More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sare_2425 on replicon NC_009953
Organism: Salinispora arenicola CNS-205



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009953  Sare_2425  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  100 
 
 
245 aa  485  1e-136  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0915708 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2026  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  85.31 
 
 
245 aa  399  9.999999999999999e-111  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.826373  normal  0.365081 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1585  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  37.39 
 
 
244 aa  164  1.0000000000000001e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0474711  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1013  hypothetical protein  39.13 
 
 
245 aa  99.8  4e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.18033  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1071  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.31 
 
 
245 aa  95.5  8e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.045266  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1446  putative transcriptional regulator  33.03 
 
 
332 aa  94  2e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00684408  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3039  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.41 
 
 
235 aa  90.5  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.545561  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4172  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.07 
 
 
317 aa  90.1  3e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.917159  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.19 
 
 
322 aa  86.3  4e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0977  DeoR family transcriptional regulator  35.32 
 
 
360 aa  85.1  0.000000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.226699  normal 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5534  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.14 
 
 
239 aa  84.3  0.000000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0533877 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1823  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.56 
 
 
237 aa  83.6  0.000000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.406304  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3904  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.61 
 
 
260 aa  82.4  0.000000000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3671  helix-turn-helix, type 11  30 
 
 
237 aa  82.4  0.000000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.255542  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0960  helix-turn-helix, type 11  32.59 
 
 
317 aa  82.4  0.000000000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.386939  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0978  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  32.59 
 
 
317 aa  82.4  0.000000000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.318116  normal  0.0703128 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0988  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  32.6 
 
 
317 aa  82.4  0.000000000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2541  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  31.08 
 
 
228 aa  82.4  0.000000000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.33 
 
 
335 aa  82  0.000000000000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4738  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.41 
 
 
313 aa  81.3  0.00000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.947562  normal  0.956989 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0713  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25.31 
 
 
319 aa  81.6  0.00000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.677583  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2785  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  31.98 
 
 
229 aa  80.5  0.00000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2605  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  31.53 
 
 
232 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0249  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.39 
 
 
324 aa  80.1  0.00000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2538  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  31.53 
 
 
232 aa  80.1  0.00000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5106  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30.45 
 
 
319 aa  80.1  0.00000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.505458  normal  0.201643 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0941  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.09 
 
 
230 aa  79.7  0.00000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.958625  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4041  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.37 
 
 
316 aa  79.7  0.00000000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1758  hypothetical protein  29.86 
 
 
230 aa  79.3  0.00000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2704  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  31.53 
 
 
232 aa  79.3  0.00000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.981557  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4323  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  32.03 
 
 
327 aa  79.3  0.00000000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.807083  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30.04 
 
 
317 aa  79.3  0.00000000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.161645 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  28.83 
 
 
227 aa  79.3  0.00000000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4645  helix-turn-helix, type 11  29.65 
 
 
333 aa  78.6  0.00000000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0418126  normal  0.223314 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0284  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.43 
 
 
332 aa  78.2  0.0000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.527195 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35620  predicted transcriptional regulator  28.7 
 
 
241 aa  77.8  0.0000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2821  hypothetical DNA-binding protein  27.75 
 
 
314 aa  77.4  0.0000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.184297  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0147  helix-turn-helix, type 11  29.49 
 
 
316 aa  76.6  0.0000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.552255 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6203  DeoR family transcriptional regulator  32.3 
 
 
318 aa  76.6  0.0000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1457  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  31.34 
 
 
225 aa  76.3  0.0000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.510976  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2992  helix-turn-helix, type 11  31.84 
 
 
252 aa  76.3  0.0000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.684158 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.82 
 
 
316 aa  75.9  0.0000000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0970  transcriptional regulator-like protein  29.83 
 
 
330 aa  75.9  0.0000000000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1946  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.23 
 
 
321 aa  75.9  0.0000000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0343  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.16 
 
 
339 aa  75.9  0.0000000000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1558  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.86 
 
 
237 aa  75.5  0.0000000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2786  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.86 
 
 
237 aa  75.5  0.0000000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.987618  normal  0.72002 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0456  helix-turn-helix, type 11  30.59 
 
 
230 aa  75.5  0.0000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0450  HTH domain-containing protein  30.59 
 
 
230 aa  75.5  0.0000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5404  DeoR family transcriptional regulator  32.03 
 
 
332 aa  75.5  0.0000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.924628  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2909  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.57 
 
 
232 aa  75.1  0.0000000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1564  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29.86 
 
 
237 aa  75.1  0.0000000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3142  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.28 
 
 
232 aa  75.1  0.0000000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.92923  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3107  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.47 
 
 
324 aa  74.7  0.000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.786544  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2475  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.71 
 
 
252 aa  73.6  0.000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0100218  normal  0.326712 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1593  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.63 
 
 
237 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.375886 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6729  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.51 
 
 
324 aa  74.3  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.41486 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0510  helix-turn-helix, type 11  30.14 
 
 
230 aa  73.9  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3846  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.58 
 
 
230 aa  74.3  0.000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.80209  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0190  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.05 
 
 
242 aa  73.9  0.000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.4 
 
 
336 aa  73.9  0.000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1870  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.23 
 
 
337 aa  74.3  0.000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.199317 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8641  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33 
 
 
320 aa  73.9  0.000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.160159  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000786  predicted transcriptional regulator  28.83 
 
 
228 aa  73.6  0.000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0574064  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5326  DeoR family transcriptional regulator  31.34 
 
 
318 aa  72.8  0.000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.587405  normal  0.563326 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2503  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.11 
 
 
232 aa  72.8  0.000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.751243 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1799  helix-turn-helix, type 11  31.67 
 
 
229 aa  72.8  0.000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.000591723  normal  0.0198726 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7049  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29.44 
 
 
233 aa  72.8  0.000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.135487  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0172  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  27.6 
 
 
242 aa  72  0.000000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.657073  normal  0.98017 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2797  putative transcriptional regulator  29.22 
 
 
229 aa  71.6  0.000000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1191  hypothetical protein  28.69 
 
 
235 aa  71.6  0.000000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.351784  normal  0.832163 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2105  hypothetical protein  33.67 
 
 
228 aa  71.6  0.00000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2094  hypothetical protein  33.67 
 
 
228 aa  71.6  0.00000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.1 
 
 
232 aa  71.2  0.00000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.117205 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45460  hypothetical protein  30.29 
 
 
323 aa  71.2  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3400  hypothetical protein  31.9 
 
 
226 aa  71.2  0.00000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1731  DeoR family transcriptional regulator  28.18 
 
 
230 aa  70.9  0.00000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.590959  normal  0.873384 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3412  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.04 
 
 
324 aa  70.9  0.00000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.380317  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2673  putative repressor transcription regulator protein  28.12 
 
 
232 aa  69.7  0.00000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.94129  normal  0.397505 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2906  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.91 
 
 
334 aa  69.7  0.00000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.754227  normal  0.106292 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1092  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.37 
 
 
315 aa  69.3  0.00000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.206539  normal  0.830453 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2857  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.05 
 
 
326 aa  68.9  0.00000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0404483  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0660  transcriptional regulator, putative  26.54 
 
 
301 aa  68.9  0.00000000007  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0621  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.18 
 
 
228 aa  68.9  0.00000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.296179  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0596  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  33.18 
 
 
228 aa  68.9  0.00000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2098  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.09 
 
 
318 aa  68.9  0.00000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0848  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.24 
 
 
230 aa  68.2  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.814852 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5212  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.25 
 
 
317 aa  67.8  0.0000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000701081  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3679  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.87 
 
 
321 aa  68.2  0.0000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0370855  normal  0.293374 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0838  hypothetical protein  25.45 
 
 
229 aa  68.6  0.0000000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.183627 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1347  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  28.77 
 
 
339 aa  68.2  0.0000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.469049  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0588  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.18 
 
 
237 aa  68.2  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0679  helix-turn-helix, type 11  30.63 
 
 
237 aa  67.4  0.0000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1047  DeoR family transcriptional regulator  29.67 
 
 
322 aa  67.4  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0554838 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0408  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  32.6 
 
 
233 aa  67  0.0000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.855844 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0728  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.06 
 
 
320 aa  67  0.0000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0788  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  25.78 
 
 
319 aa  67.8  0.0000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1289  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.91 
 
 
315 aa  67.4  0.0000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.447111 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3791  transcriptional regulator-like  32.24 
 
 
228 aa  67  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.55139  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0221  helix-turn-helix, type 11  32.24 
 
 
228 aa  67  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>