More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_5534 on replicon NC_011758
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011758  Mchl_5534  Helix-turn-helix type 11 domain protein  100 
 
 		 239 aa  487  1e-137  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0533877 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3671  helix-turn-helix, type 11  60.94 
 
 		 237 aa  293  1e-78  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.255542  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1071  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.32 
 
 		 245 aa  124  1e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.045266  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1013  hypothetical protein  36.06 
 
 		 245 aa  123  3e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.18033  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4377  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.33 
 
 		 320 aa  95.5  7e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000417511 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1585  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  31.07 
 
 		 244 aa  93.2  3e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0474711  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2026  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30.36 
 
 		 245 aa  91.7  9e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.826373  normal  0.365081 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0249  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.4 
 
 		 324 aa  88.6  8e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2690  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.86 
 
 		 324 aa  87  2e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.113203 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0960  helix-turn-helix, type 11  28.08 
 
 		 317 aa  87  2e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.386939  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3107  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.81 
 
 		 324 aa  87  2e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.786544  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0978  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  28.08 
 
 		 317 aa  87  2e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.318116  normal  0.0703128 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0988  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  28.08 
 
 		 317 aa  87.4  2e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1067  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  33.64 
 
 		 320 aa  87.4  2e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0941  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.06 
 
 		 230 aa  86.7  3e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.958625  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30 
 
 		 335 aa  85.1  9e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4738  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.4 
 
 		 313 aa  84.3  0.000000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.947562  normal  0.956989 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0764  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.09 
 
 		 298 aa  84.7  0.000000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000424784  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0920  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.5 
 
 		 327 aa  84  0.000000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.711136  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4041  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.58 
 
 		 316 aa  84  0.000000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  28.08 
 
 		 317 aa  83.6  0.000000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.161645 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.06 
 
 		 322 aa  83.2  0.000000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2992  helix-turn-helix, type 11  33.5 
 
 		 252 aa  82.8  0.000000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.684158 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3553  helix-turn-helix, type 11  29.77 
 
 		 238 aa  82.4  0.000000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5326  DeoR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 318 aa  82.4  0.000000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.587405  normal  0.563326 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17920  predicted transcriptional regulator  34.03 
 
 		 238 aa  80.5  0.00000000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.384504 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0343  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.72 
 
 		 339 aa  80.1  0.00000000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2785  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  31.1 
 
 		 229 aa  79.7  0.00000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1363  YobV  31.39 
 
 		 311 aa  79.7  0.00000000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.396054  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5106  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  28.29 
 
 		 319 aa  79.7  0.00000000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.505458  normal  0.201643 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4172  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.46 
 
 		 317 aa  79.3  0.00000000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.917159  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2974  DeoR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 319 aa  79  0.00000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.779274  normal  0.781562 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3142  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.5 
 
 		 232 aa  77  0.0000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.92923  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1446  putative transcriptional regulator  28.57 
 
 		 332 aa  77.4  0.0000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00684408  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6203  DeoR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 318 aa  77.4  0.0000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1185  hypothetical protein  30.66 
 
 		 313 aa  76.6  0.0000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0335  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.82 
 
 		 321 aa  76.6  0.0000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.377994  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1047  DeoR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 322 aa  77  0.0000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0554838 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1959  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32 
 
 		 234 aa  76.3  0.0000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5212  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.7 
 
 		 317 aa  76.3  0.0000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000701081  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4095  DeoR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 333 aa  76.3  0.0000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2906  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.85 
 
 		 334 aa  75.9  0.0000000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.754227  normal  0.106292 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0463  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.22 
 
 		 334 aa  74.3  0.000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.104964  normal  0.0170301 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0977  DeoR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 360 aa  74.7  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.226699  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2425  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.14 
 
 		 245 aa  74.3  0.000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0915708 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3752  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.43 
 
 		 235 aa  74.3  0.000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.77 
 
 		 313 aa  73.9  0.000000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.440872  normal  0.310405 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8641  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.73 
 
 		 320 aa  73.9  0.000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.160159  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2098  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.02 
 
 		 318 aa  73.2  0.000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2503  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.58 
 
 		 232 aa  73.6  0.000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.751243 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2368  helix-turn-helix, type 11  31.11 
 
 		 231 aa  73.2  0.000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.150063 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4133  DeoR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 317 aa  73.2  0.000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113991  normal  0.040793 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000786  predicted transcriptional regulator  29.9 
 
 		 228 aa  72.8  0.000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0574064  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27 
 
 		 318 aa  72.4  0.000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3135  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.73 
 
 		 329 aa  72.4  0.000000000006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.224168  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2541  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  28.02 
 
 		 228 aa  72  0.000000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.91 
 
 		 316 aa  71.2  0.00000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0284  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.11 
 
 		 332 aa  71.2  0.00000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.527195 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0094  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.49 
 
 		 325 aa  71.6  0.00000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2821  hypothetical DNA-binding protein  28.43 
 
 		 314 aa  70.9  0.00000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.184297  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1731  DeoR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 230 aa  70.5  0.00000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.590959  normal  0.873384 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1647  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.35 
 
 		 299 aa  70.5  0.00000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2909  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.14 
 
 		 232 aa  69.7  0.00000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2933  helix-turn-helix, type 11  30.09 
 
 		 230 aa  69.7  0.00000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.686891  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4645  helix-turn-helix, type 11  29.44 
 
 		 333 aa  69.3  0.00000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0418126  normal  0.223314 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1946  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.22 
 
 		 321 aa  69.3  0.00000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.96 
 
 		 232 aa  69.3  0.00000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.117205 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4323  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30 
 
 		 327 aa  69.3  0.00000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.807083  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3486  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.33 
 
 		 314 aa  68.9  0.00000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0369  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.36 
 
 		 229 aa  69.3  0.00000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.189659 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2996  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30.05 
 
 		 226 aa  68.9  0.00000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3821  hypothetical protein  32.06 
 
 		 232 aa  69.3  0.00000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0206  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.06 
 
 		 318 aa  68.9  0.00000000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0242006 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1244  HTH domain family  30.84 
 
 		 313 aa  68.6  0.00000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0998  transcriptional regulator  30.84 
 
 		 313 aa  68.6  0.00000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5404  DeoR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 332 aa  68.6  0.00000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.924628  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35620  predicted transcriptional regulator  29.6 
 
 		 241 aa  67.8  0.0000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1758  hypothetical protein  30.62 
 
 		 230 aa  68.2  0.0000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1001  hypothetical protein  30.84 
 
 		 313 aa  68.2  0.0000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4003  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30 
 
 		 221 aa  68.2  0.0000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8630  DeoR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 322 aa  67.8  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3400  hypothetical protein  27.36 
 
 		 226 aa  67.4  0.0000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2380  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.35 
 
 		 228 aa  67.4  0.0000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1191  hypothetical protein  28.9 
 
 		 235 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.351784  normal  0.832163 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1347  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  32.49 
 
 		 339 aa  67.4  0.0000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.469049  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1457  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30.62 
 
 		 225 aa  67  0.0000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.510976  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2105  hypothetical protein  28.29 
 
 		 228 aa  66.6  0.0000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2094  hypothetical protein  28.29 
 
 		 228 aa  66.6  0.0000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0838  hypothetical protein  29.2 
 
 		 229 aa  66.6  0.0000000003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.183627 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2538  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30.14 
 
 		 232 aa  66.6  0.0000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2605  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30.14 
 
 		 232 aa  66.6  0.0000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2704  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30.14 
 
 		 232 aa  66.6  0.0000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.981557  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0108  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.49 
 
 		 240 aa  66.6  0.0000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.403778 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3338  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.88 
 
 		 320 aa  66.2  0.0000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2370  hypothetical protein  30.36 
 
 		 228 aa  66.2  0.0000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3390  transcriptional regulator (repressor protein)  30.36 
 
 		 228 aa  66.2  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1262  hypothetical protein  29.91 
 
 		 228 aa  66.2  0.0000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1146  hypothetical protein  30.36 
 
 		 228 aa  66.2  0.0000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0387023  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1998  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.57 
 
 		 334 aa  66.2  0.0000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.556593 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2550  putative transcriptional regulator  30.36 
 
 		 228 aa  66.2  0.0000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>