More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_2098 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014210  Ndas_2098  Helix-turn-helix type 11 domain protein  100 
 
 
318 aa  626  1e-178  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4133  DeoR family transcriptional regulator  59.68 
 
 
317 aa  344  1e-93  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113991  normal  0.040793 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6203  DeoR family transcriptional regulator  57.1 
 
 
318 aa  328  9e-89  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4095  DeoR family transcriptional regulator  58.99 
 
 
333 aa  318  1e-85  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1047  DeoR family transcriptional regulator  59.47 
 
 
322 aa  317  2e-85  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0554838 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5463  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  53.75 
 
 
313 aa  306  4.0000000000000004e-82  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.364956  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8630  DeoR family transcriptional regulator  56.65 
 
 
322 aa  304  1.0000000000000001e-81  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2974  DeoR family transcriptional regulator  58.64 
 
 
319 aa  303  2.0000000000000002e-81  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.779274  normal  0.781562 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0284  Helix-turn-helix type 11 domain protein  55.36 
 
 
332 aa  301  1e-80  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.527195 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5326  DeoR family transcriptional regulator  53.29 
 
 
318 aa  301  1e-80  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.587405  normal  0.563326 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0249  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  53.97 
 
 
324 aa  299  4e-80  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0920  Helix-turn-helix type 11 domain protein  55.06 
 
 
327 aa  293  2e-78  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.711136  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3107  Helix-turn-helix type 11 domain protein  50.5 
 
 
324 aa  287  2e-76  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.786544  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5212  Helix-turn-helix type 11 domain protein  54.92 
 
 
317 aa  287  2e-76  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000701081  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1446  putative transcriptional regulator  50.47 
 
 
332 aa  281  7.000000000000001e-75  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00684408  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4323  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  50.33 
 
 
327 aa  271  2e-71  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.807083  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4172  Helix-turn-helix type 11 domain protein  51.74 
 
 
317 aa  269  4e-71  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.917159  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0977  DeoR family transcriptional regulator  49.16 
 
 
360 aa  269  4e-71  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.226699  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0094  Helix-turn-helix type 11 domain protein  49.67 
 
 
325 aa  263  3e-69  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4041  Helix-turn-helix type 11 domain protein  48.66 
 
 
316 aa  259  3e-68  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5106  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  47.35 
 
 
319 aa  259  3e-68  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.505458  normal  0.201643 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4787  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  48.37 
 
 
336 aa  257  2e-67  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.287509 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  47.32 
 
 
317 aa  257  2e-67  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.161645 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4549  Helix-turn-helix type 11 domain protein  52.16 
 
 
327 aa  256  5e-67  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4377  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  51.43 
 
 
320 aa  254  1.0000000000000001e-66  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000417511 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8641  Helix-turn-helix type 11 domain protein  48.05 
 
 
320 aa  254  2.0000000000000002e-66  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.160159  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0960  helix-turn-helix, type 11  45.45 
 
 
317 aa  253  2.0000000000000002e-66  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.386939  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0978  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  45.45 
 
 
317 aa  253  2.0000000000000002e-66  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.318116  normal  0.0703128 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0988  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  45.45 
 
 
317 aa  253  2.0000000000000002e-66  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  49.33 
 
 
335 aa  253  4.0000000000000004e-66  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1067  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  50.16 
 
 
320 aa  251  1e-65  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3135  Helix-turn-helix type 11 domain protein  50 
 
 
329 aa  245  6e-64  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.224168  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  45.99 
 
 
335 aa  245  9e-64  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3338  Helix-turn-helix type 11 domain protein  49.22 
 
 
320 aa  241  9e-63  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5244  DeoR family transcriptional regulator  49.21 
 
 
337 aa  240  2.9999999999999997e-62  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.288323 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0153  Helix-turn-helix type 11 domain protein  48.16 
 
 
325 aa  238  1e-61  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.1742  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0206  Helix-turn-helix type 11 domain protein  45.77 
 
 
318 aa  234  1.0000000000000001e-60  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0242006 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2690  Helix-turn-helix type 11 domain protein  52 
 
 
324 aa  231  2e-59  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.113203 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3486  Helix-turn-helix type 11 domain protein  50.48 
 
 
314 aa  229  6e-59  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0463  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.91 
 
 
334 aa  223  4e-57  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.104964  normal  0.0170301 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1998  Helix-turn-helix type 11 domain protein  46.91 
 
 
334 aa  222  4.9999999999999996e-57  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.556593 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4738  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  42.09 
 
 
313 aa  216  2.9999999999999998e-55  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.947562  normal  0.956989 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5404  DeoR family transcriptional regulator  44.16 
 
 
332 aa  215  5.9999999999999996e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.924628  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3293  Helix-turn-helix type 11 domain protein  48.53 
 
 
327 aa  216  5.9999999999999996e-55  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0990426  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02350  predicted transcriptional regulator  44.56 
 
 
327 aa  212  7e-54  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0343  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.59 
 
 
339 aa  212  7.999999999999999e-54  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2906  Helix-turn-helix type 11 domain protein  47.71 
 
 
334 aa  210  2e-53  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.754227  normal  0.106292 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2064  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.51 
 
 
337 aa  209  7e-53  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.177932  normal  0.600491 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3513  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.16 
 
 
322 aa  206  5e-52  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.188923  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0728  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.95 
 
 
320 aa  203  3e-51  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.98 
 
 
322 aa  197  2.0000000000000003e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2870  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.52 
 
 
326 aa  194  1e-48  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.308782  normal  0.417493 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2888  Helix-turn-helix type 11 domain protein  47.18 
 
 
317 aa  186  3e-46  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00647609 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1347  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  39.46 
 
 
339 aa  175  9.999999999999999e-43  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.469049  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17920  predicted transcriptional regulator  44.24 
 
 
238 aa  157  3e-37  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.384504 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2627  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.09 
 
 
332 aa  147  2.0000000000000003e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00443  repressor  37.92 
 
 
322 aa  141  1.9999999999999998e-32  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0287725  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4059  helix-turn-helix, type 11  35.29 
 
 
318 aa  131  2.0000000000000002e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.348793  normal  0.0202879 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1870  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35.08 
 
 
337 aa  130  3e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.199317 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1789  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.14 
 
 
333 aa  128  1.0000000000000001e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0003326  normal  0.195591 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0713  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35.1 
 
 
319 aa  125  7e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.677583  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0147  helix-turn-helix, type 11  31.35 
 
 
316 aa  125  8.000000000000001e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.552255 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3412  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.97 
 
 
324 aa  121  1.9999999999999998e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.380317  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1946  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.57 
 
 
321 aa  117  1.9999999999999998e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3679  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.75 
 
 
321 aa  114  2.0000000000000002e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0370855  normal  0.293374 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45460  hypothetical protein  34.38 
 
 
323 aa  114  3e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2857  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.74 
 
 
326 aa  112  8.000000000000001e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0404483  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2021  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.25 
 
 
317 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0370713  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000786  predicted transcriptional regulator  34.15 
 
 
228 aa  110  3e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0574064  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0327  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.73 
 
 
339 aa  109  7.000000000000001e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.489263  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2785  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  34.31 
 
 
229 aa  108  9.000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3859  hypothetical protein  32.19 
 
 
323 aa  108  1e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4645  helix-turn-helix, type 11  30.59 
 
 
333 aa  103  4e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0418126  normal  0.223314 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0680  DeoR family transcriptional regulator  28.63 
 
 
231 aa  101  1e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3440  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.31 
 
 
336 aa  101  2e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000171457  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0672  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  36.89 
 
 
228 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.664641  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0679  helix-turn-helix, type 11  33.77 
 
 
237 aa  99  9e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0596  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  36.89 
 
 
228 aa  99  9e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0621  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  36.89 
 
 
228 aa  99  9e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.296179  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0108  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.8 
 
 
240 aa  99  1e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.403778 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1823  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.32 
 
 
237 aa  98.6  1e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.406304  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2541  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  31.67 
 
 
228 aa  99  1e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3846  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.7 
 
 
230 aa  97.1  4e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.80209  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0221  helix-turn-helix, type 11  36.44 
 
 
228 aa  96.7  4e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0705  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  36.44 
 
 
228 aa  96.7  4e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.179711  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3142  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.18 
 
 
232 aa  97.1  4e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.92923  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3791  transcriptional regulator-like  37.88 
 
 
228 aa  95.5  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.55139  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0456  helix-turn-helix, type 11  30.49 
 
 
230 aa  95.5  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0510  helix-turn-helix, type 11  30.49 
 
 
230 aa  95.1  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0554  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 
234 aa  95.1  1e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.665291  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.2 
 
 
316 aa  95.1  1e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0450  HTH domain-containing protein  30.49 
 
 
230 aa  95.5  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0104  hypothetical protein  33.17 
 
 
230 aa  93.6  5e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0562  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.57 
 
 
317 aa  93.2  5e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.349747  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0560  transcriptional regulator  26.87 
 
 
317 aa  90.9  2e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00184479  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0190  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.61 
 
 
242 aa  91.3  2e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1647  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25.7 
 
 
299 aa  90.9  2e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.37 
 
 
313 aa  91.3  2e-17  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.440872  normal  0.310405 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0044  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.98 
 
 
318 aa  90.9  3e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.164988  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2992  helix-turn-helix, type 11  37.02 
 
 
252 aa  90.5  3e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.684158 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>