		 330 aa  154  2e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1304  transcriptional regulator-like protein  30 
 
 		 335 aa  149  5e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1779  transcriptional regulator-like protein  30.19 
 
 		 347 aa  142  9e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.374823  normal  0.268659 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02534  transcriptional factor  32.74 
 
 		 346 aa  133  5e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.19708  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2191  transcriptional factor MdcH  29.66 
 
 		 344 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.073233  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2035  transcriptional regulator-like protein  30.36 
 
 		 330 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.754557  normal  0.0891435 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2797  putative transcriptional regulator  30.15 
 
 		 339 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3744  hypothetical protein  29.41 
 
 		 331 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3817  hypothetical protein  29.41 
 
 		 331 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3942  hypothetical protein  29.41 
 
 		 331 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1766  transcriptional regulator-like protein  28.92 
 
 		 363 aa  108  1e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.863879  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1381  transcription factor  27.03 
 
 		 363 aa  82.4  0.00000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00306961  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0335  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.92 
 
 		 321 aa  74.7  0.000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.377994  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4546  DeoR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 314 aa  68.2  0.0000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.86893  normal  0.117628 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2444  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.44 
 
 		 319 aa  67.4  0.0000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3934  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.51 
 
 		 321 aa  66.6  0.0000000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0769202  hitchhiker  0.00173443 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1778  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.73 
 
 		 352 aa  66.6  0.0000000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0945  putative transcription factor  27.78 
 
 		 372 aa  65.9  0.000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000235014 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0913  hypothetical protein  23.38 
 
 		 317 aa  65.5  0.000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0351983  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3747  hypothetical protein  25 
 
 		 359 aa  64.7  0.000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2212  transcriptional factor-related protein  36.7 
 
 		 180 aa  63.2  0.000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.555677  normal  0.42409 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0063  hypothetical protein  20.54 
 
 		 339 aa  62  0.00000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000516278  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15260  Helix-turn-helix type 11 domain protein  20.92 
 
 		 327 aa  61.6  0.00000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000190404  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1775  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25.36 
 
 		 330 aa  60.1  0.00000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000116568 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2437  hypothetical protein  23.91 
 
 		 323 aa  60.1  0.00000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3403  transcriptional regulator-like protein  24.5 
 
 		 323 aa  59.3  0.0000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0101274  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5442  transcriptional regulator  28.97 
 
 		 326 aa  58.9  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.171727 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0437  hypothetical protein  19.21 
 
 		 326 aa  58.9  0.0000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3176  hypothetical protein  42.42 
 
 		 187 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.705206 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2683  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.53 
 
 		 324 aa  58.5  0.0000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.255194  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2541  transcriptional factor-related protein  42.42 
 
 		 184 aa  57.8  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.781298  normal  0.0721268 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2823  putative transcriptional regulator  25.28 
 
 		 334 aa  57.8  0.0000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2026  transcriptional factor-related protein  42.42 
 
 		 180 aa  57.8  0.0000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.636879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0955  transcriptional regulator  25.08 
 
 		 323 aa  56.2  0.0000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0131189  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.65 
 
 		 313 aa  56.2  0.0000008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.440872  normal  0.310405 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1300  transcriptional regulator  22.13 
 
 		 323 aa  55.8  0.000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.909513  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2250  putative transcriptional regulator protein  26.14 
 
 		 321 aa  53.9  0.000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4846  transcriptional regulator protein-like protein  26.18 
 
 		 326 aa  53.1  0.000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.715011 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0198  transcriptional factor-related protein  40.68 
 
 		 187 aa  52.8  0.000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.459127 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1233  transcriptional regulator-like  26.27 
 
 		 326 aa  52  0.00001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.349316 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3075  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.49 
 
 		 326 aa  52.4  0.00001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00643592  unclonable  0.0000000271212 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0552  Helix-turn-helix type 11 domain protein  22.54 
 
 		 347 aa  52.4  0.00001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0173  transcriptional factor-related protein  40.68 
 
 		 209 aa  52  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0194  hypothetical protein  40.68 
 
 		 201 aa  52  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.281039  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3644  hypothetical protein  26.02 
 
 		 326 aa  52  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.16096  normal  0.19013 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5054  transcriptional factor-related protein  40.68 
 
 		 185 aa  52  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2446  hypothetical protein  26.26 
 
 		 324 aa  51.6  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0239  transcriptional regulator-like protein  28.66 
 
 		 330 aa  51.2  0.00003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1421  hypothetical protein  21.47 
 
 		 324 aa  51.2  0.00003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.182129 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0652  regulatory protein, DeoR  24.35 
 
 		 332 aa  50.4  0.00004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.545144  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1294  regulatory protein, DeoR  21.05 
 
 		 336 aa  50.1  0.00005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3494  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.96 
 
 		 344 aa  50.1  0.00005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5398  helix-turn-helix type 11 domain protein  23.58 
 
 		 327 aa  50.4  0.00005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.229533  normal  0.331781 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0841  hypothetical protein  22.37 
 
 		 351 aa  50.1  0.00006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.189594 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2698  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  22.77 
 
 		 323 aa  50.1  0.00006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000125555  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0970  transcriptional regulator-like protein  23.2 
 
 		 330 aa  50.1  0.00006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0815  Helix-turn-helix type 11 domain protein  21.5 
 
 		 312 aa  49.7  0.00007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.502142  hitchhiker  0.0000272273 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0608  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25.67 
 
 		 322 aa  49.7  0.00008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1515  hypothetical protein  24.14 
 
 		 349 aa  49.3  0.0001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.284607  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5075  regulatory protein, DeoR  22.87 
 
 		 331 aa  48.9  0.0001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04135  transcriptional regulator  23.81 
 
 		 321 aa  48.9  0.0001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.292788  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3086  transcriptional regulator, putative  24.04 
 
 		 334 aa  48.5  0.0002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1644  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.46 
 
 		 347 aa  48.5  0.0002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0304784  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6686  hypothetical protein  25.63 
 
 		 327 aa  48.1  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0918823  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1009  regulatory protein, DeoR  19.82 
 
 		 351 aa  48.5  0.0002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.393522  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1289  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.53 
 
 		 315 aa  48.1  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.447111 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4054  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.52 
 
 		 324 aa  48.1  0.0002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.135242  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.57 
 
 		 336 aa  47.8  0.0003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1808  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  25.44 
 
 		 327 aa  47.8  0.0003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.503322  normal  0.375271 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3146  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.97 
 
 		 351 aa  47.8  0.0003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1438  hypothetical protein  17.55 
 
 		 337 aa  47.4  0.0004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0944  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  23.98 
 
 		 330 aa  47  0.0004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.001663  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2492  Helix-turn-helix type 11 domain protein  22.26 
 
 		 302 aa  47.4  0.0004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.156303  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0494  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  21.47 
 
 		 336 aa  47  0.0005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0875  Helix-turn-helix type 11 domain protein  22.39 
 
 		 328 aa  46.6  0.0006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0064  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.86 
 
 		 328 aa  46.6  0.0007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.188997  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3896  Helix-turn-helix type 11 domain protein  19.3 
 
 		 321 aa  46.2  0.0008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0382  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.32 
 
 		 333 aa  46.2  0.0008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.117118  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2155  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.62 
 
 		 324 aa  46.2  0.0009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.190178 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2515  helix-turn-helix, type 11  20.85 
 
 		 348 aa  45.8  0.001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1489  metal dependent phosphohydrolase  23.44 
 
 		 1078 aa  45.4  0.001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0565561 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>