80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_1779 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008322  Shewmr7_1779  transcriptional regulator-like protein  100 
 
 		 347 aa  717    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.374823  normal  0.268659 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2191  transcriptional factor MdcH  36.47 
 
 		 344 aa  211  2e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.073233  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0288  transcriptional factor MdcH  34.23 
 
 		 343 aa  196  6e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.727683 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3115  transcriptional factor MdcH  35.21 
 
 		 343 aa  182  7e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.020795  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1283  transcriptional regulator-like protein  31.01 
 
 		 333 aa  164  2.0000000000000002e-39  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.187972  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1304  transcriptional regulator-like protein  31.03 
 
 		 335 aa  161  1e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3051  transcriptional factor  31.29 
 
 		 336 aa  161  1e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.430784  normal  0.0169917 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1474  transcriptional regulator-like protein  31.33 
 
 		 331 aa  161  2e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4097  transcriptional regulator-like protein  30.5 
 
 		 335 aa  160  4e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1785  transcriptional regulator-like protein  32.02 
 
 		 332 aa  159  9e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.00220664  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2035  transcriptional regulator-like protein  33.44 
 
 		 330 aa  157  4e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.754557  normal  0.0891435 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1122  transcriptional regulator-like protein  29.55 
 
 		 343 aa  154  2e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.970908  normal  0.295057 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0371  transcriptional regulator-like protein  30.51 
 
 		 334 aa  144  3e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3046  transcriptional factor  30.19 
 
 		 349 aa  142  9e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2568  transcriptional regulator-like protein  31.47 
 
 		 352 aa  142  9.999999999999999e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000241414  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1400  hypothetical protein  29.82 
 
 		 355 aa  131  2.0000000000000002e-29  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000157515  hitchhiker  0.00264584 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1055  hypothetical protein  29.31 
 
 		 378 aa  129  5.0000000000000004e-29  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0024  transcriptional regulator-like protein  28.44 
 
 		 330 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1323  hypothetical protein  29.39 
 
 		 383 aa  127  3e-28  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1398  hypothetical protein  31.37 
 
 		 301 aa  127  3e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.960622  normal  0.269111 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6052  transcriptional factor  29.47 
 
 		 338 aa  123  5e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4575  hypothetical protein  28.04 
 
 		 326 aa  112  8.000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0810  hypothetical protein  29.71 
 
 		 329 aa  111  2.0000000000000002e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001847  hypothetical protein  28.95 
 
 		 328 aa  108  1e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1766  transcriptional regulator-like protein  28.23 
 
 		 363 aa  101  2e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.863879  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2797  putative transcriptional regulator  26.32 
 
 		 339 aa  92.8  7e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1381  transcription factor  30 
 
 		 363 aa  83.2  0.000000000000006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00306961  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3747  hypothetical protein  26.64 
 
 		 359 aa  81.6  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3146  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.15 
 
 		 351 aa  73.6  0.000000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02534  transcriptional factor  23.87 
 
 		 346 aa  71.6  0.00000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.19708  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0335  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.97 
 
 		 321 aa  69.7  0.00000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.377994  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0945  putative transcription factor  27.5 
 
 		 372 aa  68.2  0.0000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000235014 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5054  transcriptional factor-related protein  36.89 
 
 		 185 aa  67.8  0.0000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0173  transcriptional factor-related protein  36.19 
 
 		 209 aa  62.4  0.00000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2212  transcriptional factor-related protein  43.75 
 
 		 180 aa  62.4  0.00000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.555677  normal  0.42409 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0194  hypothetical protein  36.19 
 
 		 201 aa  62.4  0.00000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.281039  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0382  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.7 
 
 		 333 aa  61.6  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.117118  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2026  transcriptional factor-related protein  40 
 
 		 180 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.636879  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0198  transcriptional factor-related protein  38.1 
 
 		 187 aa  62  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.459127 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3176  hypothetical protein  40 
 
 		 187 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.705206 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2541  transcriptional factor-related protein  40 
 
 		 184 aa  60.8  0.00000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.781298  normal  0.0721268 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1441  Helix-turn-helix type 11 domain protein  22.44 
 
 		 333 aa  58.9  0.0000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2780  Helix-turn-helix type 11 domain protein  22.44 
 
 		 333 aa  58.5  0.0000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00079876  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3896  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.75 
 
 		 321 aa  57  0.0000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0970  transcriptional regulator-like protein  24.12 
 
 		 330 aa  55.5  0.000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1294  regulatory protein, DeoR  23.13 
 
 		 336 aa  55.8  0.000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2296  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.11 
 
 		 322 aa  55.5  0.000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000342768  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0683  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.33 
 
 		 321 aa  53.9  0.000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3644  hypothetical protein  25.68 
 
 		 326 aa  53.1  0.000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.16096  normal  0.19013 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0063  hypothetical protein  23.08 
 
 		 339 aa  52.8  0.000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000516278  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2683  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.6 
 
 		 324 aa  52.8  0.000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.255194  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2507  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.47 
 
 		 321 aa  52  0.00001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1296  transcriptional regulator-like protein  24.11 
 
 		 340 aa  52.4  0.00001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2599  transcriptional regulator-like protein  25.56 
 
 		 340 aa  51.6  0.00002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.781453  normal  0.328063 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0239  transcriptional regulator-like protein  23.26 
 
 		 330 aa  51.2  0.00002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5398  helix-turn-helix type 11 domain protein  23.31 
 
 		 327 aa  51.2  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.229533  normal  0.331781 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0473  transcriptional regulator, putative  22.18 
 
 		 334 aa  51.2  0.00003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2885  transcriptional regulator protein-like protein  25.13 
 
 		 329 aa  51.2  0.00003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.379735  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0494  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  23.08 
 
 		 336 aa  50.8  0.00003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0552  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.39 
 
 		 347 aa  50.4  0.00005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0573  Helix-turn-helix type 11 domain protein  22.26 
 
 		 317 aa  49.3  0.00009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.0000975752  normal  0.773563 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2446  hypothetical protein  24 
 
 		 324 aa  48.9  0.0001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0944  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  22.67 
 
 		 330 aa  48.1  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.001663  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1647  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.76 
 
 		 299 aa  48.1  0.0002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1219  transcriptional regulator  22.62 
 
 		 336 aa  48.5  0.0002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0815  Helix-turn-helix type 11 domain protein  20.86 
 
 		 312 aa  48.1  0.0002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.502142  hitchhiker  0.0000272273 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15260  Helix-turn-helix type 11 domain protein  19.34 
 
 		 327 aa  47.8  0.0003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000190404  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0064  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25.67 
 
 		 328 aa  47.8  0.0003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.188997  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1199  putative transcriptional regulator protein  21.21 
 
 		 335 aa  47.4  0.0004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.069662 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2444  Helix-turn-helix type 11 domain protein  22.08 
 
 		 319 aa  47.4  0.0004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1438  hypothetical protein  18.58 
 
 		 337 aa  45.4  0.001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3403  transcriptional regulator-like protein  21.74 
 
 		 323 aa  45.4  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0101274  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4546  DeoR family transcriptional regulator  23.65 
 
 		 314 aa  45.4  0.002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.86893  normal  0.117628 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7481  transcriptional regulator-like  23.69 
 
 		 326 aa  45.4  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3942  hypothetical protein  21.99 
 
 		 331 aa  44.3  0.003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3744  hypothetical protein  21.99 
 
 		 331 aa  44.7  0.003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3817  hypothetical protein  21.99 
 
 		 331 aa  44.3  0.003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  22.83 
 
 		 336 aa  43.5  0.005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  23.76 
 
 		 316 aa  43.1  0.007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2155  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.43 
 
 		 324 aa  42.7  0.01  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.190178 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>