More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_3867 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013757  Gobs_3867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  100 
 
 		 335 aa  646    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4041  Helix-turn-helix type 11 domain protein  62.24 
 
 		 316 aa  338  8e-92  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0977  DeoR family transcriptional regulator  60.8 
 
 		 360 aa  333  3e-90  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.226699  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5326  DeoR family transcriptional regulator  55.8 
 
 		 318 aa  310  2.9999999999999997e-83  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.587405  normal  0.563326 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1446  putative transcriptional regulator  55.11 
 
 		 332 aa  309  5.9999999999999995e-83  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00684408  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4172  Helix-turn-helix type 11 domain protein  58.25 
 
 		 317 aa  306  3e-82  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.917159  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4323  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  55.92 
 
 		 327 aa  305  7e-82  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.807083  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4095  DeoR family transcriptional regulator  53 
 
 		 333 aa  274  1.0000000000000001e-72  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0920  Helix-turn-helix type 11 domain protein  50.62 
 
 		 327 aa  270  2.9999999999999997e-71  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.711136  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6203  DeoR family transcriptional regulator  51.27 
 
 		 318 aa  262  6e-69  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2098  Helix-turn-helix type 11 domain protein  49.17 
 
 		 318 aa  257  2e-67  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0343  Helix-turn-helix type 11 domain protein  51.32 
 
 		 339 aa  251  9.000000000000001e-66  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5212  Helix-turn-helix type 11 domain protein  50.84 
 
 		 317 aa  250  3e-65  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000701081  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0988  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  45.74 
 
 		 317 aa  245  6e-64  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1047  DeoR family transcriptional regulator  48.63 
 
 		 322 aa  245  9e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0554838 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0960  helix-turn-helix, type 11  45.43 
 
 		 317 aa  243  3.9999999999999997e-63  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.386939  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0978  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  45.43 
 
 		 317 aa  243  3.9999999999999997e-63  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.318116  normal  0.0703128 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5463  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  45.89 
 
 		 313 aa  239  4e-62  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.364956  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5404  DeoR family transcriptional regulator  47.32 
 
 		 332 aa  236  5.0000000000000005e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.924628  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5106  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  45.62 
 
 		 319 aa  232  7.000000000000001e-60  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.505458  normal  0.201643 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0249  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  45.51 
 
 		 324 aa  231  1e-59  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  44.48 
 
 		 317 aa  229  5e-59  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.161645 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4549  Helix-turn-helix type 11 domain protein  48.32 
 
 		 327 aa  228  1e-58  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4133  DeoR family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 317 aa  224  2e-57  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113991  normal  0.040793 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8630  DeoR family transcriptional regulator  46.69 
 
 		 322 aa  224  2e-57  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0094  Helix-turn-helix type 11 domain protein  47.83 
 
 		 325 aa  223  3e-57  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4738  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  44.56 
 
 		 313 aa  223  4e-57  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.947562  normal  0.956989 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0284  Helix-turn-helix type 11 domain protein  58.85 
 
 		 332 aa  222  8e-57  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.527195 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4377  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  46.2 
 
 		 320 aa  221  9.999999999999999e-57  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000417511 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2064  Helix-turn-helix type 11 domain protein  46.79 
 
 		 337 aa  221  9.999999999999999e-57  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.177932  normal  0.600491 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5244  DeoR family transcriptional regulator  49.21 
 
 		 337 aa  220  1.9999999999999999e-56  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.288323 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3486  Helix-turn-helix type 11 domain protein  52.77 
 
 		 314 aa  217  2e-55  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3107  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.71 
 
 		 324 aa  218  2e-55  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.786544  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2974  DeoR family transcriptional regulator  43.94 
 
 		 319 aa  215  7e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.779274  normal  0.781562 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1067  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  45.57 
 
 		 320 aa  214  1.9999999999999998e-54  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2690  Helix-turn-helix type 11 domain protein  48.34 
 
 		 324 aa  210  2e-53  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.113203 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3135  Helix-turn-helix type 11 domain protein  46.55 
 
 		 329 aa  208  9e-53  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.224168  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1998  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.89 
 
 		 334 aa  208  9e-53  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.556593 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8641  Helix-turn-helix type 11 domain protein  45.39 
 
 		 320 aa  204  1e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.160159  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3338  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.86 
 
 		 320 aa  203  4e-51  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2906  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44 
 
 		 334 aa  202  9.999999999999999e-51  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.754227  normal  0.106292 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02350  predicted transcriptional regulator  45.27 
 
 		 327 aa  201  9.999999999999999e-51  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.76 
 
 		 335 aa  201  1.9999999999999998e-50  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4787  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  43.2 
 
 		 336 aa  199  5e-50  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.287509 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0206  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.57 
 
 		 318 aa  197  2.0000000000000003e-49  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0242006 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3293  Helix-turn-helix type 11 domain protein  49.68 
 
 		 327 aa  197  2.0000000000000003e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0990426  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0463  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.27 
 
 		 334 aa  195  1e-48  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.104964  normal  0.0170301 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3513  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.93 
 
 		 322 aa  192  1e-47  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.188923  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0153  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.33 
 
 		 325 aa  190  2.9999999999999997e-47  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.1742  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0728  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.67 
 
 		 320 aa  187  2e-46  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2870  Helix-turn-helix type 11 domain protein  48.29 
 
 		 326 aa  186  5e-46  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.308782  normal  0.417493 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.21 
 
 		 322 aa  166  5e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1347  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  39.58 
 
 		 339 aa  164  3e-39  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.469049  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2888  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.86 
 
 		 317 aa  148  1.0000000000000001e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00647609 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0147  helix-turn-helix, type 11  34.81 
 
 		 316 aa  145  1e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.552255 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1946  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.23 
 
 		 321 aa  143  5e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4059  helix-turn-helix, type 11  35.53 
 
 		 318 aa  142  6e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.348793  normal  0.0202879 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17920  predicted transcriptional regulator  40.09 
 
 		 238 aa  137  2e-31  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.384504 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0713  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  36.58 
 
 		 319 aa  136  4e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.677583  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2627  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.72 
 
 		 332 aa  136  5e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1870  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.81 
 
 		 337 aa  135  9.999999999999999e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.199317 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45460  hypothetical protein  37.17 
 
 		 323 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3412  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.58 
 
 		 324 aa  127  4.0000000000000003e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.380317  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3859  hypothetical protein  35.41 
 
 		 323 aa  124  3e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0327  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.49 
 
 		 339 aa  120  1.9999999999999998e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.489263  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00443  repressor  36.62 
 
 		 322 aa  120  3e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0287725  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1789  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.22 
 
 		 333 aa  120  3.9999999999999996e-26  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0003326  normal  0.195591 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2021  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.99 
 
 		 317 aa  119  9e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0370713  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3440  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.5 
 
 		 336 aa  107  4e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000171457  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1363  YobV  26.67 
 
 		 311 aa  104  2e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.396054  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2105  hypothetical protein  33.18 
 
 		 228 aa  103  4e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2094  hypothetical protein  33.18 
 
 		 228 aa  103  4e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3679  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.41 
 
 		 321 aa  101  2e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0370855  normal  0.293374 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2380  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  37.37 
 
 		 228 aa  101  2e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3821  hypothetical protein  35.94 
 
 		 232 aa  100  4e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0369  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.11 
 
 		 229 aa  100  4e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.189659 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5977  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.24 
 
 		 231 aa  99.8  5e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.374689  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2492  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.21 
 
 		 302 aa  98.2  2e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.156303  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0532  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.86 
 
 		 231 aa  97.8  3e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2857  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.71 
 
 		 326 aa  97.4  3e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0404483  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0743  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.44 
 
 		 328 aa  97.4  3e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0104  hypothetical protein  31.65 
 
 		 230 aa  96.7  5e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4645  helix-turn-helix, type 11  33.03 
 
 		 333 aa  96.7  5e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0418126  normal  0.223314 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000786  predicted transcriptional regulator  32.02 
 
 		 228 aa  96.7  5e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0574064  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0680  DeoR family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 231 aa  96.3  7e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2541  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30.62 
 
 		 228 aa  96.3  7e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1185  hypothetical protein  31.19 
 
 		 313 aa  95.1  1e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.04 
 
 		 316 aa  95.1  2e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0562  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  23.18 
 
 		 317 aa  94.4  3e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.349747  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.67 
 
 		 336 aa  94  4e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0510  helix-turn-helix, type 11  34.4 
 
 		 230 aa  92.8  7e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0559  transcriptional regulator  22.33 
 
 		 317 aa  92.4  9e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0684  hypothetical protein  23.05 
 
 		 317 aa  92  1e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0732899  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2089  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  36.57 
 
 		 237 aa  92.4  1e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.641654  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2026  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  35.16 
 
 		 245 aa  92.4  1e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.826373  normal  0.365081 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0450  HTH domain-containing protein  33.94 
 
 		 230 aa  91.7  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0456  helix-turn-helix, type 11  33.94 
 
 		 230 aa  91.7  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4654  hypothetical protein  22.58 
 
 		 317 aa  91.3  2e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000770885  unclonable  9.19298e-26 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0831  transcriptional regulator-like  35.91 
 
 		 244 aa  90.9  3e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0455803 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2368  helix-turn-helix, type 11  32.88 
 
 		 231 aa  90.9  3e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.150063 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>