More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphamn1_2154 on replicon NC_010831
Organism: Chlorobium phaeobacteroides BS1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010831  Cphamn1_2154  Helix-turn-helix type 11 domain protein  100 
 
 		 324 aa  676    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1421  hypothetical protein  75.93 
 
 		 324 aa  527  1e-149  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.182129 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0437  hypothetical protein  59.63 
 
 		 326 aa  424  1e-118  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1438  hypothetical protein  57.14 
 
 		 337 aa  408  1e-113  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0956  Helix-turn-helix type 11 domain protein  56.79 
 
 		 327 aa  388  1e-107  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0841  hypothetical protein  54.55 
 
 		 351 aa  360  2e-98  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.189594 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1233  transcriptional regulator-like  48.92 
 
 		 326 aa  321  9.999999999999999e-87  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.349316 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1294  regulatory protein, DeoR  36.04 
 
 		 336 aa  219  7e-56  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0970  transcriptional regulator-like protein  36.73 
 
 		 330 aa  195  9e-49  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1808  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  32.09 
 
 		 327 aa  184  2.0000000000000003e-45  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.503322  normal  0.375271 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0063  hypothetical protein  37.29 
 
 		 339 aa  178  9e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000516278  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2437  hypothetical protein  34.27 
 
 		 323 aa  175  9.999999999999999e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1644  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.44 
 
 		 347 aa  172  6.999999999999999e-42  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0304784  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3403  transcriptional regulator-like protein  31.87 
 
 		 323 aa  167  2e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0101274  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0955  transcriptional regulator  31.76 
 
 		 323 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0131189  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0573  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.85 
 
 		 317 aa  163  4.0000000000000004e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.0000975752  normal  0.773563 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4096  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.7 
 
 		 334 aa  159  4e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.353495  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0049  hypothetical protein  30.97 
 
 		 320 aa  150  4e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.607165  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3896  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.92 
 
 		 321 aa  129  8.000000000000001e-29  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2004  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.77 
 
 		 321 aa  122  7e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.532666  normal  0.656208 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2698  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  28.81 
 
 		 323 aa  122  9.999999999999999e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000125555  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2444  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.73 
 
 		 319 aa  120  3.9999999999999996e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15260  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.91 
 
 		 327 aa  120  3.9999999999999996e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000190404  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0494  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  26.51 
 
 		 336 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0944  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  28.38 
 
 		 330 aa  118  9.999999999999999e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.001663  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3075  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.7 
 
 		 326 aa  117  3e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00643592  unclonable  0.0000000271212 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0499  hypothetical protein  32.71 
 
 		 229 aa  117  3.9999999999999997e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.477682  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3086  transcriptional regulator, putative  28.43 
 
 		 334 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1441  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.63 
 
 		 333 aa  114  3e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3900  hypothetical protein  27.52 
 
 		 326 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.9 
 
 		 336 aa  112  7.000000000000001e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0552  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.62 
 
 		 347 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0815  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.4 
 
 		 312 aa  111  2.0000000000000002e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.502142  hitchhiker  0.0000272273 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2780  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.97 
 
 		 333 aa  110  3e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00079876  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3527  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.17 
 
 		 323 aa  109  7.000000000000001e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.315913  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1219  transcriptional regulator  27.5 
 
 		 336 aa  107  2e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2823  putative transcriptional regulator  25.68 
 
 		 334 aa  107  3e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1778  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.18 
 
 		 352 aa  105  7e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2446  hypothetical protein  27.13 
 
 		 324 aa  105  1e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04135  transcriptional regulator  26.84 
 
 		 321 aa  101  1e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.292788  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0608  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.71 
 
 		 322 aa  102  1e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1515  hypothetical protein  24.48 
 
 		 349 aa  100  4e-20  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.284607  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1185  hypothetical protein  26.35 
 
 		 313 aa  100  4e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2241  transcriptional regulator-like protein  30.79 
 
 		 350 aa  99.8  6e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.295044  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0473  transcriptional regulator, putative  25.87 
 
 		 334 aa  99.4  7e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1244  HTH domain family  27.42 
 
 		 313 aa  97.1  4e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4846  transcriptional regulator protein-like protein  34.29 
 
 		 326 aa  96.7  4e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.715011 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3146  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.37 
 
 		 351 aa  96.7  5e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1001  hypothetical protein  26.37 
 
 		 313 aa  95.5  1e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0998  transcriptional regulator  26.69 
 
 		 313 aa  92  1e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1775  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  23.53 
 
 		 330 aa  92.4  1e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000116568 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0652  regulatory protein, DeoR  25.66 
 
 		 332 aa  91.3  2e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.545144  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.37 
 
 		 316 aa  88.6  1e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0382  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.56 
 
 		 333 aa  86.7  5e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.117118  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1289  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.72 
 
 		 315 aa  84.7  0.000000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.447111 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1009  regulatory protein, DeoR  24.18 
 
 		 351 aa  84.3  0.000000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.393522  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1223  hypothetical protein  25.95 
 
 		 322 aa  83.6  0.000000000000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1647  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.02 
 
 		 299 aa  83.2  0.000000000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4566  transcriptional regulator protein-like protein  23.71 
 
 		 360 aa  83.2  0.000000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.439608  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1255  transcriptional regulator  25.26 
 
 		 322 aa  82  0.00000000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5075  regulatory protein, DeoR  26.65 
 
 		 331 aa  82  0.00000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0122  hypothetical protein  26.75 
 
 		 326 aa  80.5  0.00000000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0941  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.78 
 
 		 230 aa  79.3  0.00000000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.958625  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5754  hypothetical protein  27.35 
 
 		 351 aa  78.6  0.0000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.08 
 
 		 318 aa  78.2  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6729  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.67 
 
 		 324 aa  78.2  0.0000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.41486 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1187  regulatory protein, DeoR  27.35 
 
 		 342 aa  78.2  0.0000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00660104 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1199  putative transcriptional regulator protein  24.04 
 
 		 335 aa  77  0.0000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.069662 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3428  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  24.31 
 
 		 303 aa  76.6  0.0000000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0679  helix-turn-helix, type 11  29.13 
 
 		 237 aa  75.9  0.000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4546  DeoR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 314 aa  75.5  0.000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.86893  normal  0.117628 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4015  transcriptional regulator protein-like protein  28.02 
 
 		 512 aa  75.1  0.000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4751  transcriptional regulator-like protein  22.51 
 
 		 345 aa  74.3  0.000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0885788  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2944  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.24 
 
 		 324 aa  72.8  0.000000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2098  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.46 
 
 		 318 aa  72.8  0.000000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2910  transcriptional regulator  24.83 
 
 		 359 aa  72.4  0.000000000009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.246584 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1201  hypothetical protein  30.23 
 
 		 329 aa  71.6  0.00000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.334695  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2010  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  24.75 
 
 		 320 aa  71.2  0.00000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3846  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.12 
 
 		 230 aa  70.9  0.00000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.80209  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0788  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  23.61 
 
 		 319 aa  70.9  0.00000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4041  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.34 
 
 		 316 aa  70.5  0.00000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.96 
 
 		 232 aa  68.9  0.0000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.117205 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1731  DeoR family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 230 aa  68.6  0.0000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.590959  normal  0.873384 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2435  hypothetical protein  27.22 
 
 		 323 aa  68.2  0.0000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2909  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.87 
 
 		 232 aa  67.8  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0239  transcriptional regulator-like protein  22.3 
 
 		 330 aa  67.8  0.0000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000786  predicted transcriptional regulator  26.79 
 
 		 228 aa  67.4  0.0000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0574064  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1789  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.38 
 
 		 333 aa  67.8  0.0000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0003326  normal  0.195591 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5442  transcriptional regulator  31.98 
 
 		 326 aa  67.8  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.171727 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  28.7 
 
 		 227 aa  66.2  0.0000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0713  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  23.02 
 
 		 319 aa  66.2  0.0000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.677583  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3412  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.33 
 
 		 324 aa  65.9  0.0000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.380317  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1823  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.24 
 
 		 237 aa  66.2  0.0000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.406304  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1092  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.47 
 
 		 315 aa  65.1  0.000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.206539  normal  0.830453 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1300  transcriptional regulator  27.07 
 
 		 323 aa  64.7  0.000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.909513  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0878  helix-turn-helix, type 11  25.96 
 
 		 233 aa  64.7  0.000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0490604 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2515  helix-turn-helix, type 11  25.39 
 
 		 348 aa  65.1  0.000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5753  putative DeoR-family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 369 aa  64.7  0.000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2296  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.32 
 
 		 322 aa  64.7  0.000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000342768  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5106  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  24.74 
 
 		 319 aa  64.7  0.000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.505458  normal  0.201643 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>