153 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PXO_00443 on replicon NC_010717
Organism: Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010717  PXO_00443  repressor  100 
 
 		 322 aa  617  1e-175  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0287725  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.29 
 
 		 322 aa  203  3e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0960  helix-turn-helix, type 11  38.98 
 
 		 317 aa  180  2e-44  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.386939  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0978  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  38.98 
 
 		 317 aa  180  2e-44  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.318116  normal  0.0703128 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4133  DeoR family transcriptional regulator  40.64 
 
 		 317 aa  177  2e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113991  normal  0.040793 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0249  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  36.98 
 
 		 324 aa  177  2e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0988  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  38.31 
 
 		 317 aa  176  3e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5463  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  36.93 
 
 		 313 aa  172  5.999999999999999e-42  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.364956  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5106  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  35.71 
 
 		 319 aa  167  2e-40  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.505458  normal  0.201643 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8630  DeoR family transcriptional regulator  36.48 
 
 		 322 aa  167  2.9999999999999998e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1047  DeoR family transcriptional regulator  35.95 
 
 		 322 aa  167  2.9999999999999998e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0554838 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2098  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.84 
 
 		 318 aa  164  1.0000000000000001e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  38.35 
 
 		 317 aa  160  2e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.161645 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4549  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.94 
 
 		 327 aa  157  2e-37  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2974  DeoR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 319 aa  155  1e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.779274  normal  0.781562 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3107  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.07 
 
 		 324 aa  155  1e-36  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.786544  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4323  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  36.49 
 
 		 327 aa  154  2.9999999999999998e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.807083  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6203  DeoR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 318 aa  154  2.9999999999999998e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0920  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.55 
 
 		 327 aa  149  9e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.711136  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0284  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.81 
 
 		 332 aa  148  2.0000000000000003e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.527195 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0094  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.22 
 
 		 325 aa  146  5e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4095  DeoR family transcriptional regulator  37.42 
 
 		 333 aa  145  1e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2888  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.68 
 
 		 317 aa  143  5e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00647609 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.08 
 
 		 335 aa  142  6e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5244  DeoR family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 337 aa  140  3e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.288323 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0206  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.97 
 
 		 318 aa  140  3.9999999999999997e-32  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0242006 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5212  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.66 
 
 		 317 aa  139  4.999999999999999e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000701081  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1446  putative transcriptional regulator  34.68 
 
 		 332 aa  137  2e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00684408  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1998  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.08 
 
 		 334 aa  137  2e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.556593 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4738  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.6 
 
 		 313 aa  135  9.999999999999999e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.947562  normal  0.956989 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0977  DeoR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 360 aa  135  9.999999999999999e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.226699  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1067  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  34.8 
 
 		 320 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.46 
 
 		 335 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2870  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.36 
 
 		 326 aa  134  3e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.308782  normal  0.417493 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3293  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.22 
 
 		 327 aa  134  3e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0990426  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1347  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  32.77 
 
 		 339 aa  133  3.9999999999999996e-30  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.469049  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4377  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.16 
 
 		 320 aa  132  7.999999999999999e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000417511 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2690  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.47 
 
 		 324 aa  130  3e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.113203 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5404  DeoR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 332 aa  130  3e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.924628  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3486  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.55 
 
 		 314 aa  129  6e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0463  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.5 
 
 		 334 aa  129  7.000000000000001e-29  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.104964  normal  0.0170301 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2064  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.16 
 
 		 337 aa  129  8.000000000000001e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.177932  normal  0.600491 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2906  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.84 
 
 		 334 aa  128  1.0000000000000001e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.754227  normal  0.106292 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5326  DeoR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 318 aa  127  2.0000000000000002e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.587405  normal  0.563326 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4041  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.94 
 
 		 316 aa  127  3e-28  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4172  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.92 
 
 		 317 aa  126  5e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.917159  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02350  predicted transcriptional regulator  34.11 
 
 		 327 aa  124  1e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3513  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.46 
 
 		 322 aa  124  2e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.188923  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8641  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.49 
 
 		 320 aa  124  2e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.160159  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0728  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40 
 
 		 320 aa  124  2e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3135  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.64 
 
 		 329 aa  122  8e-27  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.224168  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3338  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.49 
 
 		 320 aa  122  9.999999999999999e-27  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4787  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.44 
 
 		 336 aa  121  1.9999999999999998e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.287509 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0153  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.99 
 
 		 325 aa  121  1.9999999999999998e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.1742  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0343  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.12 
 
 		 339 aa  117  1.9999999999999998e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17920  predicted transcriptional regulator  36.36 
 
 		 238 aa  99.8  6e-20  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.384504 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1946  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.62 
 
 		 321 aa  92.8  7e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0327  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.06 
 
 		 339 aa  87.8  2e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.489263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2627  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.9 
 
 		 332 aa  82.8  0.000000000000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0713  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.4 
 
 		 319 aa  73.2  0.000000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.677583  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35620  predicted transcriptional regulator  31.88 
 
 		 241 aa  71.6  0.00000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4059  helix-turn-helix, type 11  29.04 
 
 		 318 aa  70.5  0.00000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.348793  normal  0.0202879 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1789  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.83 
 
 		 333 aa  68.6  0.0000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0003326  normal  0.195591 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1870  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.87 
 
 		 337 aa  66.6  0.0000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.199317 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2021  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.24 
 
 		 317 aa  65.1  0.000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0370713  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.18 
 
 		 232 aa  65.5  0.000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.117205 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2857  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.39 
 
 		 326 aa  64.3  0.000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0404483  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2474  hypothetical protein  23.67 
 
 		 320 aa  60.8  0.00000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0188594  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2656  hypothetical protein  23.67 
 
 		 320 aa  60.8  0.00000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0788  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  24.88 
 
 		 319 aa  60.1  0.00000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3679  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.28 
 
 		 321 aa  59.7  0.00000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0370855  normal  0.293374 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2627  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.83 
 
 		 242 aa  58.9  0.0000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2673  hypothetical protein  23.19 
 
 		 320 aa  58.2  0.0000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000327581 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2401  hypothetical protein  23.19 
 
 		 320 aa  57.8  0.0000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.148102  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7049  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29.56 
 
 		 233 aa  56.6  0.0000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.135487  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4645  helix-turn-helix, type 11  29.24 
 
 		 333 aa  56.6  0.0000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0418126  normal  0.223314 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2683  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.8 
 
 		 324 aa  55.5  0.000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.255194  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3646  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.12 
 
 		 309 aa  55.1  0.000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000392325  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2689  hypothetical protein  22.71 
 
 		 320 aa  55.1  0.000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0201589  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2785  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  26.83 
 
 		 229 aa  54.7  0.000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11950  predicted transcriptional regulator  44.71 
 
 		 699 aa  54.3  0.000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.308253  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000786  predicted transcriptional regulator  26.49 
 
 		 228 aa  53.1  0.000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0574064  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1823  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.92 
 
 		 237 aa  53.1  0.000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.406304  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3904  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.44 
 
 		 260 aa  52.8  0.000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3859  hypothetical protein  27.39 
 
 		 323 aa  52  0.00001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3142  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.18 
 
 		 232 aa  52  0.00001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.92923  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3488  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.15 
 
 		 265 aa  51.2  0.00002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.483454 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3432  helix-turn-helix, type 11  28.85 
 
 		 234 aa  50.8  0.00003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.587974  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3400  hypothetical protein  28.77 
 
 		 226 aa  50.4  0.00004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2992  helix-turn-helix, type 11  30.24 
 
 		 252 aa  50.4  0.00004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.684158 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1879  transcriptional regulator-like  36.63 
 
 		 352 aa  50.4  0.00004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1734  transcriptional regulator, putative  27.88 
 
 		 233 aa  50.1  0.00005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.781604  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.72 
 
 		 313 aa  50.1  0.00005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.440872  normal  0.310405 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0104  hypothetical protein  27.23 
 
 		 230 aa  49.7  0.00006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0764  Helix-turn-helix type 11 domain protein  20.98 
 
 		 298 aa  49.7  0.00006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000424784  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1758  hypothetical protein  25.12 
 
 		 230 aa  49.7  0.00007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2541  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  26.73 
 
 		 228 aa  49.7  0.00007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1676  putative transcriptional regulator  27.88 
 
 		 233 aa  49.7  0.00007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2605  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  25.12 
 
 		 232 aa  49.7  0.00008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.15 
 
 		 336 aa  49.3  0.00008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>