More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_2627 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009664  Krad_2627  Helix-turn-helix type 11 domain protein  100 
 
 
332 aa  655    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5244  DeoR family transcriptional regulator  45.74 
 
 
337 aa  225  9e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.288323 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0094  Helix-turn-helix type 11 domain protein  45.1 
 
 
325 aa  220  1.9999999999999999e-56  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3135  Helix-turn-helix type 11 domain protein  45.96 
 
 
329 aa  219  6e-56  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.224168  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02350  predicted transcriptional regulator  45.33 
 
 
327 aa  215  9.999999999999999e-55  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3440  Helix-turn-helix type 11 domain protein  47.94 
 
 
336 aa  215  9.999999999999999e-55  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000171457  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1998  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.14 
 
 
334 aa  213  3.9999999999999995e-54  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.556593 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3486  Helix-turn-helix type 11 domain protein  47.48 
 
 
314 aa  202  8e-51  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0463  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.94 
 
 
334 aa  193  3e-48  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.104964  normal  0.0170301 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3293  Helix-turn-helix type 11 domain protein  45.6 
 
 
327 aa  188  1e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0990426  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1446  putative transcriptional regulator  38.28 
 
 
332 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00684408  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2870  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.39 
 
 
326 aa  181  1e-44  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.308782  normal  0.417493 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2098  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.39 
 
 
318 aa  176  5e-43  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3107  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.01 
 
 
324 aa  170  4e-41  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.786544  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.3 
 
 
335 aa  164  2.0000000000000002e-39  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6203  DeoR family transcriptional regulator  38.66 
 
 
318 aa  163  3e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2974  DeoR family transcriptional regulator  40.83 
 
 
319 aa  163  4.0000000000000004e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.779274  normal  0.781562 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0977  DeoR family transcriptional regulator  38.49 
 
 
360 aa  162  9e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.226699  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0960  helix-turn-helix, type 11  35.06 
 
 
317 aa  161  1e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.386939  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0978  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  35.06 
 
 
317 aa  161  1e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.318116  normal  0.0703128 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0920  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.41 
 
 
327 aa  160  2e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.711136  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.19 
 
 
335 aa  159  5e-38  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0988  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  35.06 
 
 
317 aa  159  5e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0284  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.95 
 
 
332 aa  158  1e-37  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.527195 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5326  DeoR family transcriptional regulator  36.2 
 
 
318 aa  158  1e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.587405  normal  0.563326 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4323  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  37.11 
 
 
327 aa  158  1e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.807083  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4133  DeoR family transcriptional regulator  35.84 
 
 
317 aa  157  3e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113991  normal  0.040793 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4787  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  37.15 
 
 
336 aa  156  4e-37  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.287509 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0249  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  37.06 
 
 
324 aa  155  8e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0153  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.27 
 
 
325 aa  155  1e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.1742  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  38.01 
 
 
317 aa  154  2e-36  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.161645 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3338  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.74 
 
 
320 aa  153  2.9999999999999998e-36  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5463  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  36.16 
 
 
313 aa  154  2.9999999999999998e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.364956  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0206  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.77 
 
 
318 aa  153  4e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0242006 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4041  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.14 
 
 
316 aa  150  3e-35  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1047  DeoR family transcriptional regulator  38.34 
 
 
322 aa  150  3e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0554838 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8630  DeoR family transcriptional regulator  39.12 
 
 
322 aa  148  1.0000000000000001e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5106  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  32.94 
 
 
319 aa  148  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.505458  normal  0.201643 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4095  DeoR family transcriptional regulator  39.22 
 
 
333 aa  147  2.0000000000000003e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4172  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.7 
 
 
317 aa  145  8.000000000000001e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.917159  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5212  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.7 
 
 
317 aa  139  8.999999999999999e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000701081  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.56 
 
 
322 aa  138  1e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4738  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.22 
 
 
313 aa  137  3.0000000000000003e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.947562  normal  0.956989 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2906  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.14 
 
 
334 aa  134  3e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.754227  normal  0.106292 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4549  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.71 
 
 
327 aa  132  9e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3513  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.3 
 
 
322 aa  132  1.0000000000000001e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.188923  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4377  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.53 
 
 
320 aa  128  2.0000000000000002e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000417511 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0343  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.29 
 
 
339 aa  128  2.0000000000000002e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0728  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.44 
 
 
320 aa  124  2e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1067  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  35.99 
 
 
320 aa  124  2e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5404  DeoR family transcriptional regulator  33.65 
 
 
332 aa  124  3e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.924628  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8641  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.24 
 
 
320 aa  124  3e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.160159  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2064  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.54 
 
 
337 aa  122  9.999999999999999e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.177932  normal  0.600491 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2690  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.28 
 
 
324 aa  122  9.999999999999999e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.113203 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1347  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  32.89 
 
 
339 aa  110  4.0000000000000004e-23  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.469049  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17920  predicted transcriptional regulator  36.02 
 
 
238 aa  109  6e-23  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.384504 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2888  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.8 
 
 
317 aa  104  2e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00647609 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1870  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35.78 
 
 
337 aa  102  8e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.199317 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00443  repressor  30.25 
 
 
322 aa  101  2e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0287725  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4059  helix-turn-helix, type 11  30.23 
 
 
318 aa  99.8  6e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.348793  normal  0.0202879 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1946  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.32 
 
 
321 aa  99  1e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0713  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.49 
 
 
319 aa  95.1  1e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.677583  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1789  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.95 
 
 
333 aa  94.7  2e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0003326  normal  0.195591 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0327  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.19 
 
 
339 aa  91.7  1e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.489263  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3412  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.93 
 
 
324 aa  87  4e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.380317  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2021  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.65 
 
 
317 aa  86.7  5e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0370713  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45460  hypothetical protein  31.74 
 
 
323 aa  86.7  5e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3679  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.29 
 
 
321 aa  86.3  6e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0370855  normal  0.293374 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3859  hypothetical protein  33.66 
 
 
323 aa  82.4  0.000000000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0679  helix-turn-helix, type 11  30.95 
 
 
237 aa  76.6  0.0000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4645  helix-turn-helix, type 11  28.91 
 
 
333 aa  75.1  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0418126  normal  0.223314 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0680  DeoR family transcriptional regulator  25 
 
 
231 aa  73.9  0.000000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000786  predicted transcriptional regulator  28.77 
 
 
228 aa  73.2  0.000000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0574064  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0562  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.67 
 
 
317 aa  70.5  0.00000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.349747  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3142  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.57 
 
 
232 aa  70.5  0.00000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.92923  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0991  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  22.87 
 
 
302 aa  70.5  0.00000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0554  TonB-dependent receptor  31.28 
 
 
234 aa  70.1  0.00000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.665291  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2933  helix-turn-helix, type 11  30.22 
 
 
230 aa  70.1  0.00000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.686891  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2785  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  28.85 
 
 
229 aa  70.1  0.00000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0510  helix-turn-helix, type 11  30.84 
 
 
230 aa  69.7  0.00000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0151  helix-turn-helix, type 11  29.17 
 
 
231 aa  69.7  0.00000000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0450  HTH domain-containing protein  30.84 
 
 
230 aa  69.7  0.00000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0456  helix-turn-helix, type 11  30.84 
 
 
230 aa  69.7  0.00000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0560  transcriptional regulator  26.19 
 
 
317 aa  67.4  0.0000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00184479  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1013  hypothetical protein  30.77 
 
 
245 aa  67.4  0.0000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.18033  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0559  transcriptional regulator  25.71 
 
 
317 aa  67  0.0000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.93 
 
 
316 aa  67.4  0.0000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3846  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.23 
 
 
230 aa  67.4  0.0000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.80209  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0777  hypothetical protein  25.71 
 
 
317 aa  67  0.0000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.845326  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.32 
 
 
318 aa  66.6  0.0000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2857  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.84 
 
 
326 aa  66.6  0.0000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0404483  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.57 
 
 
313 aa  67  0.0000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.440872  normal  0.310405 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0660  transcriptional regulator, putative  21.12 
 
 
301 aa  66.6  0.0000000006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0684  hypothetical protein  25.71 
 
 
317 aa  66.6  0.0000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0732899  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2605  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  27.05 
 
 
232 aa  66.2  0.0000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2538  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  27.05 
 
 
232 aa  66.2  0.0000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2704  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  27.05 
 
 
232 aa  66.2  0.0000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.981557  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0615  hypothetical protein  25.24 
 
 
317 aa  65.5  0.000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.759398  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0764  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.19 
 
 
298 aa  65.1  0.000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000424784  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4654  hypothetical protein  25.24 
 
 
317 aa  65.5  0.000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000770885  unclonable  9.19298e-26 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>