More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_1347 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009380  Strop_1347  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  100 
 
 
339 aa  655    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.469049  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5106  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  41.59 
 
 
319 aa  209  4e-53  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.505458  normal  0.201643 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  41.5 
 
 
317 aa  203  4e-51  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.161645 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0960  helix-turn-helix, type 11  40.86 
 
 
317 aa  201  9.999999999999999e-51  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.386939  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0978  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  40.86 
 
 
317 aa  201  9.999999999999999e-51  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.318116  normal  0.0703128 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0988  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  40.86 
 
 
317 aa  200  3e-50  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4133  DeoR family transcriptional regulator  43.17 
 
 
317 aa  190  2e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113991  normal  0.040793 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6203  DeoR family transcriptional regulator  49.77 
 
 
318 aa  184  2.0000000000000003e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1047  DeoR family transcriptional regulator  39.33 
 
 
322 aa  181  1e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0554838 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5463  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  37.99 
 
 
313 aa  180  2e-44  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.364956  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0249  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  39.8 
 
 
324 aa  180  2.9999999999999997e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2098  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.38 
 
 
318 aa  177  3e-43  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4323  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  42.7 
 
 
327 aa  173  2.9999999999999996e-42  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.807083  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4095  DeoR family transcriptional regulator  48.61 
 
 
333 aa  172  1e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0920  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.8 
 
 
327 aa  169  5e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.711136  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1446  putative transcriptional regulator  43.66 
 
 
332 aa  169  6e-41  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00684408  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2974  DeoR family transcriptional regulator  38.71 
 
 
319 aa  168  1e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.779274  normal  0.781562 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4549  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.71 
 
 
327 aa  168  1e-40  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0284  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.93 
 
 
332 aa  167  2e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.527195 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.81 
 
 
322 aa  164  2.0000000000000002e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3107  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.5 
 
 
324 aa  164  3e-39  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.786544  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.58 
 
 
335 aa  163  5.0000000000000005e-39  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0153  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.61 
 
 
325 aa  162  7e-39  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.1742  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2888  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.95 
 
 
317 aa  161  1e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00647609 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3338  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.14 
 
 
320 aa  161  1e-38  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.71 
 
 
335 aa  160  4e-38  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8641  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.03 
 
 
320 aa  160  4e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.160159  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0977  DeoR family transcriptional regulator  46.6 
 
 
360 aa  159  8e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.226699  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8630  DeoR family transcriptional regulator  38.13 
 
 
322 aa  158  1e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0206  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.34 
 
 
318 aa  157  2e-37  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0242006 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5212  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.91 
 
 
317 aa  156  5.0000000000000005e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000701081  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5326  DeoR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
318 aa  155  8e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.587405  normal  0.563326 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4041  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.52 
 
 
316 aa  155  1e-36  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2906  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.67 
 
 
334 aa  153  2.9999999999999998e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.754227  normal  0.106292 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1067  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  38.32 
 
 
320 aa  154  2.9999999999999998e-36  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4738  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  47.57 
 
 
313 aa  152  7e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.947562  normal  0.956989 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5404  DeoR family transcriptional regulator  37.35 
 
 
332 aa  151  2e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.924628  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4377  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  37.07 
 
 
320 aa  150  4e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000417511 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4172  Helix-turn-helix type 11 domain protein  45.96 
 
 
317 aa  149  1.0000000000000001e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.917159  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4059  helix-turn-helix, type 11  36.45 
 
 
318 aa  147  2.0000000000000003e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.348793  normal  0.0202879 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3513  Helix-turn-helix type 11 domain protein  46.3 
 
 
322 aa  142  8e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.188923  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2690  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.67 
 
 
324 aa  142  8e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.113203 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4787  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35.22 
 
 
336 aa  141  9.999999999999999e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.287509 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0094  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.53 
 
 
325 aa  141  9.999999999999999e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02350  predicted transcriptional regulator  36.99 
 
 
327 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3135  Helix-turn-helix type 11 domain protein  45.87 
 
 
329 aa  140  3e-32  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.224168  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2064  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.37 
 
 
337 aa  139  4.999999999999999e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.177932  normal  0.600491 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5244  DeoR family transcriptional regulator  36.56 
 
 
337 aa  138  2e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.288323 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3486  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.87 
 
 
314 aa  138  2e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0463  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.63 
 
 
334 aa  137  3.0000000000000003e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.104964  normal  0.0170301 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0343  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.38 
 
 
339 aa  133  3.9999999999999996e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1998  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.71 
 
 
334 aa  133  5e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.556593 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3293  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.25 
 
 
327 aa  128  1.0000000000000001e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0990426  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17920  predicted transcriptional regulator  40.98 
 
 
238 aa  127  2.0000000000000002e-28  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.384504 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0728  Helix-turn-helix type 11 domain protein  45.08 
 
 
320 aa  127  2.0000000000000002e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2870  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.98 
 
 
326 aa  126  4.0000000000000003e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.308782  normal  0.417493 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1870  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35.41 
 
 
337 aa  124  2e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.199317 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3412  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.19 
 
 
324 aa  121  9.999999999999999e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.380317  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0147  helix-turn-helix, type 11  31.99 
 
 
316 aa  119  9e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.552255 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1946  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.26 
 
 
321 aa  117  3e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0713  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.85 
 
 
319 aa  113  5e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.677583  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2021  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.94 
 
 
317 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0370713  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00443  repressor  32.09 
 
 
322 aa  109  9.000000000000001e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0287725  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0327  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.47 
 
 
339 aa  108  1e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.489263  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1789  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.05 
 
 
333 aa  107  3e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0003326  normal  0.195591 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3679  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.79 
 
 
321 aa  107  4e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0370855  normal  0.293374 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4645  helix-turn-helix, type 11  31.47 
 
 
333 aa  101  2e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0418126  normal  0.223314 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3859  hypothetical protein  38.58 
 
 
323 aa  100  3e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0044  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.67 
 
 
318 aa  99.4  7e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.164988  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45460  hypothetical protein  36.14 
 
 
323 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2857  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.07 
 
 
326 aa  94  3e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0404483  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.51 
 
 
336 aa  92  1e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2627  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.11 
 
 
332 aa  90.5  4e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000786  predicted transcriptional regulator  32.69 
 
 
228 aa  88.2  2e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0574064  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1013  hypothetical protein  36.41 
 
 
245 aa  88.2  2e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.18033  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2541  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  32.67 
 
 
228 aa  87  4e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0743  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.2 
 
 
328 aa  85.9  9e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1185  hypothetical protein  25.83 
 
 
313 aa  84.3  0.000000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1734  transcriptional regulator, putative  29.27 
 
 
233 aa  82.8  0.000000000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.781604  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1001  hypothetical protein  26.38 
 
 
313 aa  82.8  0.000000000000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7049  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  37.81 
 
 
233 aa  82  0.00000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.135487  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3142  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.2 
 
 
232 aa  82.4  0.00000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.92923  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1676  putative transcriptional regulator  30 
 
 
233 aa  82  0.00000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0998  transcriptional regulator  26.16 
 
 
313 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0680  DeoR family transcriptional regulator  26.44 
 
 
231 aa  81.6  0.00000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3488  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.81 
 
 
265 aa  81.3  0.00000000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.483454 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5701  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.3 
 
 
229 aa  81.3  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.818045  normal  0.0721904 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1758  hypothetical protein  31.31 
 
 
230 aa  80.5  0.00000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1244  HTH domain family  25.9 
 
 
313 aa  80.5  0.00000000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1180  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.47 
 
 
233 aa  80.1  0.00000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1962  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.15 
 
 
330 aa  80.1  0.00000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.000800393  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1457  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  31.31 
 
 
225 aa  79.7  0.00000000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.510976  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1071  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.21 
 
 
245 aa  79.7  0.00000000000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.045266  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3432  helix-turn-helix, type 11  33.8 
 
 
234 aa  78.6  0.0000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.587974  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2538  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  31.31 
 
 
232 aa  79  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2605  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  31.31 
 
 
232 aa  79  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2704  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  31.31 
 
 
232 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.981557  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1593  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.81 
 
 
237 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.375886 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2474  hypothetical protein  28.31 
 
 
320 aa  78.2  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0188594  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2656  hypothetical protein  28.31 
 
 
320 aa  78.2  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>