More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcav_3904 on replicon NC_012669
Organism: Beutenbergia cavernae DSM 12333



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012669  Bcav_3904  Helix-turn-helix type 11 domain protein  100 
 
 		 260 aa  508  1e-143  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35620  predicted transcriptional regulator  63.32 
 
 		 241 aa  281  7.000000000000001e-75  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.7 
 
 		 232 aa  195  5.000000000000001e-49  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.117205 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1959  Helix-turn-helix type 11 domain protein  45.17 
 
 		 234 aa  174  1.9999999999999998e-42  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7049  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  38.31 
 
 		 233 aa  127  2.0000000000000002e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.135487  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.52 
 
 		 316 aa  113  3e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1185  hypothetical protein  29.17 
 
 		 313 aa  106  4e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0941  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.22 
 
 		 230 aa  105  5e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.958625  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1001  hypothetical protein  29.55 
 
 		 313 aa  101  1e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1731  DeoR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 230 aa  101  1e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.590959  normal  0.873384 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0679  helix-turn-helix, type 11  34.32 
 
 		 237 aa  100  2e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1244  HTH domain family  29.17 
 
 		 313 aa  99.4  6e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0998  transcriptional regulator  29.66 
 
 		 313 aa  98.6  8e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2934  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  32.41 
 
 		 230 aa  98.6  9e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.334283 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2626  helix-turn-helix, type 11  32.67 
 
 		 230 aa  98.2  1e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.182787  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0838  hypothetical protein  30.8 
 
 		 229 aa  97.8  1e-19  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.183627 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2670  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  32.67 
 
 		 230 aa  98.2  1e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.750457  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000786  predicted transcriptional regulator  30.77 
 
 		 228 aa  95.9  6e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0574064  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0988  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  37.05 
 
 		 317 aa  95.9  6e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0960  helix-turn-helix, type 11  37.95 
 
 		 317 aa  95.5  7e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.386939  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0978  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  37.95 
 
 		 317 aa  95.5  7e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.318116  normal  0.0703128 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6203  DeoR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 318 aa  94  2e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5106  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  34.78 
 
 		 319 aa  93.6  3e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.505458  normal  0.201643 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0249  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.23 
 
 		 324 aa  92.8  5e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  34.96 
 
 		 317 aa  92.8  5e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.161645 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.49 
 
 		 336 aa  92  8e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3039  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.42 
 
 		 235 aa  91.7  1e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.545561  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2026  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  31.17 
 
 		 245 aa  90.1  3e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.826373  normal  0.365081 
 
 
-
 
NC_004310  BR1734  transcriptional regulator, putative  30.67 
 
 		 233 aa  89.7  4e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.781604  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2992  helix-turn-helix, type 11  32.94 
 
 		 252 aa  89.7  4e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.684158 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24500  hypothetical protein  35.71 
 
 		 150 aa  90.1  4e-17  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45460  hypothetical protein  32 
 
 		 323 aa  89.4  5e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1180  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.09 
 
 		 233 aa  89  7e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1676  putative transcriptional regulator  30.67 
 
 		 233 aa  88.2  1e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0672  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.1 
 
 		 228 aa  88.6  1e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.664641  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0562  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25.71 
 
 		 317 aa  87  3e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.349747  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2296  Helix-turn-helix type 11 domain protein  21.81 
 
 		 322 aa  86.7  3e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000342768  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4738  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.3 
 
 		 313 aa  87  3e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.947562  normal  0.956989 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2539  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.87 
 
 		 228 aa  86.3  5e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0621  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.1 
 
 		 228 aa  85.9  6e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.296179  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0596  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  32.1 
 
 		 228 aa  85.9  6e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0094  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.96 
 
 		 325 aa  85.1  0.000000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0920  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.14 
 
 		 327 aa  85.1  0.000000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.711136  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0221  helix-turn-helix, type 11  31.69 
 
 		 228 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0705  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  31.69 
 
 		 228 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.179711  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5244  DeoR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 337 aa  84  0.000000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.288323 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3791  transcriptional regulator-like  32.03 
 
 		 228 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.55139  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2996  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29.6 
 
 		 226 aa  84.3  0.000000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0559  transcriptional regulator  25.71 
 
 		 317 aa  83.6  0.000000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1262  hypothetical protein  34.2 
 
 		 228 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0190  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.55 
 
 		 242 aa  83.6  0.000000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3671  helix-turn-helix, type 11  30.92 
 
 		 237 aa  83.6  0.000000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.255542  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2449  helix-turn-helix, type 11  29.22 
 
 		 229 aa  83.6  0.000000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.153287 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5212  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.54 
 
 		 317 aa  84  0.000000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000701081  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.56 
 
 		 318 aa  83.6  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0977  DeoR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 360 aa  83.6  0.000000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.226699  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2098  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.64 
 
 		 318 aa  83.2  0.000000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4323  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  31.88 
 
 		 327 aa  82.8  0.000000000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.807083  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4654  hypothetical protein  25.74 
 
 		 317 aa  82.8  0.000000000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000770885  unclonable  9.19298e-26 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1289  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.96 
 
 		 315 aa  82.4  0.000000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.447111 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0172  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29.96 
 
 		 242 aa  82.4  0.000000000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.657073  normal  0.98017 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5463  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.76 
 
 		 313 aa  82  0.000000000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.364956  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4041  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.94 
 
 		 316 aa  81.6  0.00000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2775  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.11 
 
 		 229 aa  81.6  0.00000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0104  hypothetical protein  28.69 
 
 		 230 aa  81.3  0.00000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4069  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.2 
 
 		 225 aa  81.6  0.00000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3553  helix-turn-helix, type 11  28.76 
 
 		 238 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.38 
 
 		 313 aa  81.6  0.00000000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.440872  normal  0.310405 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0716  hypothetical protein  25.88 
 
 		 348 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.129876  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0615  hypothetical protein  25.32 
 
 		 317 aa  80.9  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.759398  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2425  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.61 
 
 		 245 aa  80.9  0.00000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0915708 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2370  hypothetical protein  33.77 
 
 		 228 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3390  transcriptional regulator (repressor protein)  33.77 
 
 		 228 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1823  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.56 
 
 		 237 aa  80.9  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.406304  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0705  hypothetical protein  25.32 
 
 		 317 aa  80.5  0.00000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0648  hypothetical protein  25.32 
 
 		 317 aa  80.9  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0266881  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17920  predicted transcriptional regulator  30.6 
 
 		 238 aa  81.3  0.00000000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.384504 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1146  hypothetical protein  33.77 
 
 		 228 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0387023  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2550  putative transcriptional regulator  33.77 
 
 		 228 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0684  hypothetical protein  24.49 
 
 		 317 aa  80.1  0.00000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0732899  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0284  hypothetical protein  33.77 
 
 		 361 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0510  helix-turn-helix, type 11  28.21 
 
 		 230 aa  80.5  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3348  hypothetical protein  33.77 
 
 		 339 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.822547  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3383  putative transcriptional regulator  33.77 
 
 		 367 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.296007  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0777  hypothetical protein  24.49 
 
 		 317 aa  80.5  0.00000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.845326  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1585  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  25.4 
 
 		 244 aa  80.1  0.00000000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0474711  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4005  putative transcriptional regulator  32.9 
 
 		 246 aa  79.3  0.00000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.22778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0713  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.12 
 
 		 319 aa  79.3  0.00000000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.677583  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0450  HTH domain-containing protein  28.51 
 
 		 230 aa  79  0.00000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0146  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29.03 
 
 		 233 aa  79  0.00000000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1047  DeoR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 322 aa  79  0.00000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0554838 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0456  helix-turn-helix, type 11  28.51 
 
 		 230 aa  79  0.00000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0284  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.54 
 
 		 332 aa  79  0.00000000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.527195 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3428  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  24.4 
 
 		 303 aa  79  0.00000000000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2785  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  28.27 
 
 		 229 aa  79  0.00000000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4305  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.38 
 
 		 233 aa  78.6  0.00000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2541  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  27.9 
 
 		 228 aa  78.6  0.00000000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0369  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.9 
 
 		 229 aa  78.2  0.0000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.189659 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2105  hypothetical protein  31.3 
 
 		 228 aa  78.2  0.0000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2094  hypothetical protein  31.3 
 
 		 228 aa  78.2  0.0000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>