27 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2541 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2541  transcriptional factor-related protein  100 
 
 		 184 aa  371  1e-102  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.781298  normal  0.0721268 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3176  hypothetical protein  97.83 
 
 		 187 aa  364  1e-100  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.705206 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2026  transcriptional factor-related protein  88.2 
 
 		 180 aa  319  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.636879  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2212  transcriptional factor-related protein  79.78 
 
 		 180 aa  288  4e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.555677  normal  0.42409 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5054  transcriptional factor-related protein  42.78 
 
 		 185 aa  137  6e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0198  transcriptional factor-related protein  45.61 
 
 		 187 aa  125  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.459127 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0194  hypothetical protein  42.25 
 
 		 201 aa  125  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.281039  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0173  transcriptional factor-related protein  42.25 
 
 		 209 aa  125  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3115  transcriptional factor MdcH  37.1 
 
 		 343 aa  95.9  3e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.020795  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0288  transcriptional factor MdcH  46.24 
 
 		 343 aa  80.5  0.00000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.727683 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1474  transcriptional regulator-like protein  38.75 
 
 		 331 aa  64.7  0.0000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1779  transcriptional regulator-like protein  40 
 
 		 347 aa  60.8  0.000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.374823  normal  0.268659 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3046  transcriptional factor  42.42 
 
 		 349 aa  57.8  0.00000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1122  transcriptional regulator-like protein  32.37 
 
 		 343 aa  57.8  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.970908  normal  0.295057 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1785  transcriptional regulator-like protein  36.59 
 
 		 332 aa  57.4  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.00220664  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3051  transcriptional factor  39.71 
 
 		 336 aa  57  0.0000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.430784  normal  0.0169917 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0371  transcriptional regulator-like protein  36.78 
 
 		 334 aa  54.7  0.0000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0024  transcriptional regulator-like protein  38.81 
 
 		 330 aa  54.7  0.0000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2191  transcriptional factor MdcH  36.11 
 
 		 344 aa  51.6  0.000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.073233  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1283  transcriptional regulator-like protein  36.47 
 
 		 333 aa  51.6  0.000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.187972  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1055  hypothetical protein  35.25 
 
 		 378 aa  51.6  0.000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1323  hypothetical protein  35.25 
 
 		 383 aa  51.6  0.000006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1400  hypothetical protein  33.62 
 
 		 355 aa  47.4  0.0001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000157515  hitchhiker  0.00264584 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1304  transcriptional regulator-like protein  33.33 
 
 		 335 aa  47.4  0.0001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02534  transcriptional factor  28.98 
 
 		 346 aa  47  0.0001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.19708  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4097  transcriptional regulator-like protein  29.07 
 
 		 335 aa  45.8  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2568  transcriptional regulator-like protein  37.5 
 
 		 352 aa  43.1  0.002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000241414  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>