72 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew185_2191 on replicon NC_009665
Organism: Shewanella baltica OS185



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009665  Shew185_2191  transcriptional factor MdcH  100 
 
 		 344 aa  712    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.073233  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1779  transcriptional regulator-like protein  36.47 
 
 		 347 aa  211  2e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.374823  normal  0.268659 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3115  transcriptional factor MdcH  37.46 
 
 		 343 aa  204  1e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.020795  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0288  transcriptional factor MdcH  35.58 
 
 		 343 aa  199  5e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.727683 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1304  transcriptional regulator-like protein  31.63 
 
 		 335 aa  167  2e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3051  transcriptional factor  32.65 
 
 		 336 aa  167  2.9999999999999998e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.430784  normal  0.0169917 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2568  transcriptional regulator-like protein  30.88 
 
 		 352 aa  164  2.0000000000000002e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000241414  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1785  transcriptional regulator-like protein  31.47 
 
 		 332 aa  162  1e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.00220664  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4097  transcriptional regulator-like protein  30.82 
 
 		 335 aa  158  1e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1400  hypothetical protein  33.13 
 
 		 355 aa  155  1e-36  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000157515  hitchhiker  0.00264584 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4575  hypothetical protein  32.4 
 
 		 326 aa  152  8.999999999999999e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2035  transcriptional regulator-like protein  32.24 
 
 		 330 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.754557  normal  0.0891435 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1122  transcriptional regulator-like protein  27.49 
 
 		 343 aa  145  1e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.970908  normal  0.295057 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1474  transcriptional regulator-like protein  28.57 
 
 		 331 aa  145  1e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1283  transcriptional regulator-like protein  31.58 
 
 		 333 aa  144  2e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.187972  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0810  hypothetical protein  30.03 
 
 		 329 aa  141  1.9999999999999998e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1323  hypothetical protein  29.88 
 
 		 383 aa  135  9.999999999999999e-31  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1055  hypothetical protein  29.94 
 
 		 378 aa  133  3.9999999999999996e-30  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001847  hypothetical protein  30.69 
 
 		 328 aa  133  6e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3046  transcriptional factor  29.66 
 
 		 349 aa  132  7.999999999999999e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1398  hypothetical protein  31.4 
 
 		 301 aa  132  9e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.960622  normal  0.269111 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0371  transcriptional regulator-like protein  29.46 
 
 		 334 aa  128  2.0000000000000002e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6052  transcriptional factor  28.86 
 
 		 338 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0024  transcriptional regulator-like protein  30.15 
 
 		 330 aa  120  3e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1766  transcriptional regulator-like protein  26.45 
 
 		 363 aa  88.6  1e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.863879  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0063  hypothetical protein  25.45 
 
 		 339 aa  80.5  0.00000000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000516278  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3744  hypothetical protein  24.62 
 
 		 331 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3817  hypothetical protein  24.77 
 
 		 331 aa  77.4  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3942  hypothetical protein  24.32 
 
 		 331 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2797  putative transcriptional regulator  25 
 
 		 339 aa  73.2  0.000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02534  transcriptional factor  25.92 
 
 		 346 aa  72.8  0.000000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.19708  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3747  hypothetical protein  24.18 
 
 		 359 aa  71.2  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5054  transcriptional factor-related protein  35.64 
 
 		 185 aa  70.5  0.00000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0945  putative transcription factor  23.22 
 
 		 372 aa  68.9  0.0000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000235014 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0194  hypothetical protein  34.65 
 
 		 201 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.281039  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0198  transcriptional factor-related protein  34.95 
 
 		 187 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.459127 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0173  transcriptional factor-related protein  34.65 
 
 		 209 aa  67.8  0.0000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1808  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  22.37 
 
 		 327 aa  65.9  0.000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.503322  normal  0.375271 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0382  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.18 
 
 		 333 aa  65.5  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.117118  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3146  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.36 
 
 		 351 aa  60.8  0.00000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1381  transcription factor  22.87 
 
 		 363 aa  60.1  0.00000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00306961  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1009  regulatory protein, DeoR  23.01 
 
 		 351 aa  58.2  0.0000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.393522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4546  DeoR family transcriptional regulator  26.03 
 
 		 314 aa  58.5  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.86893  normal  0.117628 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0335  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  24.77 
 
 		 321 aa  55.5  0.000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.377994  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2683  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.81 
 
 		 324 aa  55.5  0.000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.255194  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0552  Helix-turn-helix type 11 domain protein  21.45 
 
 		 347 aa  54.7  0.000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7481  transcriptional regulator-like  25.53 
 
 		 326 aa  54.3  0.000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3086  transcriptional regulator, putative  23.14 
 
 		 334 aa  54.3  0.000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36430  predicted transcriptional regulator  22.6 
 
 		 323 aa  52  0.00001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.649805 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2026  transcriptional factor-related protein  36.11 
 
 		 180 aa  51.6  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.636879  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2541  transcriptional factor-related protein  36.11 
 
 		 184 aa  51.6  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.781298  normal  0.0721268 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1441  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.53 
 
 		 333 aa  51.2  0.00003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2212  transcriptional factor-related protein  40.26 
 
 		 180 aa  51.2  0.00003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.555677  normal  0.42409 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3176  hypothetical protein  34.72 
 
 		 187 aa  50.4  0.00004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.705206 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  22.34 
 
 		 336 aa  50.4  0.00005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2780  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.36 
 
 		 333 aa  49.7  0.00008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00079876  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1751  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  23.29 
 
 		 325 aa  49.3  0.00009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.33135  normal  0.990555 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0608  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  22.46 
 
 		 322 aa  48.1  0.0002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3021  transcriptional regulator protein  22.8 
 
 		 343 aa  47.4  0.0003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.140247  normal  0.168441 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0473  transcriptional regulator, putative  21.8 
 
 		 334 aa  46.6  0.0006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2496  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.45 
 
 		 322 aa  46.2  0.0007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.496312  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1185  hypothetical protein  20.67 
 
 		 313 aa  45.8  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15260  Helix-turn-helix type 11 domain protein  20.38 
 
 		 327 aa  45.1  0.002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000190404  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2610  transcriptional regulator-like  23.27 
 
 		 361 aa  44.7  0.002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.0000080301  normal  0.16283 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4846  transcriptional regulator protein-like protein  21.7 
 
 		 326 aa  45.4  0.002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.715011 
 
 
-
 
NC_002936  DET1515  hypothetical protein  24.36 
 
 		 349 aa  43.9  0.004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.284607  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2515  helix-turn-helix, type 11  24.62 
 
 		 348 aa  43.9  0.004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1644  Helix-turn-helix type 11 domain protein  22.45 
 
 		 347 aa  43.1  0.006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0304784  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2599  transcriptional regulator-like protein  21.97 
 
 		 340 aa  43.1  0.007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.781453  normal  0.328063 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0841  hypothetical protein  22.59 
 
 		 351 aa  43.1  0.008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.189594 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0970  transcriptional regulator-like protein  21.24 
 
 		 330 aa  42.7  0.009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0875  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.42 
 
 		 328 aa  42.7  0.01  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>