104 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bxe_B2797 on replicon NC_007952
Organism: Burkholderia xenovorans LB400



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007952  Bxe_B2797  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 339 aa  694    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3051  transcriptional factor  30.36 
 
 		 336 aa  129  7.000000000000001e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.430784  normal  0.0169917 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0024  transcriptional regulator-like protein  29.25 
 
 		 330 aa  122  9e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3046  transcriptional factor  30.15 
 
 		 349 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2035  transcriptional regulator-like protein  30.96 
 
 		 330 aa  120  3e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.754557  normal  0.0891435 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1283  transcriptional regulator-like protein  29.97 
 
 		 333 aa  118  9.999999999999999e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.187972  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1304  transcriptional regulator-like protein  28.97 
 
 		 335 aa  112  1.0000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0371  transcriptional regulator-like protein  29.8 
 
 		 334 aa  109  8.000000000000001e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4575  hypothetical protein  28.97 
 
 		 326 aa  105  1e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0288  transcriptional factor MdcH  27.76 
 
 		 343 aa  105  2e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.727683 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0810  hypothetical protein  28.79 
 
 		 329 aa  103  3e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1474  transcriptional regulator-like protein  29.04 
 
 		 331 aa  102  7e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1398  hypothetical protein  27.44 
 
 		 301 aa  102  7e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.960622  normal  0.269111 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1785  transcriptional regulator-like protein  27.57 
 
 		 332 aa  101  2e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.00220664  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1779  transcriptional regulator-like protein  26.32 
 
 		 347 aa  99  9e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.374823  normal  0.268659 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4097  transcriptional regulator-like protein  26.21 
 
 		 335 aa  97.4  3e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1323  hypothetical protein  25.7 
 
 		 383 aa  93.6  4e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001847  hypothetical protein  28.01 
 
 		 328 aa  93.2  5e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3747  hypothetical protein  28.52 
 
 		 359 aa  91.3  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6052  transcriptional factor  26.76 
 
 		 338 aa  89.4  9e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1055  hypothetical protein  25.73 
 
 		 378 aa  88.6  2e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1122  transcriptional regulator-like protein  27.21 
 
 		 343 aa  85.1  0.000000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.970908  normal  0.295057 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3115  transcriptional factor MdcH  24.33 
 
 		 343 aa  84  0.000000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.020795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1400  hypothetical protein  25.86 
 
 		 355 aa  82.4  0.000000000000009  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000157515  hitchhiker  0.00264584 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2191  transcriptional factor MdcH  25 
 
 		 344 aa  77  0.0000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.073233  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0844  hypothetical protein  45.68 
 
 		 102 aa  73.2  0.000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0530212  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2568  transcriptional regulator-like protein  25.64 
 
 		 352 aa  71.2  0.00000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000241414  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2004  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.26 
 
 		 321 aa  65.1  0.000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.532666  normal  0.656208 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2698  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  28.88 
 
 		 323 aa  63.9  0.000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000125555  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.8 
 
 		 316 aa  63.9  0.000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2823  putative transcriptional regulator  28.04 
 
 		 334 aa  63.5  0.000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0841  hypothetical protein  26.91 
 
 		 351 aa  62.8  0.000000009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.189594 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1381  transcription factor  22.88 
 
 		 363 aa  62  0.00000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00306961  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0944  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  27.96 
 
 		 330 aa  62.4  0.00000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.001663  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0437  hypothetical protein  22.92 
 
 		 326 aa  62  0.00000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.21 
 
 		 336 aa  61.6  0.00000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1187  regulatory protein, DeoR  28.57 
 
 		 342 aa  60.8  0.00000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00660104 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2155  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.52 
 
 		 324 aa  59.7  0.00000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.190178 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1438  hypothetical protein  23.1 
 
 		 337 aa  58.2  0.0000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1766  transcriptional regulator-like protein  26 
 
 		 363 aa  58.2  0.0000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.863879  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0956  Helix-turn-helix type 11 domain protein  22.15 
 
 		 327 aa  57.4  0.0000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3934  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.7 
 
 		 321 aa  57  0.0000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0769202  hitchhiker  0.00173443 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3075  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.89 
 
 		 326 aa  57.4  0.0000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00643592  unclonable  0.0000000271212 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3402  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.13 
 
 		 323 aa  56.6  0.0000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0120343  normal  0.0687104 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0063  hypothetical protein  23.71 
 
 		 339 aa  56.6  0.0000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000516278  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1778  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.99 
 
 		 352 aa  56.6  0.0000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1001  hypothetical protein  23.95 
 
 		 313 aa  55.5  0.000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0945  putative transcription factor  21.11 
 
 		 372 aa  55.5  0.000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000235014 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1244  HTH domain family  23.95 
 
 		 313 aa  55.5  0.000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2985  transcriptional regulator protein-like protein  28.07 
 
 		 342 aa  55.5  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.256195 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2496  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.67 
 
 		 322 aa  54.7  0.000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.496312  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0494  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  20.59 
 
 		 336 aa  54.3  0.000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5398  helix-turn-helix type 11 domain protein  25.95 
 
 		 327 aa  54.7  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.229533  normal  0.331781 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0998  transcriptional regulator  24.85 
 
 		 313 aa  53.9  0.000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3647  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.96 
 
 		 320 aa  53.5  0.000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.306366  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0652  regulatory protein, DeoR  26.9 
 
 		 332 aa  53.1  0.000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.545144  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1515  hypothetical protein  30.82 
 
 		 349 aa  52  0.00001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.284607  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1219  transcriptional regulator  24.32 
 
 		 336 aa  52.4  0.00001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1009  regulatory protein, DeoR  25.18 
 
 		 351 aa  52.4  0.00001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.393522  normal  1 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5075  regulatory protein, DeoR  26.98 
 
 		 331 aa  52  0.00001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1441  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.06 
 
 		 333 aa  52  0.00001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1376  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.89 
 
 		 328 aa  52.4  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3146  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.37 
 
 		 351 aa  52  0.00002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6686  hypothetical protein  29.17 
 
 		 327 aa  51.2  0.00003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0918823  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2683  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.34 
 
 		 324 aa  50.8  0.00003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.255194  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0827  hypothetical protein  23.73 
 
 		 327 aa  50.4  0.00004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.236202  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0312  putative transcriptional regulator  24.14 
 
 		 388 aa  50.4  0.00004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3644  hypothetical protein  29.8 
 
 		 326 aa  50.8  0.00004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.16096  normal  0.19013 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3694  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.79 
 
 		 321 aa  50.4  0.00004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0509362  hitchhiker  0.00000175857 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1479  transcriptional regulator  27.23 
 
 		 330 aa  50.1  0.00006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.124132  normal  0.257249 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5442  transcriptional regulator  27.68 
 
 		 326 aa  50.1  0.00006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.171727 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2166  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.6 
 
 		 320 aa  49.7  0.00007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.304825  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2944  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.42 
 
 		 324 aa  49.7  0.00008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1185  hypothetical protein  23.3 
 
 		 313 aa  49.3  0.00009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2241  transcriptional regulator-like protein  24.74 
 
 		 350 aa  49.3  0.0001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.295044  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3817  hypothetical protein  22.95 
 
 		 331 aa  48.1  0.0002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3942  hypothetical protein  23.53 
 
 		 331 aa  48.1  0.0002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0608  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.74 
 
 		 322 aa  48.5  0.0002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2780  Helix-turn-helix type 11 domain protein  22.99 
 
 		 333 aa  48.1  0.0002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00079876  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4054  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.35 
 
 		 324 aa  48.1  0.0002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.135242  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0683  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26 
 
 		 321 aa  48.5  0.0002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3744  hypothetical protein  22.95 
 
 		 331 aa  47.8  0.0003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1028  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.52 
 
 		 323 aa  47.8  0.0003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1421  hypothetical protein  23.2 
 
 		 324 aa  47.8  0.0003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.182129 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0382  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.28 
 
 		 333 aa  47  0.0004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.117118  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36430  predicted transcriptional regulator  27.51 
 
 		 323 aa  47.4  0.0004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.649805 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0044  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.71 
 
 		 318 aa  47.4  0.0004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.164988  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1489  metal dependent phosphohydrolase  25.6 
 
 		 1078 aa  47  0.0005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0565561 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0812  hypothetical protein  22.88 
 
 		 327 aa  46.6  0.0006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2986  hypothetical protein  25.25 
 
 		 433 aa  46.2  0.0007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.178567 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2885  transcriptional regulator protein-like protein  27.78 
 
 		 329 aa  46.2  0.0007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.379735  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0335  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  24.69 
 
 		 321 aa  46.6  0.0007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.377994  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1946  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25.24 
 
 		 321 aa  45.8  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1294  regulatory protein, DeoR  24.36 
 
 		 336 aa  45.4  0.001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0815  Helix-turn-helix type 11 domain protein  17.47 
 
 		 312 aa  45.4  0.001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.502142  hitchhiker  0.0000272273 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.94 
 
 		 313 aa  45.8  0.001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.440872  normal  0.310405 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0552  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.37 
 
 		 347 aa  45.8  0.001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1808  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  22.7 
 
 		 327 aa  44.7  0.002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.503322  normal  0.375271 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2154  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.76 
 
 		 324 aa  45.1  0.002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1751  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25.45 
 
 		 325 aa  45.1  0.002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.33135  normal  0.990555 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>