More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_02350 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013521  Sked_02350  predicted transcriptional regulator  100 
 
 
327 aa  640    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3486  Helix-turn-helix type 11 domain protein  66.97 
 
 
314 aa  375  1e-103  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5244  DeoR family transcriptional regulator  65.08 
 
 
337 aa  372  1e-102  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.288323 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1998  Helix-turn-helix type 11 domain protein  62.54 
 
 
334 aa  362  6e-99  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.556593 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0094  Helix-turn-helix type 11 domain protein  56.49 
 
 
325 aa  325  8.000000000000001e-88  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3293  Helix-turn-helix type 11 domain protein  62.03 
 
 
327 aa  322  6e-87  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0990426  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3135  Helix-turn-helix type 11 domain protein  55.82 
 
 
329 aa  317  2e-85  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.224168  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2870  Helix-turn-helix type 11 domain protein  59.28 
 
 
326 aa  312  5.999999999999999e-84  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.308782  normal  0.417493 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0463  Helix-turn-helix type 11 domain protein  55.27 
 
 
334 aa  311  1e-83  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.104964  normal  0.0170301 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2974  DeoR family transcriptional regulator  43.63 
 
 
319 aa  227  2e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.779274  normal  0.781562 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4095  DeoR family transcriptional regulator  46.06 
 
 
333 aa  224  2e-57  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2098  Helix-turn-helix type 11 domain protein  45.71 
 
 
318 aa  223  4e-57  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1446  putative transcriptional regulator  45.73 
 
 
332 aa  223  4e-57  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00684408  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6203  DeoR family transcriptional regulator  44.24 
 
 
318 aa  218  1e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4133  DeoR family transcriptional regulator  43.09 
 
 
317 aa  218  1e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113991  normal  0.040793 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0249  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  44.48 
 
 
324 aa  214  9.999999999999999e-55  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0977  DeoR family transcriptional regulator  45.18 
 
 
360 aa  213  3.9999999999999995e-54  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.226699  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5326  DeoR family transcriptional regulator  44.16 
 
 
318 aa  213  3.9999999999999995e-54  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.587405  normal  0.563326 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3107  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.64 
 
 
324 aa  213  3.9999999999999995e-54  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.786544  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0920  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.38 
 
 
327 aa  211  1e-53  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.711136  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1047  DeoR family transcriptional regulator  45.45 
 
 
322 aa  210  3e-53  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0554838 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4172  Helix-turn-helix type 11 domain protein  45.28 
 
 
317 aa  205  9e-52  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.917159  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4377  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  43.5 
 
 
320 aa  204  1e-51  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000417511 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4549  Helix-turn-helix type 11 domain protein  45.02 
 
 
327 aa  202  7e-51  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  45.42 
 
 
335 aa  202  7e-51  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5463  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  40.18 
 
 
313 aa  201  9.999999999999999e-51  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.364956  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4323  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  44.94 
 
 
327 aa  201  9.999999999999999e-51  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.807083  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2690  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.97 
 
 
324 aa  200  3e-50  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.113203 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2627  Helix-turn-helix type 11 domain protein  45.86 
 
 
332 aa  198  1.0000000000000001e-49  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1067  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  42.3 
 
 
320 aa  195  9e-49  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8630  DeoR family transcriptional regulator  42.55 
 
 
322 aa  194  1e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5106  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  40.73 
 
 
319 aa  190  2e-47  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.505458  normal  0.201643 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  39.94 
 
 
317 aa  190  4e-47  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.161645 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.76 
 
 
335 aa  187  2e-46  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0284  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.09 
 
 
332 aa  186  4e-46  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.527195 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0343  Helix-turn-helix type 11 domain protein  45.03 
 
 
339 aa  186  6e-46  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5404  DeoR family transcriptional regulator  40.85 
 
 
332 aa  184  1.0000000000000001e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.924628  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3338  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.09 
 
 
320 aa  185  1.0000000000000001e-45  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0988  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  38.63 
 
 
317 aa  184  2.0000000000000003e-45  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4041  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.31 
 
 
316 aa  182  5.0000000000000004e-45  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0960  helix-turn-helix, type 11  38.01 
 
 
317 aa  179  7e-44  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.386939  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0978  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  38.01 
 
 
317 aa  179  7e-44  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.318116  normal  0.0703128 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0206  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.18 
 
 
318 aa  177  2e-43  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0242006 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5212  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.78 
 
 
317 aa  175  9e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000701081  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3513  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.47 
 
 
322 aa  175  9.999999999999999e-43  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.188923  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4787  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  37.54 
 
 
336 aa  174  9.999999999999999e-43  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.287509 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4738  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  38.61 
 
 
313 aa  173  2.9999999999999996e-42  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.947562  normal  0.956989 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2906  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.94 
 
 
334 aa  172  5e-42  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.754227  normal  0.106292 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2064  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.04 
 
 
337 aa  172  6.999999999999999e-42  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.177932  normal  0.600491 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8641  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.63 
 
 
320 aa  171  2e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.160159  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3440  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.4 
 
 
336 aa  168  1e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000171457  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0153  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.64 
 
 
325 aa  161  2e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.1742  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0728  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.13 
 
 
320 aa  160  3e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.66 
 
 
322 aa  145  9e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1347  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  36.99 
 
 
339 aa  141  1.9999999999999998e-32  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.469049  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17920  predicted transcriptional regulator  41.78 
 
 
238 aa  131  1.0000000000000001e-29  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.384504 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2888  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.17 
 
 
317 aa  120  3e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00647609 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1946  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.98 
 
 
321 aa  114  2.0000000000000002e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00443  repressor  33.55 
 
 
322 aa  113  4.0000000000000004e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0287725  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4059  helix-turn-helix, type 11  31.71 
 
 
318 aa  108  9.000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.348793  normal  0.0202879 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0713  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.49 
 
 
319 aa  104  2e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.677583  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1789  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.44 
 
 
333 aa  103  5e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0003326  normal  0.195591 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1870  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  36.11 
 
 
337 aa  99  1e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.199317 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45460  hypothetical protein  36.89 
 
 
323 aa  96.7  5e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3412  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.6 
 
 
324 aa  95.1  1e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.380317  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2541  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  31.82 
 
 
228 aa  92.4  1e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3859  hypothetical protein  32.34 
 
 
323 aa  90.5  4e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2021  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.42 
 
 
317 aa  87.8  2e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0370713  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3679  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.09 
 
 
321 aa  86.7  5e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0370855  normal  0.293374 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0147  helix-turn-helix, type 11  32.88 
 
 
316 aa  86.7  5e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.552255 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2785  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30.51 
 
 
229 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0680  DeoR family transcriptional regulator  25.54 
 
 
231 aa  84.3  0.000000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4645  helix-turn-helix, type 11  29.79 
 
 
333 aa  85.1  0.000000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0418126  normal  0.223314 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000786  predicted transcriptional regulator  31.6 
 
 
228 aa  84  0.000000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0574064  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2857  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.41 
 
 
326 aa  84.3  0.000000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0404483  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3400  hypothetical protein  29.66 
 
 
226 aa  83.6  0.000000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1823  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.05 
 
 
237 aa  83.6  0.000000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.406304  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0190  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.55 
 
 
242 aa  83.2  0.000000000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0327  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.33 
 
 
339 aa  83.2  0.000000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.489263  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3821  hypothetical protein  34.91 
 
 
232 aa  82.8  0.000000000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0831  transcriptional regulator-like  31.98 
 
 
244 aa  80.1  0.00000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0455803 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0172  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  33.61 
 
 
242 aa  79.3  0.00000000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.657073  normal  0.98017 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6729  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.66 
 
 
324 aa  78.6  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.41486 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3142  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.34 
 
 
232 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.92923  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1731  DeoR family transcriptional regulator  26.46 
 
 
230 aa  79  0.0000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.590959  normal  0.873384 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0064  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.88 
 
 
328 aa  79  0.0000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.188997  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1758  hypothetical protein  29.79 
 
 
230 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0532  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.33 
 
 
231 aa  78.2  0.0000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0369  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31 
 
 
229 aa  78.2  0.0000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.189659 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0456  helix-turn-helix, type 11  28.9 
 
 
230 aa  77  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0108  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.96 
 
 
240 aa  77  0.0000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.403778 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0450  HTH domain-containing protein  28.9 
 
 
230 aa  77  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.83 
 
 
336 aa  76.3  0.0000000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2605  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29.36 
 
 
232 aa  76.3  0.0000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.65 
 
 
316 aa  76.3  0.0000000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  32.71 
 
 
227 aa  75.9  0.0000000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0510  helix-turn-helix, type 11  28.44 
 
 
230 aa  75.9  0.0000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2704  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29.36 
 
 
232 aa  75.9  0.0000000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.981557  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2538  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29.36 
 
 
232 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0743  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.73 
 
 
328 aa  75.9  0.000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>