More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_0367 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013235  Namu_0367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  100 
 
 
335 aa  654    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0153  Helix-turn-helix type 11 domain protein  62.24 
 
 
325 aa  381  1e-104  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.1742  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4787  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  57.74 
 
 
336 aa  359  4e-98  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.287509 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3338  Helix-turn-helix type 11 domain protein  60.06 
 
 
320 aa  356  2.9999999999999997e-97  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8630  DeoR family transcriptional regulator  45.37 
 
 
322 aa  235  7e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2098  Helix-turn-helix type 11 domain protein  46.43 
 
 
318 aa  234  2.0000000000000002e-60  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1047  DeoR family transcriptional regulator  46.75 
 
 
322 aa  234  2.0000000000000002e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0554838 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4133  DeoR family transcriptional regulator  44.78 
 
 
317 aa  233  4.0000000000000004e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113991  normal  0.040793 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0920  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.21 
 
 
327 aa  228  7e-59  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.711136  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0988  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  42.94 
 
 
317 aa  226  3e-58  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4172  Helix-turn-helix type 11 domain protein  47.37 
 
 
317 aa  226  4e-58  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.917159  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5463  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  44.74 
 
 
313 aa  226  6e-58  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.364956  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6203  DeoR family transcriptional regulator  45.07 
 
 
318 aa  225  7e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2974  DeoR family transcriptional regulator  44.31 
 
 
319 aa  224  1e-57  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.779274  normal  0.781562 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0249  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  43.33 
 
 
324 aa  224  1e-57  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0960  helix-turn-helix, type 11  42.34 
 
 
317 aa  221  9.999999999999999e-57  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.386939  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0978  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  42.34 
 
 
317 aa  221  9.999999999999999e-57  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.318116  normal  0.0703128 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5212  Helix-turn-helix type 11 domain protein  45.37 
 
 
317 aa  219  5e-56  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000701081  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5106  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  42.94 
 
 
319 aa  217  2.9999999999999998e-55  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.505458  normal  0.201643 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4095  DeoR family transcriptional regulator  45.07 
 
 
333 aa  216  5e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  41.14 
 
 
317 aa  213  2.9999999999999995e-54  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.161645 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4549  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.89 
 
 
327 aa  210  2e-53  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5326  DeoR family transcriptional regulator  44 
 
 
318 aa  209  4e-53  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.587405  normal  0.563326 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0284  Helix-turn-helix type 11 domain protein  45 
 
 
332 aa  202  5e-51  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.527195 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5404  DeoR family transcriptional regulator  41.19 
 
 
332 aa  202  8e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.924628  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8641  Helix-turn-helix type 11 domain protein  45.81 
 
 
320 aa  201  1.9999999999999998e-50  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.160159  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4377  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  45.98 
 
 
320 aa  199  3.9999999999999996e-50  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000417511 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4323  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  41.51 
 
 
327 aa  195  8.000000000000001e-49  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.807083  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2064  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.87 
 
 
337 aa  194  2e-48  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.177932  normal  0.600491 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0977  DeoR family transcriptional regulator  41.19 
 
 
360 aa  193  3e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.226699  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1067  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  45.18 
 
 
320 aa  193  3e-48  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3107  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.88 
 
 
324 aa  193  4e-48  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.786544  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1998  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.84 
 
 
334 aa  192  5e-48  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.556593 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0206  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.81 
 
 
318 aa  192  6e-48  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0242006 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1446  putative transcriptional regulator  38.82 
 
 
332 aa  192  8e-48  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00684408  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3135  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.92 
 
 
329 aa  191  2e-47  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.224168  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.88 
 
 
335 aa  186  5e-46  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4738  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  39.05 
 
 
313 aa  185  8e-46  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.947562  normal  0.956989 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2690  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.09 
 
 
324 aa  184  2.0000000000000003e-45  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.113203 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4041  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.02 
 
 
316 aa  181  2e-44  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0463  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.91 
 
 
334 aa  177  3e-43  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.104964  normal  0.0170301 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0343  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.94 
 
 
339 aa  176  6e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0094  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.61 
 
 
325 aa  174  2.9999999999999996e-42  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2888  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.22 
 
 
317 aa  173  2.9999999999999996e-42  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00647609 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5244  DeoR family transcriptional regulator  40.92 
 
 
337 aa  174  2.9999999999999996e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.288323 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.26 
 
 
322 aa  173  2.9999999999999996e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2906  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.38 
 
 
334 aa  172  9e-42  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.754227  normal  0.106292 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3513  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.8 
 
 
322 aa  171  1e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.188923  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3486  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.12 
 
 
314 aa  167  2.9999999999999998e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02350  predicted transcriptional regulator  40.13 
 
 
327 aa  167  2.9999999999999998e-40  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0728  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.03 
 
 
320 aa  158  1e-37  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1347  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  35.76 
 
 
339 aa  149  9e-35  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.469049  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3293  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.27 
 
 
327 aa  147  2.0000000000000003e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0990426  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2870  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.3 
 
 
326 aa  143  5e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.308782  normal  0.417493 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2627  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.3 
 
 
332 aa  132  1.0000000000000001e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4645  helix-turn-helix, type 11  31.46 
 
 
333 aa  122  7e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0418126  normal  0.223314 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00443  repressor  35.44 
 
 
322 aa  117  1.9999999999999998e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0287725  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3412  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.55 
 
 
324 aa  114  3e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.380317  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0713  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35 
 
 
319 aa  113  4.0000000000000004e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.677583  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4059  helix-turn-helix, type 11  34.15 
 
 
318 aa  112  1.0000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.348793  normal  0.0202879 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17920  predicted transcriptional regulator  37.27 
 
 
238 aa  111  2.0000000000000002e-23  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.384504 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3679  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.73 
 
 
321 aa  110  3e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0370855  normal  0.293374 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0147  helix-turn-helix, type 11  31.61 
 
 
316 aa  108  1e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.552255 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45460  hypothetical protein  33.23 
 
 
323 aa  108  1e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1789  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.98 
 
 
333 aa  107  3e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0003326  normal  0.195591 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3440  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.66 
 
 
336 aa  106  7e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000171457  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2857  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.25 
 
 
326 aa  102  1e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0404483  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1946  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.48 
 
 
321 aa  102  1e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1870  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.86 
 
 
337 aa  99  1e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.199317 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2021  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.88 
 
 
317 aa  95.5  1e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0370713  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3859  hypothetical protein  29.31 
 
 
323 aa  90.5  4e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2785  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30.84 
 
 
229 aa  89.7  6e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0327  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.03 
 
 
339 aa  88.6  1e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.489263  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2541  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29.33 
 
 
228 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3142  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.91 
 
 
232 aa  83.6  0.000000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.92923  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1758  hypothetical protein  29.96 
 
 
230 aa  82  0.00000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000786  predicted transcriptional regulator  32.57 
 
 
228 aa  81.6  0.00000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0574064  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2605  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30.21 
 
 
232 aa  80.9  0.00000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2538  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30.21 
 
 
232 aa  80.1  0.00000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2704  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30.21 
 
 
232 aa  79.3  0.00000000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.981557  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1593  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.27 
 
 
237 aa  77.4  0.0000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.375886 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2786  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28 
 
 
237 aa  76.6  0.0000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.987618  normal  0.72002 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1558  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28 
 
 
237 aa  76.6  0.0000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1564  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  28 
 
 
237 aa  76.6  0.0000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.04 
 
 
336 aa  75.1  0.000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3488  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.52 
 
 
265 aa  75.5  0.000000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.483454 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1457  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29.79 
 
 
225 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.510976  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0559  transcriptional regulator  24.78 
 
 
317 aa  73.6  0.000000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0743  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.61 
 
 
328 aa  73.6  0.000000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3400  hypothetical protein  27.78 
 
 
226 aa  72.4  0.00000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2992  helix-turn-helix, type 11  32.63 
 
 
252 aa  71.6  0.00000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.684158 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1676  putative transcriptional regulator  29.26 
 
 
233 aa  70.9  0.00000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0831  transcriptional regulator-like  32.33 
 
 
244 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0455803 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0680  DeoR family transcriptional regulator  24.53 
 
 
231 aa  70.9  0.00000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0562  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  23.67 
 
 
317 aa  70.9  0.00000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.349747  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0108  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.65 
 
 
240 aa  70.5  0.00000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.403778 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4654  hypothetical protein  25.23 
 
 
317 aa  70.5  0.00000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000770885  unclonable  9.19298e-26 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0777  hypothetical protein  25 
 
 
317 aa  70.1  0.00000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.845326  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0615  hypothetical protein  23.96 
 
 
317 aa  69.7  0.00000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.759398  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0684  hypothetical protein  24.26 
 
 
317 aa  69.7  0.00000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0732899  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>