49 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PsycPRwf_1400 on replicon NC_009524
Organism: Psychrobacter sp. PRwf-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009524  PsycPRwf_1400  hypothetical protein  100 
 
 		 355 aa  736    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000157515  hitchhiker  0.00264584 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1055  hypothetical protein  67.94 
 
 		 378 aa  480  1e-134  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1323  hypothetical protein  65.9 
 
 		 383 aa  476  1e-133  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1283  transcriptional regulator-like protein  37.69 
 
 		 333 aa  186  4e-46  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.187972  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3051  transcriptional factor  33.75 
 
 		 336 aa  178  1e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.430784  normal  0.0169917 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3046  transcriptional factor  34.93 
 
 		 349 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1785  transcriptional regulator-like protein  33.23 
 
 		 332 aa  167  2e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.00220664  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0371  transcriptional regulator-like protein  31.82 
 
 		 334 aa  160  2e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0288  transcriptional factor MdcH  32.73 
 
 		 343 aa  158  1e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.727683 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1474  transcriptional regulator-like protein  32.42 
 
 		 331 aa  157  2e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2191  transcriptional factor MdcH  33.13 
 
 		 344 aa  155  1e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.073233  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0810  hypothetical protein  31.55 
 
 		 329 aa  155  1e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3115  transcriptional factor MdcH  33.83 
 
 		 343 aa  150  4e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.020795  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4575  hypothetical protein  33.44 
 
 		 326 aa  150  4e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1122  transcriptional regulator-like protein  30.93 
 
 		 343 aa  142  9e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.970908  normal  0.295057 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0024  transcriptional regulator-like protein  28.66 
 
 		 330 aa  134  3e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1779  transcriptional regulator-like protein  29.82 
 
 		 347 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.374823  normal  0.268659 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2568  transcriptional regulator-like protein  30.93 
 
 		 352 aa  129  7.000000000000001e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000241414  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001847  hypothetical protein  27.45 
 
 		 328 aa  120  3e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1398  hypothetical protein  31.02 
 
 		 301 aa  119  7e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.960622  normal  0.269111 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1304  transcriptional regulator-like protein  28.76 
 
 		 335 aa  116  6e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6052  transcriptional factor  28.16 
 
 		 338 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4097  transcriptional regulator-like protein  29.35 
 
 		 335 aa  115  2.0000000000000002e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2035  transcriptional regulator-like protein  30.09 
 
 		 330 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.754557  normal  0.0891435 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02534  transcriptional factor  28.12 
 
 		 346 aa  84.7  0.000000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.19708  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1766  transcriptional regulator-like protein  25.66 
 
 		 363 aa  80.9  0.00000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.863879  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2797  putative transcriptional regulator  26.17 
 
 		 339 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3942  hypothetical protein  27.02 
 
 		 331 aa  69.3  0.0000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3817  hypothetical protein  27.02 
 
 		 331 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3744  hypothetical protein  27.02 
 
 		 331 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2212  transcriptional factor-related protein  35.46 
 
 		 180 aa  53.9  0.000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.555677  normal  0.42409 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0552  Helix-turn-helix type 11 domain protein  22.26 
 
 		 347 aa  52.8  0.000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0198  transcriptional factor-related protein  46.48 
 
 		 187 aa  52.4  0.00001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.459127 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0173  transcriptional factor-related protein  46.48 
 
 		 209 aa  51.6  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0194  hypothetical protein  46.48 
 
 		 201 aa  51.6  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.281039  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5054  transcriptional factor-related protein  46.48 
 
 		 185 aa  51.6  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2683  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.46 
 
 		 324 aa  49.7  0.00008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.255194  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2026  transcriptional factor-related protein  37.01 
 
 		 180 aa  49.3  0.0001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.636879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1381  transcription factor  26.18 
 
 		 363 aa  48.5  0.0002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00306961  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3176  hypothetical protein  33.62 
 
 		 187 aa  47.8  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.705206 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2541  transcriptional factor-related protein  33.62 
 
 		 184 aa  47.4  0.0004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.781298  normal  0.0721268 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3896  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25 
 
 		 321 aa  46.6  0.0006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0841  hypothetical protein  20.59 
 
 		 351 aa  45.4  0.002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.189594 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2780  Helix-turn-helix type 11 domain protein  21.43 
 
 		 333 aa  44.3  0.003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00079876  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0944  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  22.09 
 
 		 330 aa  44.3  0.003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.001663  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3747  hypothetical protein  21.71 
 
 		 359 aa  44.3  0.003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0945  putative transcription factor  27.64 
 
 		 372 aa  44.7  0.003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000235014 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1441  Helix-turn-helix type 11 domain protein  21.43 
 
 		 333 aa  44.3  0.004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2444  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.6 
 
 		 319 aa  42.7  0.009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>