More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcav_0153 on replicon NC_012669
Organism: Beutenbergia cavernae DSM 12333



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012669  Bcav_0153  Helix-turn-helix type 11 domain protein  100 
 
 
325 aa  637    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.1742  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  62.24 
 
 
335 aa  393  1e-108  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3338  Helix-turn-helix type 11 domain protein  62.19 
 
 
320 aa  362  4e-99  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4787  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  58.98 
 
 
336 aa  355  8.999999999999999e-97  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.287509 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4133  DeoR family transcriptional regulator  46.6 
 
 
317 aa  247  2e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113991  normal  0.040793 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6203  DeoR family transcriptional regulator  45.71 
 
 
318 aa  238  1e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2098  Helix-turn-helix type 11 domain protein  47.66 
 
 
318 aa  236  3e-61  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8630  DeoR family transcriptional regulator  45.11 
 
 
322 aa  236  3e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1047  DeoR family transcriptional regulator  46.47 
 
 
322 aa  236  5.0000000000000005e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0554838 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0920  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.89 
 
 
327 aa  235  9e-61  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.711136  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5463  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  46.89 
 
 
313 aa  234  1.0000000000000001e-60  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.364956  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2974  DeoR family transcriptional regulator  44.89 
 
 
319 aa  227  3e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.779274  normal  0.781562 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4095  DeoR family transcriptional regulator  46.63 
 
 
333 aa  226  4e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0988  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  43.17 
 
 
317 aa  223  3e-57  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4377  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  47.55 
 
 
320 aa  222  4.9999999999999996e-57  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000417511 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0249  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  42.95 
 
 
324 aa  221  9.999999999999999e-57  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5212  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.81 
 
 
317 aa  221  1.9999999999999999e-56  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000701081  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5106  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  43.79 
 
 
319 aa  221  1.9999999999999999e-56  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.505458  normal  0.201643 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0284  Helix-turn-helix type 11 domain protein  45.7 
 
 
332 aa  220  3e-56  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.527195 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1067  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  47.4 
 
 
320 aa  219  5e-56  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0960  helix-turn-helix, type 11  42.55 
 
 
317 aa  219  7e-56  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.386939  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0978  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  42.55 
 
 
317 aa  219  7e-56  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.318116  normal  0.0703128 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4549  Helix-turn-helix type 11 domain protein  46.58 
 
 
327 aa  214  9.999999999999999e-55  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  41.61 
 
 
317 aa  211  1e-53  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.161645 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5326  DeoR family transcriptional regulator  44.9 
 
 
318 aa  211  1e-53  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.587405  normal  0.563326 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8641  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.43 
 
 
320 aa  209  5e-53  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.160159  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4172  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.59 
 
 
317 aa  208  1e-52  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.917159  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3107  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.32 
 
 
324 aa  204  2e-51  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.786544  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2690  Helix-turn-helix type 11 domain protein  45.16 
 
 
324 aa  201  1.9999999999999998e-50  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.113203 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2906  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.53 
 
 
334 aa  196  4.0000000000000005e-49  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.754227  normal  0.106292 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0094  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.51 
 
 
325 aa  194  2e-48  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0977  DeoR family transcriptional regulator  41.06 
 
 
360 aa  193  3e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.226699  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4323  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  40.98 
 
 
327 aa  193  4e-48  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.807083  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0206  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.51 
 
 
318 aa  189  8e-47  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0242006 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5404  DeoR family transcriptional regulator  41.38 
 
 
332 aa  188  1e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.924628  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1446  putative transcriptional regulator  39.51 
 
 
332 aa  186  3e-46  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00684408  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3135  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.96 
 
 
329 aa  186  6e-46  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.224168  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.58 
 
 
335 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4041  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.4 
 
 
316 aa  183  3e-45  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4738  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  39.26 
 
 
313 aa  179  5.999999999999999e-44  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.947562  normal  0.956989 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0463  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.71 
 
 
334 aa  179  7e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.104964  normal  0.0170301 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3513  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.67 
 
 
322 aa  178  9e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.188923  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1998  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.91 
 
 
334 aa  174  1.9999999999999998e-42  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.556593 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2064  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.37 
 
 
337 aa  173  5e-42  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.177932  normal  0.600491 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3486  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.69 
 
 
314 aa  171  1e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5244  DeoR family transcriptional regulator  38.82 
 
 
337 aa  170  3e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.288323 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0728  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.82 
 
 
320 aa  164  1.0000000000000001e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0343  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.88 
 
 
339 aa  163  3e-39  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3293  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.12 
 
 
327 aa  157  3e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0990426  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1347  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  35.42 
 
 
339 aa  154  2.9999999999999998e-36  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.469049  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2888  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.13 
 
 
317 aa  152  7e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00647609 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.5 
 
 
322 aa  148  1.0000000000000001e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02350  predicted transcriptional regulator  34.92 
 
 
327 aa  148  1.0000000000000001e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4059  helix-turn-helix, type 11  36.05 
 
 
318 aa  139  7e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.348793  normal  0.0202879 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45460  hypothetical protein  34.36 
 
 
323 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0147  helix-turn-helix, type 11  32.81 
 
 
316 aa  125  9e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.552255 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2870  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.44 
 
 
326 aa  122  9.999999999999999e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.308782  normal  0.417493 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2627  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.46 
 
 
332 aa  121  1.9999999999999998e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17920  predicted transcriptional regulator  39.23 
 
 
238 aa  120  3.9999999999999996e-26  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.384504 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4645  helix-turn-helix, type 11  31.07 
 
 
333 aa  119  6e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0418126  normal  0.223314 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3679  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30 
 
 
321 aa  113  5e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0370855  normal  0.293374 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2021  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31 
 
 
317 aa  113  6e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0370713  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3412  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.16 
 
 
324 aa  112  1.0000000000000001e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.380317  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1946  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.3 
 
 
321 aa  111  2.0000000000000002e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0713  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.49 
 
 
319 aa  111  2.0000000000000002e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.677583  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3859  hypothetical protein  31.35 
 
 
323 aa  110  3e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0327  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.55 
 
 
339 aa  108  1e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.489263  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1870  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.47 
 
 
337 aa  107  2e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.199317 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1789  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.6 
 
 
333 aa  104  2e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0003326  normal  0.195591 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00443  repressor  31.35 
 
 
322 aa  102  9e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0287725  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3440  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.8 
 
 
336 aa  101  2e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000171457  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2857  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.91 
 
 
326 aa  90.9  3e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0404483  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1593  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.02 
 
 
237 aa  88.2  2e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.375886 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1558  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.57 
 
 
237 aa  87.4  3e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2786  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.57 
 
 
237 aa  87.4  3e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.987618  normal  0.72002 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1564  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  28.57 
 
 
237 aa  87.4  3e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2538  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  28.57 
 
 
232 aa  85.1  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2704  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  28.57 
 
 
232 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.981557  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2605  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  28.12 
 
 
232 aa  84  0.000000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1758  hypothetical protein  27.68 
 
 
230 aa  83.6  0.000000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3142  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.81 
 
 
232 aa  83.2  0.000000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.92923  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1457  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  27.91 
 
 
225 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.510976  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2541  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  28.89 
 
 
228 aa  80.5  0.00000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1731  DeoR family transcriptional regulator  28.07 
 
 
230 aa  80.1  0.00000000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.590959  normal  0.873384 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1823  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.92 
 
 
237 aa  79  0.0000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.406304  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2785  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29.06 
 
 
229 aa  79  0.0000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0743  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.24 
 
 
328 aa  76.6  0.0000000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1185  hypothetical protein  26.67 
 
 
313 aa  76.6  0.0000000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000786  predicted transcriptional regulator  28.1 
 
 
228 aa  75.9  0.0000000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0574064  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0450  HTH domain-containing protein  30.92 
 
 
230 aa  75.5  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0456  helix-turn-helix, type 11  30.92 
 
 
230 aa  75.5  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0510  helix-turn-helix, type 11  30.92 
 
 
230 aa  75.1  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0941  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.44 
 
 
230 aa  75.1  0.000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.958625  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1001  hypothetical protein  26.43 
 
 
313 aa  74.3  0.000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0562  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  22.98 
 
 
317 aa  73.6  0.000000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.349747  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0998  transcriptional regulator  26.43 
 
 
313 aa  73.2  0.000000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0679  helix-turn-helix, type 11  31.28 
 
 
237 aa  73.2  0.000000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0559  transcriptional regulator  22.36 
 
 
317 aa  71.6  0.00000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1244  HTH domain family  26.11 
 
 
313 aa  71.6  0.00000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0044  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.32 
 
 
318 aa  71.2  0.00000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.164988  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>