More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mjls_0988 on replicon NC_009077
Organism: Mycobacterium sp. JLS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009077  Mjls_0988  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  100 
 
 
317 aa  627  1e-178  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0960  helix-turn-helix, type 11  98.74 
 
 
317 aa  617  1e-176  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.386939  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0978  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  98.74 
 
 
317 aa  617  1e-176  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.318116  normal  0.0703128 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  77.92 
 
 
317 aa  486  1e-136  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.161645 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5106  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  78.03 
 
 
319 aa  484  1e-136  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.505458  normal  0.201643 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0249  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  53.02 
 
 
324 aa  303  2.0000000000000002e-81  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6203  DeoR family transcriptional regulator  49.36 
 
 
318 aa  285  1.0000000000000001e-75  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5404  DeoR family transcriptional regulator  52.27 
 
 
332 aa  282  7.000000000000001e-75  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.924628  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1047  DeoR family transcriptional regulator  50.83 
 
 
322 aa  275  5e-73  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0554838 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4549  Helix-turn-helix type 11 domain protein  49.5 
 
 
327 aa  266  5e-70  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5326  DeoR family transcriptional regulator  47.15 
 
 
318 aa  265  5.999999999999999e-70  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.587405  normal  0.563326 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4133  DeoR family transcriptional regulator  46.86 
 
 
317 aa  260  2e-68  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113991  normal  0.040793 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4323  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  49.01 
 
 
327 aa  258  7e-68  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.807083  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2064  Helix-turn-helix type 11 domain protein  50.32 
 
 
337 aa  255  8e-67  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.177932  normal  0.600491 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5463  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  45.4 
 
 
313 aa  254  1.0000000000000001e-66  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.364956  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0920  Helix-turn-helix type 11 domain protein  47.15 
 
 
327 aa  254  1.0000000000000001e-66  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.711136  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8630  DeoR family transcriptional regulator  45.57 
 
 
322 aa  246  4.9999999999999997e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4095  DeoR family transcriptional regulator  46.52 
 
 
333 aa  241  1e-62  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2974  DeoR family transcriptional regulator  44.2 
 
 
319 aa  239  4e-62  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.779274  normal  0.781562 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2098  Helix-turn-helix type 11 domain protein  45.07 
 
 
318 aa  239  5.999999999999999e-62  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5212  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.78 
 
 
317 aa  238  8e-62  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000701081  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1446  putative transcriptional regulator  43.67 
 
 
332 aa  237  2e-61  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00684408  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0284  Helix-turn-helix type 11 domain protein  47.2 
 
 
332 aa  237  2e-61  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.527195 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4041  Helix-turn-helix type 11 domain protein  46.64 
 
 
316 aa  236  5.0000000000000005e-61  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4172  Helix-turn-helix type 11 domain protein  45.98 
 
 
317 aa  233  2.0000000000000002e-60  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.917159  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8641  Helix-turn-helix type 11 domain protein  46.71 
 
 
320 aa  229  3e-59  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.160159  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0977  DeoR family transcriptional regulator  45.25 
 
 
360 aa  227  2e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.226699  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  45.45 
 
 
335 aa  226  3e-58  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.18 
 
 
335 aa  224  1e-57  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4377  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  45.31 
 
 
320 aa  221  1.9999999999999999e-56  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000417511 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3107  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.04 
 
 
324 aa  221  1.9999999999999999e-56  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.786544  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  45.49 
 
 
322 aa  220  3e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4787  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  43.45 
 
 
336 aa  218  7.999999999999999e-56  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.287509 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0206  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.46 
 
 
318 aa  215  8e-55  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0242006 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3338  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.61 
 
 
320 aa  215  8e-55  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2690  Helix-turn-helix type 11 domain protein  46.89 
 
 
324 aa  211  9e-54  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.113203 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4738  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  40.72 
 
 
313 aa  211  9e-54  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.947562  normal  0.956989 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0153  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.81 
 
 
325 aa  207  2e-52  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.1742  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1067  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  43.75 
 
 
320 aa  207  2e-52  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2888  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.06 
 
 
317 aa  203  3e-51  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00647609 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3513  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.07 
 
 
322 aa  203  3e-51  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.188923  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3135  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.64 
 
 
329 aa  201  1.9999999999999998e-50  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.224168  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2906  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.4 
 
 
334 aa  196  4.0000000000000005e-49  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.754227  normal  0.106292 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0343  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.37 
 
 
339 aa  196  4.0000000000000005e-49  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1347  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  40.85 
 
 
339 aa  190  2e-47  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.469049  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0094  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.05 
 
 
325 aa  189  4e-47  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0728  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43 
 
 
320 aa  187  2e-46  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3486  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.9 
 
 
314 aa  182  9.000000000000001e-45  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1998  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.08 
 
 
334 aa  180  2.9999999999999997e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.556593 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0463  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.73 
 
 
334 aa  177  1e-43  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.104964  normal  0.0170301 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5244  DeoR family transcriptional regulator  40.32 
 
 
337 aa  177  3e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.288323 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2870  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.43 
 
 
326 aa  173  2.9999999999999996e-42  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.308782  normal  0.417493 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02350  predicted transcriptional regulator  37.97 
 
 
327 aa  164  1.0000000000000001e-39  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3293  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.41 
 
 
327 aa  164  2.0000000000000002e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0990426  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00443  repressor  38.31 
 
 
322 aa  152  7e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0287725  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17920  predicted transcriptional regulator  39.48 
 
 
238 aa  149  6e-35  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.384504 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4059  helix-turn-helix, type 11  35.99 
 
 
318 aa  147  3e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.348793  normal  0.0202879 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0713  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.68 
 
 
319 aa  146  5e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.677583  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1870  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  37.45 
 
 
337 aa  139  4.999999999999999e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.199317 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3412  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.19 
 
 
324 aa  138  1e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.380317  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2021  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.27 
 
 
317 aa  135  7.000000000000001e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0370713  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0147  helix-turn-helix, type 11  33.12 
 
 
316 aa  134  1.9999999999999998e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.552255 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0327  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.94 
 
 
339 aa  132  9e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.489263  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1789  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.9 
 
 
333 aa  129  7.000000000000001e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0003326  normal  0.195591 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3859  hypothetical protein  36.19 
 
 
323 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45460  hypothetical protein  36.05 
 
 
323 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1946  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.94 
 
 
321 aa  125  1e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2627  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.31 
 
 
332 aa  125  1e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4645  helix-turn-helix, type 11  28.9 
 
 
333 aa  117  1.9999999999999998e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0418126  normal  0.223314 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3679  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.49 
 
 
321 aa  114  2.0000000000000002e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0370855  normal  0.293374 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2857  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.14 
 
 
326 aa  110  4.0000000000000004e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0404483  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0941  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.15 
 
 
230 aa  108  1e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.958625  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2785  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30 
 
 
229 aa  107  3e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2605  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30 
 
 
232 aa  105  1e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2538  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30 
 
 
232 aa  104  2e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2704  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30 
 
 
232 aa  104  2e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.981557  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1758  hypothetical protein  29.55 
 
 
230 aa  103  4e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.25 
 
 
336 aa  103  6e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000786  predicted transcriptional regulator  29.46 
 
 
228 aa  101  2e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0574064  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0743  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.39 
 
 
328 aa  101  2e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3142  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.64 
 
 
232 aa  99.8  6e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.92923  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1457  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29.09 
 
 
225 aa  99  9e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.510976  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3440  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.07 
 
 
336 aa  98.6  1e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000171457  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2492  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25 
 
 
302 aa  97.8  2e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.156303  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1593  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.18 
 
 
237 aa  97.1  4e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.375886 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2689  hypothetical protein  26.67 
 
 
320 aa  96.3  6e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0201589  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2673  hypothetical protein  25.78 
 
 
320 aa  96.3  6e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000327581 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1564  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  27.73 
 
 
237 aa  96.3  6e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2786  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.73 
 
 
237 aa  96.3  7e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.987618  normal  0.72002 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1558  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.73 
 
 
237 aa  96.3  7e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0621  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.93 
 
 
228 aa  95.5  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.296179  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.82 
 
 
313 aa  95.1  1e-18  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.440872  normal  0.310405 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0596  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  31.93 
 
 
228 aa  95.5  1e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2503  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.21 
 
 
232 aa  95.5  1e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.751243 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2541  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  27.27 
 
 
228 aa  95.1  1e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2401  hypothetical protein  25.78 
 
 
320 aa  94.4  2e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.148102  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2909  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.21 
 
 
232 aa  94.4  2e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1363  YobV  22.88 
 
 
311 aa  94.4  3e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.396054  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0672  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.51 
 
 
228 aa  94  3e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.664641  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3791  transcriptional regulator-like  31.09 
 
 
228 aa  93.6  4e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.55139  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>